目前分類:不是人類演化 (32)

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尼安德塔人已經消失幾萬年之久,古代DNA 研究卻發現,如今非洲以外的人類族群,仍然配備少少源自尼尼的 DNA,某方面而言,部分尼尼仍然活在我們體內。這個 2018 年的論文報告,類似狀況也出現在穴熊與棕熊。

Partial genomic survival of cave bears in living brown bears

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緋紅金剛鸚鵡(Scarlet macaw,學名 Ara macao cyanoptera)原產於中美洲南部、南美洲北部。在美洲居民變成美洲原住民以前,這種顏色鮮豔的鳥類深受他們喜愛,除惹直接捕捉,也會飼養。離原產地有段距離的北美洲,也有緋紅金剛鸚鵡,又是怎麼來的?這個 2018 年的論文,以古代 DNA 尋找答案。

Archaeogenomic evidence from the southwestern US points to a Pre-Hispanic scarlet macaw breeding colony

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眼睛的顏色取決於黑色素。假如黑色素多,就會是黑眼睛;黑色素少或沒有,就會是淡色或藍眼睛。眾多狗的品系中,哈士奇的藍眼睛比例很高,非常有特色,卻不清楚是哪個基因造成。

Direct-to-consumer DNA testing of 6,000 dogs reveals 98.6-kb duplication associated with blue eyes and heterochromia in Siberian Huskies

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情慾交流,雖然平常寫起來好像在搞笑,其實是演化研究中非常重要的問題。兩個族群若是出現差異,使得雙方不能情慾交流,產生生殖隔離,就會累積更多差異,最後完全不相來往,這就是物種的誕生。反過來,分開許久的族群,再度碰面後,仍有情慾交流的機會,卻常不順利。

A Maladaptive Combination of Traits Contributes to the Maintenance of a Drosophila Hybrid Zone

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如 DHA 般(22 個碳的主鏈上有 6 個雙鍵),碳鏈上頭有 2 個以上雙鍵的脂肪酸,稱作多元不飽和脂肪酸(polyunsaturated fatty acid)。至於常常聽到的 omega-369 脂肪酸,又是什麼意思呢?脂肪酸的結構,一端為「羧基」,若是第一個雙鍵的位置,和沒有羧基的另一端相隔 3 個碳,就稱作 ω−3 脂肪酸,而 6、9 依此類推。這些很多碳的脂肪酸有很多功能,對生物非常重要。

Genes for de novo biosynthesis of omega-3 polyunsaturated fatty acids are widespread in animals

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山羊(goat)是一萬多年前,被人類由野山羊(bezoar)馴化而來,直到今日仍是重要的馴化動物之一。山羊起源自中東,不過中東很大,馴化山羊是只有一個起源,或是過程更為複雜?這個 2018 年的論文,由肥沃月灣各處,取得 51 個山羊的古代基因組,以及 83 個粒線體,以了解馴化山羊的起源。

Ancient goat genomes reveal mosaic domestication in the Fertile Crescent

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歐洲在中世紀,大概十世紀多的時候,流行用海象牙製作藝術品,例如很有名的 12 世紀路易斯棋。那時也是維京人的年代,海象牙是值錢的商品之一。眾所皆知,格陵蘭雖然沒幾隻維京人,卻是海象牙的大宗出口商。有個假說是,維京人之所以在 10 世紀末殖民格陵蘭,就是為了尋找有利可圖的海象牙。不過,中世紀的北大西洋,很多地方都有海象,海象牙有珍貴到,值得從歐洲附近大老遠跑去格陵蘭採集嗎?

Ancient DNA reveals the chronology of walrus ivory trade from Norse Greenland

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目前歐洲幾乎不存在傷寒Salmonella enterica serovar Paratyphi C),不過這個 2018 年的論文報告,距今 800 年前挪威 Trondheim 的遺骸中,偵測到傷寒存在。伍佰有個歌叫作挪威的森林,和八佰年前,挪威的傷寒應該沒有任何關係。

Pan-genome Analysis of Ancient and Modern Salmonella enterica Demonstrates Genomic Stability of the Invasive Para C Lineage for Millennia

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鼠疫桿菌(Yersinia pestis)造成的疫情,以中世紀的黑死病最廣為人知,不過之前研究發現,鼠疫桿菌至少 5000 年前已經感染人類。由基因看來,那時應該還無法利用跳蚤作載體,傳播能力有限;鼠疫桿菌是什麼時候,才成為跳蚤騎士的?

