過去幾年，由遺骸中取得 DNA 的資訊，大大增進我們對演化的認識；這個 2019 年的論文則是由犀牛化石中，取得大量蛋白質，比最古早的 DNA 更早一百萬年，距今有 177 萬年之久！
Early Pleistocene enamel proteome from Dmanisi resolves Stephanorhinusphylogeny
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古代 DNA 能提供相當多訊息，DNA 卻無法保存太久。至今最古早的人類 DNA 距今約 43 萬年，最早的 DNA 來自 70 多萬年前的古馬。相比之下，蛋白質的化學結構比 DNA 更穩定，甚至在幾千萬年前的恐龍化石中，仍然存在蛋白質。可惜絕大部分古代蛋白質，抓到的都是膠原蛋白，是很難得沒錯，卻無法提供多少有用的訊息。
然而，假如可以取得多一點不同種類的蛋白質，能帶來的價值將非常驚人；例如之前 16 萬年前青藏高原上，無法取得 DNA 的樣本，就靠著蛋白質判斷出他是丹尼索瓦人。
這個論文的樣本，來自高加索南部，喬治亞的 Dmanisi 遺址。此處最出名的莫過於 177 萬年前的人類化石，分別屬於 5 位個體，被歸類為直立人，或是很接近直立人的近親，是非洲以外最古早的人類化石。
這個論文則是由一批 Stephanorhinus－滅絕的古早犀牛，骨頭與牙齒取樣，結果測試的 23 件樣本中，有 15 件偵測到蛋白質片段。保存最佳蛋白質的樣本種類，是牙齒的琺瑯質，可以分離出膠原蛋白以外，多種其他蛋白質的片段。論文指出，琺瑯質是動物最堅硬的部位之一，大量古生物化石都有琺瑯質， 只要發展出分析方法，很有希望由眾多樣本中，取得大量有意義的資訊。
比方說參與琺瑯質製造，amelogenin 這種蛋白質，基因位於 X 或 Y 染色體上，因此女生與男生的氨基酸序列不同；女生沒有 Y染色體，只有 AMELX，男生有 X 也有 Y，所以 AMELX、AMELY 兩種都有。透過 amelogenin 型號，可以判斷這回分析的犀牛，（生理遺傳上）是男生。
更有價值的是比較不同生物間，蛋白質的序列差異，能夠判斷他們的親戚關係。其中一個臼齒的樣本，保有來自 6 種蛋白質中，987 種胜肽上的 875 個氨基酸；儘管殘缺，卻已經多到足以分辨犀牛間的親戚關係。
目前的犀牛分類認為，已經滅絕的披毛犀和莫克犀牛是近親。
披毛犀，woolly rhinoceros，學名 Coelodonta antiquitatis。
莫克犀牛，Merck’s rhinoceros，學名 Stephanorhinus kirchbergensis。
而那個臼齒，根據型態被歸類為 Stephanorhinus hundsheimensis 或 etruscus，照現有的型態分類看，應該和同屬 S 科的莫克犀牛比較近。但是根據蛋白質的差異，反倒是披毛犀和莫克犀牛彼此最接近，喬治亞 S犀牛在他們外頭；更外頭則是蘇門答臘犀牛（Dicerorhinus sumatrensis）。
論文認為，有必要重新檢視犀牛的分類，尤其是已經消失的古早犀牛們。不過論文也指出，光憑數量有限的蛋白質，不足以建立可靠的物種分類；然而，取得更多資訊仍然相當有價值。
177萬年前，喬治亞的Stephanorhinus犀牛蛋白質
新聞稿：
Ground-breaking method to reconstruct the evolution of all species
新聞稿：
'Game-changing' research could solve evolution mysteries
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