盲眼的尼安德塔石器匠

美洲黑熊住在北美洲，可是某些成員看起來卻不是「黑」熊，外觀是更淡的棕熊、古銅熊、灰熊等等型號。有人懷疑這是因為讓毛色變淺的基因，由棕熊情慾流動而來。 這個 2022 年的論文深入調查發現，導致變淡的確實是同一個基因，卻是兩種熊熊獨立衍伸的不同變異。

Genetic architecture and evolution of color variation in American black bears 

真猛獁象（woolly mammoth，學名 Mammuthus primigenius）是一款已經滅團的古代大象，如今從化石中拼湊出幾個古代基因組。這個 2022 年的論文深入探討的議題是：消失的基因！？

Evolutionary consequences of genomic deletions and insertions in the woolly mammoth genome

分類學上，西瓜屬於葫蘆科旗下的西瓜屬（Citrullus）。 西瓜起源於非洲，不過還有好幾款西瓜的親屬。這個 2022 年的論文由非洲東北部，出土的 2 個瓜子取得古瓜基因組，得知它們都不是甜甜的紅肉西瓜 🍉

Genome sequencing of up to 6,000-yr-old Citrullus seeds reveals use of a bitter-fleshed species prior to watermelon domestication

被智人分類為不同物種的熊，彼此間還是會情慾交流，尤其是北極熊與棕熊。熊熊們的基因組中更是留有鐵證，不過大部份都是從北極熊向棕熊的方向情慾流動，很少反過來。 這個 2022 年的論文報告 10 萬年前的北極熊古代基因組，偵測到一樁類似的事。

A polar bear paleogenome reveals extensive ancient gene flow from polar bears into brown bears

這個 2017 年的論文，報告袋狼（thylacine，學名 Thylacinus cynocephalus）的古代基因組。澳洲、新幾內亞一帶曾住著許多大型動物，如今絕大部分已經滅絕。袋狼滅團的年代很接近現在，歐洲人抵達後遭到大批獵殺而數量大減，1936 年最後一位成員去世後，世界上再也沒有袋狼這種動物惹 QQ

Genome of the Tasmanian tiger provides insights into the evolution and demography of an extinct marsupial carnivore

這個 2023 年的論文著重於「狒狒」的情慾流動，調查 6 個物種的多處族群後，宣稱在人類以外的靈長類，首度發現 3 款祖源合體的跡象，可是這個說法有疑慮。

Genome-wide coancestry reveals details of ancient and recent male-driven reticulation in baboons

這個 2022 年的論文走向有點奇妙，大家一起來獵奇？就是獲得一款滅絕老鼠的基因組，和近親比對發現，大概只有 95% 的基因組能夠對應。 所以假如要修改近親的 DNA 讓滅絕鼠復活，應該是不可能的任務。

Probing the genomic limits of de-extinction in the Christmas Island rat

這個 2023 年的論文獲得大批「葉猴（colobine）」的基因組，這一大群吱吱，社會群體組成的變化多端，一群從一男多女，到多男多女 。整體觀之，寒冷環境是導致群體變複雜的一大影響力。

Adaptations to a cold climate promoted social evolution in Asian colobine primates

提到犀牛，許多人的印象是保育類動物。這個 2021 年的論文分析現代與古代基因組，包括 5 種現生、 3 種滅團犀牛（沒有義大犀牛），探討犀牛的遺傳歷史。最有趣的發現或許是，和其他大型動物相比，犀牛的遺傳多樣性一直很低，這似乎是犀牛們的正常狀態；不過明顯受到人類影響後，遺傳變異又變得更低惹。 

Ancient and modern genomes unravel the evolutionary history of the rhinoceros family

不只人有牙結石，熊也會有。動物死掉以後，結構堅固的牙結石有機會維持很久，保存裡頭的物質，動物生前的口腔微生物也會被封印在裡面。這個 2021 年的論文，從一批熊熊的牙結石取得古代DNA，可是探討的主題是......人類使用抗生素，對生態的影響？！

