這個 2021 年的論文,由高加索地區,喬治亞 Satsurblia 洞穴的沉積層泥土取樣,獲得距今約 2.5 萬年的人、狼、牛的古代DNA。
Genome-scale sequencing and analysis of human, wolf, and bison DNA from 25,000-year-old sediment
之前一些類似研究,由泥土中獲得目標 DNA 的方式,和 PCR 一樣是用探針抓,所以能偵測的範圍比較有限,而且一定是已知的。這個論文則是直接把樣本中的 DNA 片段通通定序,再比對各種生物。
6 個樣本中的一個 SAT29 裡,還保有不少古代DNA,距今約 2.5 萬年(2.45 到 2.54 萬年前之間)。取得的 DNA 片段主要源自 3 種動物:人、狼、牛,還有一點點來自羊,可惜無法多少有意義的訊息。
人是智人,總共有 3447 段 DNA 來自粒線體,能拼湊出覆蓋率 10 倍的粒線體;應該不只有一個人。X染色體則能推論,這是女生。
她或她們的單倍群型號是 N,和另一位距今 2.55 萬年,也住在高加索的 Dzudzuana-3 一樣;估計粒線體型號的誕生年代為 2.85 萬年前。
另一方面,也有 661765 段細胞核的 DNA 保存下來,以整個基因組來說是很殘缺,卻已經足以分析。和古代與現代基因組相比,最接近的是 Dzudzuana 遺址,2.6 萬年前左右的人。
他們遺傳上,整體更接近歐亞大陸西部的人,包括歐洲、中東、北非。可以算是西方人的祖先族群之一。和他們最接近的,似乎是 1.2 萬年前,義大利的 Villabruna,卻比較不像同一地區,約一萬年前的高加索採集狩獵族群(CHG)。
由此推論,2 萬多年前開始的末次冰盛期,也造成高加索地區人類族群的遺傳轉變。
狼的部分,5809 段 DNA 來自粒線體,能拼湊出 13 倍覆蓋率,和人一樣也不只一個狼。除惹泥土樣本外,論文也從年代接近的 2 個狼化石獲得粒線體 DNA,和泥土狼非常相似。
泥土狼的 2378237 段細胞核 DNA,比較結果是,他遺傳上位於狼、狗尚未分家的那個階段;他所屬的遺傳支系,應該在後來某個時候滅團惹。
牛的部分,2448 段 DNA 來自粒線體,能拼湊出 8 倍覆蓋率。論文無法明確判斷這個牛是什麼物種,不過遺傳上看起來比較接近歐亞大陸的野牛。
總之就是,在古生物研究這個領域,DNA 仔已經進步到能無中生有,沒有化石、遺骸,任何可供參考的型態特徵,依然能獲得可供分析的資訊,認識演化歷史。
新聞稿:
Human environmental genome recovered in the absence of skeletal remains
新聞:
DNA from dirt can offer new view of ancient life
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