盲眼的尼安德塔石器匠

世界上有很多種鹿，黇鹿（fallow deer）在台灣的知名度不高（有時候被叫作「歐洲梅花鹿」）。如果說這就是希臘（羅馬）神話中，和月神阿特米絲（黛安娜）一起現身的那款鹿......好吧應該還是沒多少人知道 QQ。這個 2024 年的論文，由古代DNA 探討黇鹿的發展。

The 10,000-year biocultural history of fallow deer and its implications for conservation policy

瘧疾是常見的傳染病，所幸歐洲、台灣等地隨著公衛成功，目前沒有本土瘧疾。這個 2024 年的論文由世界各地取樣，尋找古代瘧疾的蹤影，有許多有意思的發現。一個樣本和台灣關係密切，來自西班牙人在基隆的和平島建立的殖民地， 17 世紀中期的「諸聖教堂」遺址。

Ancient Plasmodium genomes shed light on the history of human malaria

人類發明紡織以後，便從各種生物取材，有植物，有動物。像綿羊就是代表性的動物。北美洲西側有些原住民族群比較特別，會使用狗毛當原料。這種狗狗，姑且稱之為「綿羊狗」。這個 2023 年的論文，報告一位綿羊狗的古代基因組。

The history of Coast Salish “woolly dogs” revealed by ancient genomics and Indigenous Knowledge

綿羊是最資深，最重要的馴化動物之一，常常和山羊並稱，不過其實是不同種羊。這個 2024 年的論文，分析馴化初期綿羊的粒線體古代DNA，發現如今的遺傳多樣性，一開始就存在。

Ancient mitogenomes from Pre-Pottery Neolithic Central Anatolia and the effects of a Late Neolithic bottleneck in sheep (Ovis aries)

公元 1907 年，匈牙利醫師報告一款雞的傳染病，後來以他的名字命名為「馬立克氏病（Marek’s disease）」，症狀不太嚴重。 但是 1960 年代以後，馬立克病似乎毒性大增，沒有打過疫苗的雞死亡率超過 90%。這個論文 2023 年的論文從古代DNA 挖掘，摸索馬立克病毒的線索。

Ancient chicken remains reveal the origins of virulence in Marek's disease virus

歐洲人將馴化馬帶到美洲，但是馬融入當地文化，不見得需要歐洲人。這個 2023 年的論文報告，美洲南端出土的馬骨，年代遠早於歐洲人在附近建立殖民地。目前能確定，本地長大的馬被原住民當成食物。

Interdisciplinary evidence for early domestic horse exploitation in southern

大家都很熟悉玉米。一般說玉米的祖先是「大芻草」，9000 多年前在中美洲被馴化，變成長相很不一樣的玉米。這個 2023 年的論文卻報告，最初馴化的好幾千年過後，又有另一款大芻草的情慾流動，使得我們如今吃的玉米，可以視為兩款大芻草的合體。

Two teosintes made modern maize

流傳很久的觀點是：梅毒源自美洲，隨著歐洲人殖民美洲，才傳到歐洲與世界各地。近來古代DNA 研究，雖然還沒有完全推翻，卻強烈支持更早以前歐洲已經存在梅毒。這個 2024 年的論文調查巴西的遺址，2000 年前的死人骨頭中偵測到「貝耶」病原體的 DNA。

Redefining the treponemal history through pre-Columbian genomes from Brazil

美洲一直都只有野牛，沒有馴化牛，歐洲人前來殖民才帶來馴化牛。歐洲以外，殖民者也引進原產非洲的牛。 現今美洲的牛源自歐洲和非洲，照已知的歷史紀錄看來，歐洲牛比較早，不過不清楚非洲牛什麼時候來。這個 2023 年的論文，調查殖民早期，墨西哥、海地牛牛的古代DNA。

Ancient DNA confirms diverse origins of early post-Columbian cattle in the Americas

美洲在一萬多年前，冰河時期結束後，大量大型動物滅團。這個 2023 年的論文深入探討美國西南部的加州，卻發現早於冰河時期結束前已經有不少動物消失，而火災 🔥 是關鍵因素。但是論文強調的人類角色，我覺得十分可疑。