 Analysis of 3800-year-old Yersinia pestis genomes suggests Bronze Age origin for bubonic plague

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麻風(leprosy)也叫作漢生病,是由麻風桿菌(Mycobacterium leprae)引發的傳染病,幾千年前就有文獻記載,至今仍流行於世界各地。這個 2018 年的論文,由歐洲中世紀的遺骸取得 10 個麻瘋桿菌的基因組,了解這種疾病的傳播歷史。

Ancient genomes reveal a high diversity of Mycobacterium leprae in medieval Europe

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梅毒(syphilis)是種歷史知名的傳染病,於 15 世紀後期突然現身於歐洲。這個 2018 年的論文報告,由距今約 350 年,殖民時代的墨西哥城,首度取得古代梅毒的基因組。

Historic Treponema pallidum genomes from Colonial Mexico retrieved from archaeological remains

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考古記錄顯示,美洲最早的狗出現在約一萬年前;不過現代的美洲狗,遺傳上卻很接近歐亞大陸上現代的同類。歐洲人抵達美洲以前,美洲的狗從何而來,後來有沒有傳承下來呢?這個 2018 年的論文,獲得 7 個北美洲的古狗基因組,最古早的距今有 9000 年,以及 71 個北美和東北亞、北極區的古狗粒線體,研究美洲狗的遺傳歷史。

The evolutionary history of dogs in the Americas

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長臂猿(gibbon)屬於猿類,算是人類沒那麼近的近親之一。這個 2018 年的論文報告,在距今 2300 年左右,秦始皇祖母的墓葬中出土一位長臂猿;型態比對發現,他與所有已知的長臂猿物種都不符合,因此被定義為新屬與新種 Junzi imperialis

New genus of extinct Holocene gibbon associated with humans in Imperial China

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 象是一種存在感很大的動物,古時候曾有過很多種象,不過如今只剩 3 種,而且都面臨生存危機。已經滅絕的爪爪中,曾有真猛瑪象和菱齒象,基因組被定序成功。這個 2018 年的論文獲得更多古象基因組,探討爪爪家的演化史。

A comprehensive genomic history of extinct and living elephants


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鼠疫桿菌(Yersinia pestis)造成的瘟疫,以中世紀的黑死病最為人所知。之前研究指出,至少5000年前已經有人感染過鼠疫桿菌,這個2017年的論文,則調查歐亞大陸西部各地,由 563 個古人樣本中尋找鼠疫桿菌,找到至少6人有感染的跡象。年代介於 3700 到 4800 年前,算是新石器時代晚期,到青銅時代早期。

The Stone Age Plague and Its Persistence in Eurasia

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新的物種如何衍生,一直是演化學重要的問題,看看達爾文的書叫作《物種起源》,就能略知一二。傳統上認為,體型較大的動物,需要經歷很多代,才能累積到足夠的差異,造成生殖隔離,繼而出現新的物種。這個2017年的論文卻報告,有個小島上的達爾文雀,似乎在短短三代之內,就迅速地生殖隔離,出現一個看似新的物種

Rapid hybrid speciation in Darwin’s finches

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曾經橫行歐亞大陸、北美洲北方的真猛瑪象(Wooly mammoth,學名 Mammuthus primigenius),早已滅亡多時,我們之所以認識這種史前巨獸,靠的是牠們去世後留下的化石。不過,化石數目其實有性別偏差?

Genome-Based Sexing Provides Clues about Behavior and Social Structure in the Woolly Mammoth

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人類,在生物分類上算是一種「大猿」。大猿旗下有黑猩猩、紅毛猩猩、大猩猩等吱吱,上一種被定義的大猿物種,是1929年時,黑猩猩的最近親巴諾布。這個2017年的論文提議,將一群住在蘇門答臘西北方,多峇湖一帶的紅毛猩猩,定義為一個新的物種:Pongo tapanuliensis

Morphometric, Behavioral, and Genomic Evidence for a New Orangutan Species

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劍齒虎是一個統稱(英文叫作 saber-toothed cats,明明就是劍齒貓!),收納惹許多親緣上沒那麼近的貓科動物。地球上曾經有過很多劍齒虎,只是冰河時期結束以後,牠們從此消失,我們只能由化石認識這些史前動物。 這個2017年的論文,取得惹2群劍齒虎的古代DNA:斯劍虎(Smilodon)和似劍齒虎(Homotherium)。

Evolutionary History of Saber-Toothed Cats Based on Ancient Mitogenomics

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玉米(Zea mays)是當今世界上最主要的農作物之一,最早大概在9000年前,被中美洲居民馴化、開始種植。等到4000年前,玉米傳往美國西南,卻要再等2000年左右,才普遍在美國西南的高海拔地區出現。圖片雖然很像被啃過的玉米,不過它們來頭不小,不是普通的玉米,是1900年前,第一批於美國西南,高海拔地帶種植的陳年老玉米。

Genomic estimation of complex traits reveals ancient maize adaptation to temperate North America

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