單純疱疹病毒（herpes simplex virus）是十分常見的人類病原體，可分為第一型、第二型，第一型又可以分為三大群，非洲的型號最早分家。有人因此推測，它能追溯到智人祖宗離開非洲的時期；卻也有人估計，其實歷史只有幾千年而已。這個 2022 年的論文取得古代基因組，判斷共同祖先為 5000 多年。
Ancient herpes simplex 1 genomes reveal recent viral structure in Eurasia
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這個論文著重在單純疱疹病毒第一型 HSV-1。大部分人感染後都沒有症狀，或是非常輕微；不過這種雙股 DNA 病毒，會潛伏在人體內，一旦免疫力下降，有可趁之機便會冒出作亂。
說到「疱疹」，有人會想到「皮蛇」，這也是免疫力低落時趁亂出頭的現象。不過導致皮蛇的是帶狀疱疹 Varicella zoster virus，和單純疱疹病毒同屬於疱疹病毒科，卻是不同病毒。
單純疱疹病毒很常見，有感染的古代人照理說很多，應該有不少機會能抓到其古代DNA。這個論文特地搜尋疱疹病毒的蹤跡，從眾多牙齒樣本，總共找到 4 個位於俄羅斯、英國、荷蘭，3 到 17 世紀的病毒。這款病毒在死人骨頭中的存在感，似乎沒有那麼高。
光憑古代DNA，無法分辨是新的感染，或是潛伏後再出來作亂。論文花惹很多篇幅想要討論當事人的狀態，大家有興趣可以自己看，反正疱疹病毒本身的影響應該很有限。有趣的是，由口腔細菌的種類判斷 2 位可能有牙周病。
實際觀察到，有時候 HSV-1 會和第二型 HSV-2 遺傳重組。不過這批古代病毒都沒有重組的跡象；似乎也沒有比較特別的遺傳變異。
加上已知的疱疹病毒們，一起探討親戚關係，所有同類可以分為三大群。第一群主要分佈於歐洲，第二群位於歐亞大陸，第三群則以非洲為主。
英國距今約 1700 年前、俄羅斯 1500 年前的樣本，都被歸類到第一群，而且是這一群中最早分家的。估計第一群的共同祖先能追溯到約 4500 年前。 英國 600 多年前的樣本被歸類到第二群當中，估計第二群的共同祖先約為 4470 年前。再加上非洲的第三群，所有 HSV-1 大概是距今 5290 年過後分家。
智人祖先離開非洲的年代是好幾萬年前，而已知 HSV-1 的共同祖先，生日肯定未滿一萬年，由此推想應該沒什麼關係。歐亞大陸在 4500 年前，處於青銅時代的遷徙潮，或許和 HSV-1 的傳播有關係。
新聞：
Ancient tooth DNA reveals how ‘cold sore’ herpes virus has evolved
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