盲眼的尼安德塔石器匠

同一物種的分家、新物種形成是重要的演化議題。這個 2020 年的論文，調查兩種有接觸機會的蘭花蜂（orchid bees），發現它們之所以不太會情慾交流，與費洛蒙有關。

The evolution of sexual signaling is linked to odorant receptor tuning in perfume-collecting orchid bees   

劍齒虎，是種冰河時期結束時不幸滅團的大貓貓。英文雖然叫作劍齒貓 scimitar-toothed cat，不過中文都稱為「虎」（聽起來比較厲害？）。這個 2020 年的論文首度報告，劍齒虎的完整基因組。

Genomic Adaptations and Evolutionary History of the Extinct Scimitar-Toothed Cat, Homotherium latidens

人類會使用各種工具，達到不同目的，像是拿麥克風唬爛、用漱口杯漱口。各種不同動物也一樣，最知名的是吱吱和象；鳥類也會，不過所知比較少。這個 2019 年的論文報告，距離遙遠的兩處：冰島和威爾斯，都觀察到北極海鸚使用工具。  

Evidence of tool use in a seabird

大家都知道菟絲子是寄生植物。菟絲子寄生到其他植物時，會出口一批短短 RNA（small RNA）到宿主體內，影響宿主正常的運作，協助其寄生的目的。沒有植物喜歡被寄生，宿主為什麼反抗無效？ 這個 2019 年的論文分析 4 種菟絲子，以及它們與宿主之間 RNA 的關係。

Compensatory sequence variation between trans-species small RNAs and their target sites

公元 1533 年葡萄牙的遠航貿易船，耶穌好棒棒號（Bom Jesus）在航向印度的途中不幸沉船，隨著 40 噸貨物長眠海底。這個 2020 年的論文報告，從船上的大批象牙取得 DNA，他們都是非洲森林象，但是生前都不住在森林。

Sourcing Elephant Ivory from a Sixteenth-Century Portuguese Shipwreck

獅子是最知名的大型動物之一，古時候有好幾種獅子住在非洲、歐亞大陸、美洲各地，現在卻只剩非洲和印度有一小群，還有台灣統一獅、韓國三星獅、日本西武獅，其他都滅團惹。這個 2020 年的論文取得穴獅和現代獅的基因組，探討獅子的遺傳史。

The evolutionary history of extinct and living lions

披毛犀牛是一種住在歐亞大陸北部的犀牛，不幸於 1.45 萬年前滅團，和義大犀牛一樣。這兒寫到披毛犀牛，多半是作為尼尼獵物的角色，不過今天他們是主角。這個 2020 年的論文報告披毛犀牛的古代DNA，發現牠們直到消失前幾千年，族群數量還很穩定。

Pre-extinction Demographic Stability and Genomic Signatures of Adaptation in the Woolly Rhinoceros

古代DNA 研究持續進展，之前年代最早的記錄於 2013 年發表，是距今將近 80 萬年的馬。2021 年新發表的 3 位爪爪樣本，2 位超過一百萬年，創下新記錄。

Million-year-old DNA sheds light on the genomic history of mammoths

這個 2021 年的論文，由墨西哥遺址的泥土中，獲得兩種古熊的細胞核 DNA，一種是一萬多年前滅團的大短面熊（giant short-faced bear，學名 Arctodus simus），另一種是如今仍然活著的美洲黑熊（Ursus americanus）。

Environmental genomics of Late Pleistocene black bears and giant short-faced bears

狼的演化史中，西伯利亞東北部是關鍵地區，最近也有研究認為馴化狗源自此處。這個 2021 年的論文取得 4 個古狼基因組，探討狼的演化史。

Genomes of Pleistocene Siberian Wolves Uncover Multiple Extinct Wolf Lineages

南美洲的捲尾猴，會利用石頭為工具敲打果果。這個 2019 年的論文報告這項行為至少存在 2400 年，可能有 3000 年之久，而且不同時期的吱吱，使用石頭的重量不太一樣。

Three thousand years of wild capuchin stone tool use

魚類有好幾種決定性別的方式，有些魚和智人一樣，也是有 Y染色體的是男生，沒有的是女生。大西洋鯡（Atlantic herring）乍看之下沒有性染色體，不過這個 2020 年的論文發現其實有，只是非常非常非常小，只牽涉 3 個基因！

Reconstruction of the birth of a male sex chromosome present in Atlantic herring

尼安德塔人等古早人類消失以後，黑猩猩與巴諾布成為人類的最近親，他們在分家至少 100 萬年以後，仍有過情慾流動。這個 2019 年的論文又發現，巴諾布疑似還跟神秘親戚交流過 DNA，黑猩猩卻沒有。

Ancient admixture from an extinct ape lineage into bonobos

由化石中取得遺傳物質，能夠大大增進我們對遠古生物的了解，這幾年大批古代DNA 的研究就是明證。不過 DNA 的保存往往不如蛋白質，這個 2019 年的論文順利由步氏巨猿，190 萬年前化石中取得蛋白質！

Enamel proteome shows that Gigantopithecus was an early diverging pongine

生物接觸不同顏色的光，會有不同的反應。這個 2019 年的論文報告，果蠅白天活動的時候，早晚各有一次高峰，會超級喜歡綠色，但是總是避免藍色。這是怎麼造成的！？

Daytime colour preference in Drosophila depends on the circadian clock and TRP channels

過去幾年，由遺骸中取得 DNA 的資訊，大大增進我們對演化的認識；這個 2019 年的論文則是由犀牛化石中，取得大量蛋白質，比最古早的 DNA 更早一百萬年，距今有 177 萬年之久！

Early Pleistocene enamel proteome from Dmanisi resolves Stephanorhinusphylogeny

台灣有石虎，不過東亞其他很多地方也有石虎，牠們的關係如何？這個 2017 年的論文以粒線體 DNA 為材料，分析各地石虎的親戚關係。

Genetic Structure and Phylogeography of the Leopard Cat (Prionailurus bengalensis) Inferred from Mitochondrial Genomes

飲食非常重要，不同生物有不同的食物取向。有些動物像是人類，能吃的食物很廣，有些如熊貓、無尾熊則很侷限。這個 2019 年的論文，探討 2 種果蠅吃糖的能力，其中一種果蠅，除惹實驗室以外，只住在東非外海的塞席爾群島，因此名喚「塞席爾果蠅（Drosophila sechellia）」，很普通的糖，對它們竟然是毒藥！

Natural variation in sugar tolerance associates with changes in signaling and mitochondrial ribosome biogenesis

via  這裡

尼安德塔人已經消失幾萬年之久，古代DNA 研究卻發現，如今非洲以外的人類族群，仍然配備少少源自尼尼的 DNA，某方面而言，部分尼尼仍然活在我們體內。這個 2018 年的論文報告，類似狀況也出現在穴熊與棕熊。

Partial genomic survival of cave bears in living brown bears

情慾交流，雖然平常寫起來好像在搞笑，其實是演化研究中非常重要的問題。兩個族群若是出現差異，使得雙方不能情慾交流，產生生殖隔離，就會累積更多差異，最後完全不相來往，這就是物種的誕生。反過來，分開許久的族群，再度碰面後，仍有情慾交流的機會，卻常不順利。

A Maladaptive Combination of Traits Contributes to the Maintenance of a Drosophila Hybrid Zone

  via 這裡