Pre–Younger Dryas megafaunal extirpation at Rancho La Brea linked to fire-driven state shift

人類活動會影響自然環境，以及周圍的生物，例如不少動物就習慣在人類附近出沒。這個 2023 年的論文報告，早在 3 萬年前的捷克，似乎就有渡鴉跟在人類身邊吃吃喝喝。

Evidence for hunter-gatherer impacts on raven diet and ecology in the Gravettian of Southern Moravia

遠遠早於黑死病，5000 年前就有人類感染鼠疫桿菌（Yersinia pestis），針對微生物的古代DNA 研究中這方面探討不少。這個 2023 年的論文報告，4000 年前英國有居民感染鼠疫桿菌，可見當時歐洲大陸的細菌，成功跨海前進不列顛。

Yersinia pestis genomes reveal plague in Britain 4000 years ago  

古早人種植葡萄，主要目的是釀葡萄酒。這個 2023 年的論文調查以色列出土 8 世紀的葡萄，發現不只一款品系，當中一款和現代流行的一個品系一模一樣，另外也見到已知最早的白葡萄。

Ancient DNA from a lost Negev Highlands desert grape reveals a Late Antiquity wine lineage

雞是大家最熟悉的馴化動物之一，這個 2023 年的論文報告將近 2400 年前，彌生時期的雞骨，是至今確認日本最早有雞的紀錄。

The earliest evidence of domestic chickens in the Japanese Archipelago

埃及斑蚊（Aedes aegypti）本來住在非洲西部，幾百年前才隨著奴隸貿易廣傳世界。另一件事很多人不知道：埃及斑蚊的祖先取食對象更廣，後來才變得特別針對人。這個 2023 年的論文巧妙地利用奴隸貿易作年代尺標，估計專情於人的埃及斑蚊族群，約莫 5000 年前衍生，差不多也是非洲變乾燥的時候。

Dating the origin and spread of specialization on human hosts in Aedes aegypti mosquitoes

鼠疫桿菌最知名的大爆炸是黑死病，另外還有一堆大小瘟疫。這個 2023 年的論文鎖定單一一個小國家：丹麥，深入鑽研此處不同年代的狀況，得知從黑死病開始，鼠疫桿菌至少獨立入侵過丹麥 3 次。

Emergence, continuity, and evolution of Yersinia pestis throughout medieval and early modern Denmark

麵包樹原產於大洋洲，除此之外，世界上存在感最高的地區是加勒比海，由歐洲人在兩百多年前引進。這個 2023 年的論文調查各地麵包樹的 DNA，判斷加勒比海地區大部份麵包樹，是英國殖民者於公元 1790 年代從大溪地進口的後裔。

Linking breadfruit cultivar names across the globe connects histories after 230 years of separation

多久以前的人就會養狗？這個 2022 年的論文報告，西班牙出土 1.7 萬年前的骨頭應該是狗，不是狼或豺。這也是至今比較能確認，歐洲最早狗勾的紀錄。

The domestic dog that lived ∼17,000 years ago in the Lower Magdalenian of Erralla site (Basque Country): A radiometric and genetic analysis

驢子是史上最重要的馴化動物之一，扮演吃重的勞工與駝獸角色。但是講到這個議題通常會排在馬的後面，儘管驢的馴化比馬更早。這個 2022 年的論文探討馴化驢的遺傳史，判斷只有一次馴化，源自 7000 年前的非洲。

The genomic history and global expansion of domestic donkeys

單純疱疹病毒（herpes simplex virus）是十分常見的人類病原體，可分為第一型、第二型，第一型又可以分為三大群，非洲的型號最早分家。有人因此推測，它能追溯到智人祖宗離開非洲的時期；卻也有人估計，其實歷史只有幾千年而已。這個 2022 年的論文取得古代基因組，判斷共同祖先為 5000 多年。

Ancient herpes simplex 1 genomes reveal recent viral structure in Eurasia