盲眼的尼安德塔石器匠

達爾文當年來到加拉巴哥群島，受到鳥鳥、龜龜等生物啟發，因此島上的鳥鳥被後世稱為達爾文雀。目前達爾文雀可以分為 18 個物種，長得大致類似，不過體型、鳥喙的形狀、大小等特徵不一樣。 這個 2023 年的論文探討 Daphne Major 島上的爾文鳥，鎖定 4 個物種。

Community-wide genome sequencing reveals 30 years of Darwin’s finch evolution

生物的生存都有極限，南美洲的安地斯山脈一些地方海拔超過 6000 公尺，常理想來哺乳類動物應該無法生存。這個 2023 年的論文卻報告，在高山上發現多位勞贖木乃伊，很可能來自長期居住的鼠輩。

Genomic insights into the mystery of mouse mummies on the summits of Atacama volcanoes

近代科學發展幾百年來，博物館等地搜集大量的標本。這個 2023 年的論文報告從「果蠅」的標本取得古代 DNA。或是根據樣本性質，可稱為歷史 DNA。

Genomes from historical Drosophila melanogaster specimens illuminate adaptive and demographic changes across more than 200 years of evolution

野生動物的「突變率」是個奧妙的東西，一般都是用演化樹建構關係，再比對序列差異來估計。這個 2023 年的論文卻直接從野生的鯨魚取樣，三十年來多位鯨魚親子的樣本，直接偵測新突變的狀況。

Wild pedigrees inform mutation rates and historic abundance in baleen whales

老虎是文化影響力很大的一款大貓貓，有好幾個亞種，但是目前全部加起來虎口也很有限。 這個 2023 年的論文，收集現代老虎、近期收藏，以及古代DNA 的樣本，摸索老虎的遺傳史。從遺傳看來，老虎「亞種」的傳統分類，有道理。

Ancient DNA reveals genetic admixture in China during tiger evolution

承載遺傳訊息的分子 DNA、RNA、蛋白質，其中 RNA 的結構最不穩定，可能從遺骸中取得古代RNA 嗎？ 隨著技術進步，確實有少數成功案例。這個 2023 年的論文報告，從「袋狼」的樣本取得 RNA，讓我們對這款已經滅團的動物，增添一分認識。

Historical RNA expression profiles from the extinct Tasmanian tiger

大猩猩分類為 2 個物種，各 2 個亞種。這個 2023 年的論文比對基因組後，判斷部分大猩猩族群，曾經和已經滅團的神秘親戚有過情慾流動。

Ghost admixture in eastern gorillas

近來古代DNA 大行其道，不過有一類樣本沒那麼古早，材料多半來自博物館，不是太久以前的收藏，稱為歷史DNA（historical DNA）。 這個 2023 年論文的材料便是博物館保存的鳥類「柳鶲（willow flycatcher）」。比較加州的聖地牙哥，一百多年前的樣本，和最近的同類有哪些 DNA 變化。

Historical DNA reveals climate adaptation in an endangered songbird

長頸鹿，大家都很熟悉。原本認為長頸鹿就是一個物種，前幾年的 DNA 分析卻判斷有些族群之間分家很久，因此改成四個物種。 這個 2024 年的論文報告，現今的長頸鹿們確實可以分為四個物種，古時候卻發生過明顯的情慾流動。

Giraffe lineages are shaped by major ancient admixture events

真猛獁象（woolly mammoth）一度漫遊於歐亞大陸北方，最北可達北緯 80 度，適應相當寒冷的氣候，不過已經滅團。這個 2023 年的論文比對猛獁，以及現代的非洲象、亞洲象基因組，調查他們的遺傳適應，發現不少遺傳變異，70 萬年前已經存在。

Genomics of adaptive evolution in the woolly mammoth

人類能感受酸甜苦鹹等味道，靠的是舌頭上的味蕾等部位。不知道有沒有人好奇，我們對酸味很熟悉，可是好像沒有聽過「鹼味」？這個 2023 年的論文報告，動物身上確認一種專門偵測鹼味的受器，不過動物不是人類，而是果蠅。

Alkaline taste sensation through the alkaliphile chloride channel in Drosophila

象鳥住在非洲東方的大島：馬達加斯加，曾經是世界最大的鳥類，最大隻有一公噸，但是已經全部滅團。這個 2023 年的論文從許多「蛋殼」取得古代DNA，試著摸索象鳥漫長的演化歷史。

Molecular exploration of fossil eggshell uncovers hidden lineage of giant extinct bird

美洲黑熊住在北美洲，可是某些成員看起來卻不是「黑」熊，外觀是更淡的棕熊、古銅熊、灰熊等等型號。有人懷疑這是因為讓毛色變淺的基因，由棕熊情慾流動而來。 這個 2022 年的論文深入調查發現，導致變淡的確實是同一個基因，卻是兩種熊熊獨立衍伸的不同變異。

Genetic architecture and evolution of color variation in American black bears 

真猛獁象（woolly mammoth，學名 Mammuthus primigenius）是一款已經滅團的古代大象，如今從化石中拼湊出幾個古代基因組。這個 2022 年的論文深入探討的議題是：消失的基因！？

Evolutionary consequences of genomic deletions and insertions in the woolly mammoth genome

分類學上，西瓜屬於葫蘆科旗下的西瓜屬（Citrullus）。 西瓜起源於非洲，不過還有好幾款西瓜的親屬。這個 2022 年的論文由非洲東北部，出土的 2 個瓜子取得古瓜基因組，得知它們都不是甜甜的紅肉西瓜 🍉

Genome sequencing of up to 6,000-yr-old Citrullus seeds reveals use of a bitter-fleshed species prior to watermelon domestication

被智人分類為不同物種的熊，彼此間還是會情慾交流，尤其是北極熊與棕熊。熊熊們的基因組中更是留有鐵證，不過大部份都是從北極熊向棕熊的方向情慾流動，很少反過來。 這個 2022 年的論文報告 10 萬年前的北極熊古代基因組，偵測到一樁類似的事。

A polar bear paleogenome reveals extensive ancient gene flow from polar bears into brown bears

這個 2017 年的論文，報告袋狼（thylacine，學名 Thylacinus cynocephalus）的古代基因組。澳洲、新幾內亞一帶曾住著許多大型動物，如今絕大部分已經滅絕。袋狼滅團的年代很接近現在，歐洲人抵達後遭到大批獵殺而數量大減，1936 年最後一位成員去世後，世界上再也沒有袋狼這種動物惹 QQ

Genome of the Tasmanian tiger provides insights into the evolution and demography of an extinct marsupial carnivore

這個 2023 年的論文著重於「狒狒」的情慾流動，調查 6 個物種的多處族群後，宣稱在人類以外的靈長類，首度發現 3 款祖源合體的跡象，可是這個說法有疑慮。

Genome-wide coancestry reveals details of ancient and recent male-driven reticulation in baboons

這個 2022 年的論文走向有點奇妙，大家一起來獵奇？就是獲得一款滅絕老鼠的基因組，和近親比對發現，大概只有 95% 的基因組能夠對應。 所以假如要修改近親的 DNA 讓滅絕鼠復活，應該是不可能的任務。

Probing the genomic limits of de-extinction in the Christmas Island rat

這個 2023 年的論文獲得大批「葉猴（colobine）」的基因組，這一大群吱吱，社會群體組成的變化多端，一群從一男多女，到多男多女 。整體觀之，寒冷環境是導致群體變複雜的一大影響力。

Adaptations to a cold climate promoted social evolution in Asian colobine primates