盲眼的尼安德塔石器匠

提到犀牛，許多人的印象是保育類動物。這個 2021 年的論文分析現代與古代基因組，包括 5 種現生、 3 種滅團犀牛（沒有義大犀牛），探討犀牛的遺傳歷史。最有趣的發現或許是，和其他大型動物相比，犀牛的遺傳多樣性一直很低，這似乎是犀牛們的正常狀態；不過明顯受到人類影響後，遺傳變異又變得更低惹。 

Ancient and modern genomes unravel the evolutionary history of the rhinoceros family

不只人有牙結石，熊也會有。動物死掉以後，結構堅固的牙結石有機會維持很久，保存裡頭的物質，動物生前的口腔微生物也會被封印在裡面。這個 2021 年的論文，從一批熊熊的牙結石取得古代DNA，可是探討的主題是......人類使用抗生素，對生態的影響？！

The oral microbiota of wild bears in Sweden reflects the history of antibiotic use by humans

日本的本州島上，曾經有許多棕熊走動，但是在冰河時期結束後滅團，跟 LaNew 熊一樣。這個 2021 年的論文獲得一位棕熊的古代DNA，估計他和近親的分家年代，比本州最早的棕熊化石更晚很多，因此推論移民前往本州的棕熊，至少有兩波。

Ancient DNA reveals multiple origins and migration waves of extinct Japanese brown bear lineages

考古、古生物、古人類學研究，膠原蛋白漸漸成為一種重要的材料。不同動物的膠原蛋白略有不同，即使形貌無存，也有機會用膠原蛋白判斷所屬。這個 2021 年的論文報告，丹尼索瓦洞穴的調查。 🐂 🐑 🦊 🐘 🦏 🐆 🐎 🐻

Zooarchaeology through the lens of collagen fingerprinting at Denisova Cave

體型較大的動物移民島嶼後，由於島上資源不足，體型可能會縮小，稱作「島嶼侏儒化」。本來很大隻的犀牛、爪爪會變小隻。這個 2021 年的論文報告，歐洲大陸的大象，來到情義西西里島後，變成迷你爪爪的過程。

Estimating the dwarfing rate of an extinct Sicilian elephant

這個 2022 年的論文報告兩款狒狒間的情慾交流。他們被歸類為不同物種，但是依然可以正常生寶寶。比對 DNA 卻察覺異種 DNA 傳承時，某些特定位置留下的機率比較低，天擇似乎悄悄地在排斥異己。此一狀況可能類似智人祖先，碰上尼安德塔人、丹尼索瓦人的情形。

Selection against admixture and gene regulatory divergence in a long-term primate field study

馬起源自美洲，後來移民歐亞大陸，最後進入非洲，過程和人類相反。美洲的馬一萬多年前滅團，想了解馬的遺傳史只能從古代DNA 尋找線索。這個 2021 年的論文獲得一批美洲古馬的基因組，發現向亞洲移民以外，也有跑回美洲的情慾交流。

Ancient horse genomes reveal the timing and extent of dispersals across the Bering Land Bridge

新的基因誕生有很多方式。這個 2021 年的論文，深入探討其中一種：由跳躍基因插入老基因，導致新的基因出現。

Recurrent evolution of vertebrate transcription factors by transposase capture

這個 2021 年的論文，重建距今 1.71 萬年，一位猛獁象 28 年的生命史。他這輩子走啊走啊，累積可觀的里程，快要可以繞地球兩圈，可謂爪爪界的猛獁可波羅。

Lifetime mobility of an Arctic woolly mammoth

這個 2022 年的論文報告格陵蘭距今 200 萬年的古代DNA，突破紀錄，也意外得知當時有乳齒象出沒。古代DNA 並非來自化石，而是環境沉積物，這類樣本讓我們有機會一窺當時的生態系，以及思考 DNA 保存的問題。