The oral microbiota of wild bears in Sweden reflects the history of antibiotic use by humans

日本的本州島上，曾經有許多棕熊走動，但是在冰河時期結束後滅團，跟 LaNew 熊一樣。這個 2021 年的論文獲得一位棕熊的古代DNA，估計他和近親的分家年代，比本州最早的棕熊化石更晚很多，因此推論移民前往本州的棕熊，至少有兩波。

Ancient DNA reveals multiple origins and migration waves of extinct Japanese brown bear lineages

考古、古生物、古人類學研究，膠原蛋白漸漸成為一種重要的材料。不同動物的膠原蛋白略有不同，即使形貌無存，也有機會用膠原蛋白判斷所屬。這個 2021 年的論文報告，丹尼索瓦洞穴的調查。 🐂 🐑 🦊 🐘 🦏 🐆 🐎 🐻

Zooarchaeology through the lens of collagen fingerprinting at Denisova Cave

體型較大的動物移民島嶼後，由於島上資源不足，體型可能會縮小，稱作「島嶼侏儒化」。本來很大隻的犀牛、爪爪會變小隻。這個 2021 年的論文報告，歐洲大陸的大象，來到情義西西里島後，變成迷你爪爪的過程。

Estimating the dwarfing rate of an extinct Sicilian elephant

這個 2022 年的論文報告兩款狒狒間的情慾交流。他們被歸類為不同物種，但是依然可以正常生寶寶。比對 DNA 卻察覺異種 DNA 傳承時，某些特定位置留下的機率比較低，天擇似乎悄悄地在排斥異己。此一狀況可能類似智人祖先，碰上尼安德塔人、丹尼索瓦人的情形。

Selection against admixture and gene regulatory divergence in a long-term primate field study

馬起源自美洲，後來移民歐亞大陸，最後進入非洲，過程和人類相反。美洲的馬一萬多年前滅團，想了解馬的遺傳史只能從古代DNA 尋找線索。這個 2021 年的論文獲得一批美洲古馬的基因組，發現向亞洲移民以外，也有跑回美洲的情慾交流。

Ancient horse genomes reveal the timing and extent of dispersals across the Bering Land Bridge

新的基因誕生有很多方式。這個 2021 年的論文，深入探討其中一種：由跳躍基因插入老基因，導致新的基因出現。

Recurrent evolution of vertebrate transcription factors by transposase capture

這個 2021 年的論文，重建距今 1.71 萬年，一位猛獁象 28 年的生命史。他這輩子走啊走啊，累積可觀的里程，快要可以繞地球兩圈，可謂爪爪界的猛獁可波羅。

Lifetime mobility of an Arctic woolly mammoth

這個 2022 年的論文報告格陵蘭距今 200 萬年的古代DNA，突破紀錄，也意外得知當時有乳齒象出沒。古代DNA 並非來自化石，而是環境沉積物，這類樣本讓我們有機會一窺當時的生態系，以及思考 DNA 保存的問題。

A 2-million-year-old ecosystem in Greenland uncovered by environmental DNA

恐狼（dire wolf）是古時候的美洲狼，冰河時期結束後滅團。他們體格和現在的灰狼非常像，不過體型更大一號，想像形象類似《冰與火之歌》的冰原狼。這個 2020 年的論文卻指出恐狼和現存的狼，親戚關係其實非常遙遠，分家超過 500 萬年。

Dire wolves were the last of an ancient New World canid lineage

歷史上，美洲存在過多款大型動物，但是冰河時期結束後，馬、象等都滅團惹。這個 2021 年的論文調查白令東部過去 3 萬年的沉積層，由其中的 DNA 評估生態變化，發現美洲馬、猛獁象似乎一直生存到距今 5700 年前，比已知最晚的化石紀錄，還要更晚數千年。

Collapse of the mammoth-steppe in central Yukon as revealed by ancient environmental DNA