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美洲黑熊住在北美洲,可是某些成員看起來卻不是「黑」熊,外觀是更淡的棕熊、古銅熊、灰熊等等型號。有人懷疑這是因為讓毛色變淺的基因,由棕熊情慾流動而來。 這個 2022 年的論文深入調查發現,導致變淡的確實是同一個基因,卻是兩種熊熊獨立衍伸的不同變異。

Genetic architecture and evolution of color variation in American black bears 

黑色素退散!讓美洲黑熊和棕熊變淡的基因突變

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真猛獁象(woolly mammoth,學名 Mammuthus primigenius)是一款已經滅團的古代大象,如今從化石中拼湊出幾個古代基因組。這個 2022 年的論文深入探討的議題是:消失的基因!?

Evolutionary consequences of genomic deletions and insertions in the woolly mammoth genome

猛獁象基因,減法的適應?

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分類學上,西瓜屬於葫蘆科旗下的西瓜屬(Citrullus)。 西瓜起源於非洲,不過還有好幾款西瓜的親屬。這個 2022 年的論文由非洲東北部,出土的 2 個瓜子取得古瓜基因組,得知它們都不是甜甜的紅肉西瓜 🍉

Genome sequencing of up to 6,000-yr-old Citrullus seeds reveals use of a bitter-fleshed species prior to watermelon domestication

西瓜甜不甜?6000年利比亞古早人:不甜

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被智人分類為不同物種的熊,彼此間還是會情慾交流,尤其是北極熊與棕熊。熊熊們的基因組中更是留有鐵證,不過大部份都是從北極熊向棕熊的方向情慾流動,很少反過來。 這個 2022 年的論文報告 10 萬年前的北極熊古代基因組,偵測到一樁類似的事。

A polar bear paleogenome reveals extensive ancient gene flow from polar bears into brown bears

超過十萬年前,北極熊,棕熊的情慾交流

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這個 2017 年的論文,報告袋狼(thylacine,學名 Thylacinus cynocephalus)的古代基因組。澳洲、新幾內亞一帶曾住著許多大型動物,如今絕大部分已經滅絕。袋狼滅團的年代很接近現在,歐洲人抵達後遭到大批獵殺而數量大減,1936 年最後一位成員去世後,世界上再也沒有袋狼這種動物惹 QQ

Genome of the Tasmanian tiger provides insights into the evolution and demography of an extinct marsupial carnivore

滅團袋狼的古代基因組,長相變狼的另一種方式

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這個 2023 年的論文著重於「狒狒」的情慾流動,調查 6 個物種的多處族群後,宣稱在人類以外的靈長類,首度發現 3 款祖源合體的跡象,可是這個說法有疑慮。

Genome-wide coancestry reveals details of ancient and recent male-driven reticulation in baboons

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這個 2022 年的論文走向有點奇妙,大家一起來獵奇?就是獲得一款滅絕老鼠的基因組,和近親比對發現,大概只有 95% 的基因組能夠對應。 所以假如要修改近親的 DNA 讓滅絕鼠復活,應該是不可能的任務。

Probing the genomic limits of de-extinction in the Christmas Island rat

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這個 2023 年的論文獲得大批「葉猴(colobine)」的基因組,這一大群吱吱,社會群體組成的變化多端,一群從一男多女,到多男多女 。整體觀之,寒冷環境是導致群體變複雜的一大影響力。

Adaptations to a cold climate promoted social evolution in Asian colobine primates

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提到犀牛,許多人的印象是保育類動物。這個 2021 年的論文分析現代與古代基因組,包括 5 種現生、 3 種滅團犀牛(沒有義大犀牛),探討犀牛的遺傳歷史。最有趣的發現或許是,和其他大型動物相比,犀牛的遺傳多樣性一直很低,這似乎是犀牛們的正常狀態;不過明顯受到人類影響後,遺傳變異又變得更低惹。 

Ancient and modern genomes unravel the evolutionary history of the rhinoceros family

犀牛遺傳史,DNA多樣性常態很低?

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不只人有牙結石,熊也會有。動物死掉以後,結構堅固的牙結石有機會維持很久,保存裡頭的物質,動物生前的口腔微生物也會被封印在裡面。這個 2021 年的論文,從一批熊熊的牙結石取得古代DNA,可是探討的主題是......人類使用抗生素,對生態的影響?!