A 2-million-year-old ecosystem in Greenland uncovered by environmental DNA

恐狼（dire wolf）是古時候的美洲狼，冰河時期結束後滅團。他們體格和現在的灰狼非常像，不過體型更大一號，想像形象類似《冰與火之歌》的冰原狼。這個 2020 年的論文卻指出恐狼和現存的狼，親戚關係其實非常遙遠，分家超過 500 萬年。

Dire wolves were the last of an ancient New World canid lineage

歷史上，美洲存在過多款大型動物，但是冰河時期結束後，馬、象等都滅團惹。這個 2021 年的論文調查白令東部過去 3 萬年的沉積層，由其中的 DNA 評估生態變化，發現美洲馬、猛獁象似乎一直生存到距今 5700 年前，比已知最晚的化石紀錄，還要更晚數千年。

Collapse of the mammoth-steppe in central Yukon as revealed by ancient environmental DNA

很很很少數的癌症會傳染。研究比較多的，一種在狗狗間流傳；2 種的宿主是袋獾，而且嚴重到有滅團危機。這個 2020 年的論文分析袋獾癌症的傳染狀況，發現似乎已經趨緩？

A transmissible cancer shifts from emergence to endemism in Tasmanian devils

有些人印象中，企鵝是住在冰天雪地的鳥。不過企鵝分佈其實很廣，從嚴寒的南極，到溫暖的加拉巴哥都能居住。這個 2020 年的論文取得 18 種企鵝，22 個基因組，探討企鵝的演化史。

Genome-wide analyses reveal drivers of penguin diversification

穴熊跟 La New 熊一樣，都是已經滅團的動物。穴熊冬天時會躲在山洞內冬眠，有時候就此長眠不醒，也因此留下不少化石 QQ。距今 2.5 萬年前過後，世界上就沒有穴熊惹，只能透過化石和古代DNA，來認識這種史前動物。這個 2021 年的論文獲得一位穴熊的基因組，分析發現穴熊的粒線體和基因組，遺傳史好像不太一致？

Middle Pleistocene genome calibrates a revised evolutionary history of extinct cave bears

同一物種的分家、新物種形成是重要的演化議題。這個 2020 年的論文，調查兩種有接觸機會的蘭花蜂（orchid bees），發現它們之所以不太會情慾交流，與費洛蒙有關。

The evolution of sexual signaling is linked to odorant receptor tuning in perfume-collecting orchid bees   

劍齒虎，是種冰河時期結束時不幸滅團的大貓貓。英文雖然叫作劍齒貓 scimitar-toothed cat，不過中文都稱為「虎」（聽起來比較厲害？）。這個 2020 年的論文首度報告，劍齒虎的完整基因組。

Genomic Adaptations and Evolutionary History of the Extinct Scimitar-Toothed Cat, Homotherium latidens

人類會使用各種工具，達到不同目的，像是拿麥克風唬爛、用漱口杯漱口。各種不同動物也一樣，最知名的是吱吱和象；鳥類也會，不過所知比較少。這個 2019 年的論文報告，距離遙遠的兩處：冰島和威爾斯，都觀察到北極海鸚使用工具。  

Evidence of tool use in a seabird

大家都知道菟絲子是寄生植物。菟絲子寄生到其他植物時，會出口一批短短 RNA（small RNA）到宿主體內，影響宿主正常的運作，協助其寄生的目的。沒有植物喜歡被寄生，宿主為什麼反抗無效？ 這個 2019 年的論文分析 4 種菟絲子，以及它們與宿主之間 RNA 的關係。

Compensatory sequence variation between trans-species small RNAs and their target sites

公元 1533 年葡萄牙的遠航貿易船，耶穌好棒棒號（Bom Jesus）在航向印度的途中不幸沉船，隨著 40 噸貨物長眠海底。這個 2020 年的論文報告，從船上的大批象牙取得 DNA，他們都是非洲森林象，但是生前都不住在森林。

Sourcing Elephant Ivory from a Sixteenth-Century Portuguese Shipwreck