盲眼的尼安德塔石器匠

生物接觸不同顏色的光，會有不同的反應。這個 2019 年的論文報告，果蠅白天活動的時候，早晚各有一次高峰，會超級喜歡綠色，但是總是避免藍色。這是怎麼造成的！？

Daytime colour preference in Drosophila depends on the circadian clock and TRP channels

過去幾年，由遺骸中取得 DNA 的資訊，大大增進我們對演化的認識；這個 2019 年的論文則是由犀牛化石中，取得大量蛋白質，比最古早的 DNA 更早一百萬年，距今有 177 萬年之久！

Early Pleistocene enamel proteome from Dmanisi resolves Stephanorhinusphylogeny

台灣有石虎，不過東亞其他很多地方也有石虎，牠們的關係如何？這個 2017 年的論文以粒線體 DNA 為材料，分析各地石虎的親戚關係。

Genetic Structure and Phylogeography of the Leopard Cat (Prionailurus bengalensis) Inferred from Mitochondrial Genomes

飲食非常重要，不同生物有不同的食物取向。有些動物像是人類，能吃的食物很廣，有些如熊貓、無尾熊則很侷限。這個 2019 年的論文，探討 2 種果蠅吃糖的能力，其中一種果蠅，除惹實驗室以外，只住在東非外海的塞席爾群島，因此名喚「塞席爾果蠅（Drosophila sechellia）」，很普通的糖，對它們竟然是毒藥！

Natural variation in sugar tolerance associates with changes in signaling and mitochondrial ribosome biogenesis

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尼安德塔人已經消失幾萬年之久，古代DNA 研究卻發現，如今非洲以外的人類族群，仍然配備少少源自尼尼的 DNA，某方面而言，部分尼尼仍然活在我們體內。這個 2018 年的論文報告，類似狀況也出現在穴熊與棕熊。

Partial genomic survival of cave bears in living brown bears

情慾交流，雖然平常寫起來好像在搞笑，其實是演化研究中非常重要的問題。兩個族群若是出現差異，使得雙方不能情慾交流，產生生殖隔離，就會累積更多差異，最後完全不相來往，這就是物種的誕生。反過來，分開許久的族群，再度碰面後，仍有情慾交流的機會，卻常不順利。

A Maladaptive Combination of Traits Contributes to the Maintenance of a Drosophila Hybrid Zone

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如 DHA 般（22 個碳的主鏈上有 6 個雙鍵），碳鏈上頭有 2 個以上雙鍵的脂肪酸，稱作多元不飽和脂肪酸（polyunsaturated fatty acid）。至於常常聽到的 omega-369 脂肪酸，又是什麼意思呢？脂肪酸的結構，一端為「羧基」，若是第一個雙鍵的位置，和沒有羧基的另一端相隔 3 個碳，就稱作 ω−3 脂肪酸，而 6、9 依此類推。這些很多碳的脂肪酸有很多功能，對生物非常重要。

Genes for de novo biosynthesis of omega-3 polyunsaturated fatty acids are widespread in animals

象是存在感很大的動物，古時候曾有過很多種象，不過如今只剩 3 種，而且都面臨生存危機。已經滅絕的爪爪中，曾有真猛獁象和菱齒象的基因組被定序成功。這個 2018 年的論文獲得更多古象基因組，探討爪爪家的演化史。

A comprehensive genomic history of extinct and living elephants

新的物種如何衍生，一直是演化學重要的問題，看看達爾文的書叫作《物種起源》，就能略知一二。傳統上認為，體型較大的動物，需要經歷很多代，才能累積到足夠的差異，造成生殖隔離，繼而出現新的物種。這個2017年的論文卻報告，有個小島上的達爾文雀，似乎在短短三代之內，就迅速地生殖隔離，出現一個看似新的物種 。

Rapid hybrid speciation in Darwin’s finches

曾經橫行歐亞大陸、北美洲北方的真猛獁象（Wooly mammoth，學名 Mammuthus primigenius）早已滅亡多時，我們之所以認識這種史前巨獸，靠的是牠們去世後留下的化石。不過，化石數目其實有性別偏差？

