盲眼的尼安德塔石器匠

馬是重要的馴化動物，馬改變人的歷史，人也改變馬的歷史。這個 2020 年的論文報告，青銅時代以前人類養馬沒有偏好特定性別，但是青銅時代後期開始，公馬的比例占多數。

Horse males became over-represented in archaeological assemblages during the Bronze Age

各式狗狗都是同一個物種，遺傳差異極為有限，但是體型差異非常大，可以大到如藏獒，也能小到如吉娃娃。這個 2022 年的論文偵測到一個遺傳變異，會影響狗的體型大小，而且追溯下去發現其誕生年代比狗的馴化更早，已經有些古早的狼配備。

Natural and human-driven selection of a single non-coding body size variant in ancient and modern canids

眾多傳染病當中，肺結核的知名度高，又在世界廣傳，很多真實名人或林黛玉這類虛構角色都有肺結核。這個 2020 年的論文取得 1 個古代肺結核的基因組，來自 17 世紀的北歐。論文認為，肺結核的歷史應該沒有幾萬年，只有幾千年。

A seventeenth-century Mycobacterium tuberculosis genome supports a Neolithic emergence of the Mycobacterium tuberculosis complex

玉米起源於中美洲，美洲居民耗費數千年培育，玉米也成為傳統文化的重要部分，像玉米大神之類的。這個  2020 年的論文報告，玉米從中美洲傳到南美洲以後，某個時刻又回傳中美洲，或許也促進玉米的普及，讓玉米成為馬雅人的重要糧食。

Archaeological Central American maize genomes suggest ancient gene flow from South America

梅毒一度是非常流行的傳染病（真的非常流行！），起源卻是個謎。有個論點認為梅毒源自美洲，被歐洲人帶回歐洲。這個 2020 年的論文卻報告，在歐洲的遺骸中發現梅毒，年代非常可能比哥倫布抵達美洲更早。

Ancient Bacterial Genomes Reveal a High Diversity of Treponema pallidum Strains in Early Modern Europe

拉脫維亞，位於立陶宛的北邊，波羅地海的東側。這個 2021 年的論文報告，在此發現一位距今 5000 多年的男生，曾經感染鼠疫桿菌，是至今已知最早的紀錄。

A 5,000-year-old hunter-gatherer already plagued by Yersinia pestis 

黑死病從公元 1346 年起席捲歐洲，接下來的數百年，黑死病每隔一段時間就會流行一下。導致每次新疫情的鼠疫桿菌是哪兒來的？這個 2020 年的論文推論，至少有些是源自歐洲以外，西南亞一帶。

A genomic and historical synthesis of plague in 18th century Eurasia

當今世上應該沒幾個人親眼見過卡羅萊納間諜芒果，不是，是卡羅萊納長尾鸚鵡（Carolina parakeet，學名 Conuropsis carolinensis），因為牠們在 1918 年就全部滅團惹。一百多年後的技術已經進展到，可以由去世多時的生物體中取得 DNA。這個 2019 年的論文，由標本取得卡羅萊納長尾鸚鵡的基因組。

Evolutionary History, Genomic Adaptation to Toxic Diet, and Extinction of the Carolina Parakeet

大海雀（great auk，學名 Pinguinus impennis）原來住在大西洋北部，從歐洲的斯堪地那維亞，到美洲東北部都有分佈。是一種不會飛，卻會潛水的大型鳥類，族群可能曾經達到數百萬，卻在 19 世紀中滅團。人類大規模獵捕肯定是滅亡原因之一，不過也有可能當時環境不利，大海雀鳥口原本就在下降。這個 2019 年的論文認為，人類應該還是主要兇手。

Demographic reconstruction from ancient DNA supports rapid extinction of the great auk

馬的馴化是人類歷史上的大事。馬被馴化最早的記錄出現在 5500 多年前，哈薩克北部的草原；然而遺傳上看來，這批中亞的「波泰馬」血緣和後來的馴化馬不一樣。現代的馴化馬從何而來？這個 2020 年的論文認為，不是安那托利亞。

Ancient DNA shows domestic horses were introduced in the southern Caucasus and Anatolia during the Bronze Age

人類吃橄欖的歷史超過一萬年，這個 2019 年的論文深入探討中國南部，數千年前人類利用橄欖的歷史。

Food and ritual resources in hunter-gatherer societies: Canarium nuts in southern China and beyond

數百年前，有許多人被迫離開非洲家鄉，埋骨於遙遠的大洋小島或美洲。這個 2020 年的論文報告墨西哥城 16 世紀的大墓中，3 位非洲人遺骸的分析。他們生前高度勞動、營養不良，受過槍傷，還有雅司病（梅毒的親戚）與 B肝—卻是非洲起源

Origin and Health Status of First-Generation Africans from Early Colonial Mexico

很久很久以前人就會獵捕兔子。世界各地有不同兔兔，各地的人也與不同兔兔發生關係。這個 2020 年的論文報告，在黃土高原發現許多 4900 年前的兔兔骨頭，兔兔生前吃過不少小米，顯然與人類有某種關係。

Early commensal interaction between humans and hares in Neolithic northern China

豬是最常見的馴化動物之一，可以肯定，歷史上豬被馴化不只一次。歐亞大陸西部的豬最初應該來自中東，然而如今歐洲的豬遺傳上卻和歐洲野豬很像，其中必有玄機。這個 2019 年的論文，取得過去一萬年來 63 個中東與歐洲古豬的基因組，探討豬的遺傳組成。

Ancient pigs reveal a near-complete genomic turnover following their introduction to Europe

狗狗如何起源，仍不太肯定。這個 2021 年的論文認為源自 2 萬多年前的西伯利亞，看起來有道理，但是證據沒那麼充分，大家來品味一番。

Dog domestication and the dual dispersal of people and dogs into the Americas

牛，是人類最初，也是最主要的馴化動物之一。大概在一萬多年前，肥沃月灣北部的人馴化惹如今已經滅絕的野牛。這個 2019 年的論文藉由古代DNA，探討牛牛的遺傳變化。

Ancient cattle genomics, origins, and rapid turnover in the Fertile Crescent

有時候研究會碰上意外，這個 2020 年的論文報告一則時間、地點、對象都很意外的發現：在 15 世紀的立陶宛，見到雅司病（yaws）。

A treponemal genome from an historic plague victim supports a recent emergence of yaws and its presence in 15th century Europe

麻疹是傳染力最強的疾病之一，這種 RNA 病毒只會由人傳人，與其親戚關係最接近的是牛瘟病毒。牛瘟是牛的傳染病，因此多半認為麻疹源自於牛，不過確切的起源不明。這個 2020 年的論文估計，大概是 2500 年前左右。

Measles virus and rinderpest virus divergence dated to the sixth century BCE

馬，是最重要的馴化動物之一。這個 2019 年的論文，報告 87 個古馬基因組，讓我們更加認識馬是怎麼被人類這樣那樣。

Tracking Five Millennia of Horse Management with Extensive Ancient Genome Time Series

在古早中原，狗是重要的馴化動物，也被用於殉葬。這個 2019 年的論文，分析中原不同時期狗用於殉葬的狀況，主要發現是，商代的殷墟用於殉葬的狗，多數是不到一歲的小狗。

Puppies for the Ancestors: The many roles of Shang dogs