考古、古生物、古人類學研究，膠原蛋白漸漸成為一種重要的材料。不同動物的膠原蛋白略有不同，即使形貌無存，也有機會用膠原蛋白判斷所屬。這個 2021 年的論文報告，丹尼索瓦洞穴的調查。 🐂 🐑 🦊 🐘 🦏 🐆 🐎 🐻
Zooarchaeology through the lens of collagen fingerprinting at Denisova Cave
via 這裡
ZooMS 的全名是 Zooarchaeology by Mass Spectrometry，也就是分析第一型膠原蛋白（type I collagen，COL1），藉此判斷動物所屬。
西伯利亞南方，阿爾泰山旁的丹丹洞，曾經是丹尼索瓦人、尼安德塔人的居所，其中 9 件古人類化石，便是以 ZooMS 得知，包括 2 位尼尼：Denisova 15、Denisova 17；3 位丹丹 Denisova 19、Denisova 20、Denisova 21；1 位半尼半丹 Denisova 11。
不過光靠膠原蛋白，其實無法分辨是哪種人或黑猩猩，因此沒有古代DNA 的話，只知道應該是人（某些地方大概不會有黑猩猩出沒），卻無法分辨是哪種人。
儘管如此，對於破碎而難以識別的化石，ZooMS 仍然能提供有用的資訊。
丹丹洞除惹人類以外，還有許多動物出沒，幾年下來，總共有 8253 件樣本用於分析，讓我們深入認識當地生態。
雖然膠原蛋白分析，讓我們的眼界大幅拓寬，這些分析依然無法反映古代生態的全貌。這項研究只選擇超過 2 公分的樣本，所以如鳥類等比較小隻的動物，便更容易被遺漏。
總共能分辨出 18 大群動物，不過每一群的詳細程度有別。例如犬科旗下便無法分辨，包括各款狼、狐狸 ，只有赤狐（火狐，Vulpes vulpes）可以區分。🦊
這個論文以終極戰士(X)掠食者、植食動物來歸類。掠食者包括人類、犬科、鬣狗、豹屬（Crocuta/Panthera）、熊熊、火狐。 植食動物則包括牛牛（Bison/Yak）、山羊屬、鹿、瞪羚屬、塞加羚羊（Cervidae/Gazella/Saiga）、象、馬、綿羊、犀牛。
這項研究分析的樣本，最古早距今約 20 萬年，將近 1000 件樣本中有 86% 的成功率，可見 ZooMS 的潛力。然而，也有些地層的成功率低得多。
值得慶幸的發現是，即使是距今十幾萬年的化石，仍有相當比例內含足夠的膠原蛋白。至少是在丹丹洞這般有利於保存的環境下。
有些化石曾被古早人類切割過。植食動物大概被吃掉惹，至於火狐之類的掠食者，或許是變成毛皮大衣 QQ
根據型態或膠原蛋白，判斷丹丹洞中的動物，一大差異在於掠食者的比例。由型態判斷的比例為 30.2%，膠原蛋白只有 7.6%。顯而易見，膠原蛋白分析能識別出更多植食動物。
丹丹洞中的動物，是怎麼來的呢？論文推論，部分動物應該是被人類（或其他掠食者）運到洞中，經過切割等處理。不過許多植食動物和人類化石，都相當破碎，或許是又被鬣狗之類的掠食者食物鏈所致。
對細節有興趣的，請自己閱讀論文。此一研究的重要發現是：ZooMS 確實很有用。丹丹洞中的化石，假如根據型態，能識別來歷的未滿 5%；但是使用膠原蛋白，約有 80%。
古代生態系，能留下記錄的僅有一小部分而已，光憑型態又只能復原很小很小很小的一部分。古代DNA、膠原蛋白等材料與分析，能大幅拓展我們的知識。
但是不要忘記，ZooMS 依然有取樣偏差，以管窺天的我們，千萬不要以為能掌握古代生態系的全貌，切莫沉迷於編造精彩的故事。
短篇 FINDER計劃：看不出型態，用膠原蛋白尋找古人類遺骸
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