Genome-Based Sexing Provides Clues about Behavior and Social Structure in the Woolly Mammoth

人類，在生物分類上算是一種「大猿」。大猿旗下有黑猩猩、紅毛猩猩、大猩猩等吱吱，上一種被定義的大猿物種，是1929年時，黑猩猩的最近親巴諾布。這個2017年的論文提議，將一群住在蘇門答臘西北方，多峇湖一帶的紅毛猩猩，定義為一個新的物種：Pongo tapanuliensis。

Morphometric, Behavioral, and Genomic Evidence for a New Orangutan Species

劍齒虎是一個統稱（英文叫作 saber-toothed cats，明明就是劍齒貓！），收納惹許多親緣上沒那麼近的貓科動物。地球上曾經有過很多劍齒虎，只是冰河時期結束以後，牠們從此消失，我們只能由化石認識這些史前動物。 這個 2017 年的論文取得 2 群劍齒虎的古代DNA：斯劍齒虎（Smilodon）和似劍齒虎（Homotherium）。

Evolutionary History of Saber-Toothed Cats Based on Ancient Mitogenomics

好幾種曾經存在世上的象，已經滅絕，除惹知名的猛獁象外，還有比較影薄的  Palaeoloxodon（古菱齒象屬），75 萬年前出現後，一度分佈於歐亞大陸西部的廣大區域，直到 35000 年前滅絕（不過可靠的結果是 11 萬多年前）。

Palaeogenomes of Eurasian straight-tusked elephants challenge the current view of elephant evolution

趨同（convergence）是演化上常見的狀況，意思是兩個相似的性狀，並非源自於單一的共同祖先，而是因獨立改變獲得。比方說，魚龍跟白海豚長得都像是魚，但它們像魚的型態，卻皆為各自演化而成，和魚無關。在遺傳上，趨同演化是怎樣發生的？這個2016年的論文，選擇都屬於果蠅的ananassae分支旗下，數種親緣接近的物種比較，探討這個問題。

Genetic Convergence in the Evolution of Male-Specific Color Patterns in Drosophila

近來大批古代DNA 的研究，讓我們對智人與已經滅亡的尼安德塔人、丹尼索瓦人，之間的情慾交流有了基本的認識。現存於世人類最接近的親戚，是黑猩猩（(Pan troglodytes）與巴諾布（Pan paniscus），但有關他們的遺傳史了解仍很有限。至今仍沒有任何黑猩猩或巴諾布的古代DNA，要研究只能從現存的成員下手。這個 2016 年的論文，大手筆搜集非洲各地 65 位黑猩猩，以及 10 位巴諾布的基因組，希望深入探討他們間的親戚關係，和潛在的情慾交流史。

Chimpanzee genomic diversity reveals ancient admixture with bonobos

大家都知道住在非洲，以脖子很長聞名的長頸鹿。本人沒見過長頸鹿的林奈，公元 1758 年時根據骨骼標本，將長頸鹿命名為 Giraffa camelopardalis 這一個物種。後來有些學者又將長頸鹿再細分為好幾個亞種，這個 2016 年的論文發表前，一個說法是，共有分佈在非洲各地區的 9 個亞種。

Multi-locus Analyses Reveal Four Giraffe Species Instead of One

距今約 2 萬多年前，地球進入末次冰盛期，是近代最嚴酷的冰河時期。氣溫變化對生物演化的影響非常大，美洲西北方的兩個大型冰蓋，勞倫斯冰蓋（Laurentide Ice Sheet）與柯迪勒拉冰蓋（Cordilleran Ice Sheet）在冰河全盛時期，就像中國與蒙古般，一度統一為不可分割的一部份。

Bison phylogeography constrains dispersal and viability of the Ice Free Corridor in western Canada

最近一篇超過1000位作者的論文，讓生物學界都驚呆了！《Nature》還特別寫新聞報導：

Fruit-fly paper has 1,000 authors

科學論文的作者掛名一向是個很容易起爭議的議題，有沒有資格掛名，掛名又要掛在第幾名讓無數科學界從業人士戰的你死我活。各方面對論文掛名有很多差異很大的看法，可以參考以下這個文章：