盲眼的尼安德塔石器匠

藍馬羚（Hippotragus leucophaeus）是一款住在非洲南部的羚羊。如今沒有活人曾經見過活羚羊，因為他們在公元 1800 年完全滅團。 藍馬羚的羊口數量本來就非常少。這個 2024 年的論文，獲得藍馬羚的古代基因組，判斷數量是真的一直都這麼低，維持很長時間，直到英國人前來殖民......

Colonial-driven extinction of the blue antelope despite genomic adaptation to low population size

熊貓是黑白的，不過也有罕見的棕白組合，只在秦嶺的族群出現。有趣的是，已知棕毛熊貓的父母和小孩，都還是黑毛。這個 2024 年的論文，尋獲讓黑毛變淡成棕色的熊貓基因，是體染色體上基因的隱性變異，父母湊出一對，才會形成棕毛熊貓。

Taking a color photo: A homozygous 25-bp deletion in Bace2 may cause brown-and-white coat color in giant pandas

時間長河中許多生物已經滅團。依然留存的生物，和古時候的同類相比，遺傳多樣性常常降低。這個 2024 年的論文，獲得伊比利亞猞猁的古代DNA，比對發現古時候的猞猁（lynx），DNA 變化竟然更少。

Recent increase in species-wide diversity after interspecies introgression in the highly endangered Iberian lynx

棕熊（Ursus arctos）存活到現在，出沒範圍比古時候小很多。這個 2024 年的論文分析古代DNA，認為不同地區棕熊滅團的時候，也一起損失 DNA 多樣性。

The origins and diversification of Holarctic brown bear populations inferred from genomes of past and present populations

紐西蘭的「南秧雞」是一款不會飛的鳥類，身高約 50 公分。一百多年前以為滅團，公元 1948 年又尋獲殘存成員，目前有個復育中的迷你族群。 南秧雞還有個近親物種「moho」真的已經滅團。這個 2023 年的論文，從死鳥骨頭、博物館皮膚樣本、活鳥取得粒線體 DNA，探討遺傳歷史。

Ancient mitochondrial genomes unveil the origins and evolutionary history of New Zealand's enigmatic takahē and moho

許多動物，女生和男生長得不一樣。有趣的是，有時候某些女生的外貌會很像男生，或是男生看起來很女生。這個 2023 年的論文探討豆娘，一些女生長相男性化的遺傳根源。

The genomics and evolution of inter-sexual mimicry and female-limited polymorphisms in damselflies

如今遍佈世界的馴化貓最初源自中東，各地的野貓近親，許多卻面臨生存危機。 這個 2023 年的論文調查蘇格蘭的野貓，發現雙方有上千年接觸機會，但是一直沒什麼情慾交流。直到 70 年前左右才改變狀況，使得如今的蘇格蘭野貓，多少都配備馴化貓的血緣。

Genetic swamping of the critically endangered Scottish wildcat was recent and accelerated by disease

這個 2023 年的論文，探討古代歐洲野貓和馴化貓的情慾交流。判斷古時候不同款貓貓，DNA 流動很少。

Limited historical admixture between European wildcats and domestic cats

「麝牛」是一款住在北極圈的牛牛，相當適應寒冷的環境。冰河時期結束後許多大型動物滅團，麝牛仍屹立不倒；更厲害的是到這個人類時代，依然沒有滅團危機。

Population genomics of the muskox' resilience in the near absence of genetic variation

這個 2023 年的論文報告，首度發現野生的黑猩猩 🦍，存在更年期。這項研究的對象不是人類，看似與人類演化無關，其實很難說。

Demographic and hormonal evidence for menopause in wild chimpanzees

達爾文當年來到加拉巴哥群島，受到鳥鳥、龜龜等生物啟發，因此島上的鳥鳥被後世稱為達爾文雀。目前達爾文雀可以分為 18 個物種，長得大致類似，不過體型、鳥喙的形狀、大小等特徵不一樣。 這個 2023 年的論文探討 Daphne Major 島上的爾文鳥，鎖定 4 個物種。

Community-wide genome sequencing reveals 30 years of Darwin’s finch evolution

生物的生存都有極限，南美洲的安地斯山脈一些地方海拔超過 6000 公尺，常理想來哺乳類動物應該無法生存。這個 2023 年的論文卻報告，在高山上發現多位勞贖木乃伊，很可能來自長期居住的鼠輩。

Genomic insights into the mystery of mouse mummies on the summits of Atacama volcanoes

近代科學發展幾百年來，博物館等地搜集大量的標本。這個 2023 年的論文報告從「果蠅」的標本取得古代 DNA。或是根據樣本性質，可稱為歷史 DNA。

Genomes from historical Drosophila melanogaster specimens illuminate adaptive and demographic changes across more than 200 years of evolution

野生動物的「突變率」是個奧妙的東西，一般都是用演化樹建構關係，再比對序列差異來估計。這個 2023 年的論文卻直接從野生的鯨魚取樣，三十年來多位鯨魚親子的樣本，直接偵測新突變的狀況。

Wild pedigrees inform mutation rates and historic abundance in baleen whales

老虎是文化影響力很大的一款大貓貓，有好幾個亞種，但是目前全部加起來虎口也很有限。 這個 2023 年的論文，收集現代老虎、近期收藏，以及古代DNA 的樣本，摸索老虎的遺傳史。從遺傳看來，老虎「亞種」的傳統分類，有道理。

Ancient DNA reveals genetic admixture in China during tiger evolution

承載遺傳訊息的分子 DNA、RNA、蛋白質，其中 RNA 的結構最不穩定，可能從遺骸中取得古代RNA 嗎？ 隨著技術進步，確實有少數成功案例。這個 2023 年的論文報告，從「袋狼」的樣本取得 RNA，讓我們對這款已經滅團的動物，增添一分認識。

Historical RNA expression profiles from the extinct Tasmanian tiger

大猩猩分類為 2 個物種，各 2 個亞種。這個 2023 年的論文比對基因組後，判斷部分大猩猩族群，曾經和已經滅團的神秘親戚有過情慾流動。

Ghost admixture in eastern gorillas

近來古代DNA 大行其道，不過有一類樣本沒那麼古早，材料多半來自博物館，不是太久以前的收藏，稱為歷史DNA（historical DNA）。 這個 2023 年論文的材料便是博物館保存的鳥類「柳鶲（willow flycatcher）」。比較加州的聖地牙哥，一百多年前的樣本，和最近的同類有哪些 DNA 變化。

Historical DNA reveals climate adaptation in an endangered songbird

長頸鹿，大家都很熟悉。原本認為長頸鹿就是一個物種，前幾年的 DNA 分析卻判斷有些族群之間分家很久，因此改成四個物種。 這個 2024 年的論文報告，現今的長頸鹿們確實可以分為四個物種，古時候卻發生過明顯的情慾流動。

Giraffe lineages are shaped by major ancient admixture events

真猛獁象（woolly mammoth）一度漫遊於歐亞大陸北方，最北可達北緯 80 度，適應相當寒冷的氣候，不過已經滅團。這個 2023 年的論文比對猛獁，以及現代的非洲象、亞洲象基因組，調查他們的遺傳適應，發現不少遺傳變異，70 萬年前已經存在。

Genomics of adaptive evolution in the woolly mammoth