The oral microbiota of wild bears in Sweden reflects the history of antibiotic use by humans

瑞典棕熊牙結石中的微生物,受到抗生素影響

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日本的本州島上,曾經有許多棕熊走動,但是在冰河時期結束後滅團,跟 LaNew 熊一樣。這個 2021 年的論文獲得一位棕熊的古代DNA,估計他和近親的分家年代,比本州最早的棕熊化石更晚很多,因此推論移民前往本州的棕熊,至少有兩波。

Ancient DNA reveals multiple origins and migration waves of extinct Japanese brown bear lineages

棕熊移民日本本州島,至少有過兩波

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考古、古生物、古人類學研究,膠原蛋白漸漸成為一種重要的材料。不同動物的膠原蛋白略有不同,即使形貌無存,也有機會用膠原蛋白判斷所屬。這個 2021 年的論文報告,丹尼索瓦洞穴的調查。 🐂 🐑 🦊 🐘 🦏 🐆 🐎 🐻

Zooarchaeology through the lens of collagen fingerprinting at Denisova Cave

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體型較大的動物移民島嶼後,由於島上資源不足,體型可能會縮小,稱作「島嶼侏儒化」。本來很大隻的犀牛、爪爪會變小隻。這個 2021 年的論文報告,歐洲大陸的大象,來到情義西西里島後,變成迷你爪爪的過程。

Estimating the dwarfing rate of an extinct Sicilian elephant

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這個 2022 年的論文報告兩款狒狒間的情慾交流。他們被歸類為不同物種,但是依然可以正常生寶寶。比對 DNA 卻察覺異種 DNA 傳承時,某些特定位置留下的機率比較低,天擇似乎悄悄地在排斥異己。此一狀況可能類似智人祖先,碰上尼安德塔人、丹尼索瓦人的情形。

Selection against admixture and gene regulatory divergence in a long-term primate field study

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馬起源自美洲,後來移民歐亞大陸,最後進入非洲,過程和人類相反。美洲的馬一萬多年前滅團,想了解馬的遺傳史只能從古代DNA 尋找線索。這個 2021 年的論文獲得一批美洲古馬的基因組,發現向亞洲移民以外,也有跑回美洲的情慾交流。

Ancient horse genomes reveal the timing and extent of dispersals across the Bering Land Bridge

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新的基因誕生有很多方式。這個 2021 年的論文,深入探討其中一種:由跳躍基因插入老基因,導致新的基因出現。

Recurrent evolution of vertebrate transcription factors by transposase capture

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這個 2021 年的論文,重建距今 1.71 萬年,一位猛獁象 28 年的生命史。他這輩子走啊走啊,累積可觀的里程,快要可以繞地球兩圈,可謂爪爪界的猛獁可波羅。

Lifetime mobility of an Arctic woolly mammoth

爪爪

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這個 2022 年的論文報告格陵蘭距今 200 萬年的古代DNA,突破紀錄,也意外得知當時有乳齒象出沒。古代DNA 並非來自化石,而是環境沉積物,這類樣本讓我們有機會一窺當時的生態系,以及思考 DNA 保存的問題。

A 2-million-year-old ecosystem in Greenland uncovered by environmental DNA

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恐狼(dire wolf)是古時候的美洲狼,冰河時期結束後滅團。他們體格和現在的灰狼非常像,不過體型更大一號,想像形象類似《冰與火之歌》的冰原狼。這個 2020 年的論文卻指出恐狼和現存的狼,親戚關係其實非常遙遠,分家超過 500 萬年。

Dire wolves were the last of an ancient New World canid lineage

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歷史上,美洲存在過多款大型動物,但是冰河時期結束後,馬、象等都滅團惹。這個 2021 年的論文調查白令東部過去 3 萬年的沉積層,由其中的 DNA 評估生態變化,發現美洲馬、猛獁象似乎一直生存到距今 5700 年前,比已知最晚的化石紀錄,還要更晚數千年。

Collapse of the mammoth-steppe in central Yukon as revealed by ancient environmental DNA

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