盲眼的尼安德塔石器匠

有許多傳染病可以跨物種感染，腸道沙門氏菌是ㄈㄈ尺範圍很廣的一種，最出名的是傷寒。之前有研究認為傷寒是在 4000 年前，由豬傳染給人。這個 2020 年的論文由古代樣本偵測細菌的蹤影，發現事情好像沒那麼單純。

Emergence of human-adapted Salmonella enterica is linked to the Neolithization process 

冰島在公元 870 年的維京人殖民以後，才有比較多長期居住的人口。人類移民對當地生態有過什麼影響？這個 2019 年的論文，探討對象是海象。（由於冰島海象已經滅團，圖片非當事海象）

Disappearance of Icelandic Walruses Coincided with Norse Settlement

義大利的城市佛羅倫斯，公元 1348 年時爆發瘟疫，疫情非常嚴重，許多智人慘遭消滅，倖存市民向鄉間撤退。10 位男女在一間別墅中住下，為惹苦中作樂，他們每天各講一個故事，連續開講 10 天，一共一百個小故事—這就是《十日談》的劇情。

Phylogeography of the second plague pandemic revealed through analysis of historical Yersinia pestis genomes

古代DNA 的研究，除惹人類以外，傳染病也有不少，其中最多的應該是鼠疫桿菌。造成「黑死病」的這種細菌離我們並不遙遠，馬達加斯加前兩年還爆發過一波疫情。這個 2019 年的論文研究查士丁尼瘟疫，之後幾百年的事。

Ancient Yersinia pestis genomes from across Western Europe reveal early diversification during the First Pandemic (541–750)

1950 年代發展出的依附理論（attachment theory）認為，智人在生命的早期會形成 4 種依附類型。這個 2019 年的論文報告，貓貓與智人建立的關係，也有類似人對人的依附類型。

Attachment bonds between domestic cats and humans

玉米來自中美洲，是最重要的馴化植物之一，如今離玉米最初在墨西哥低地馴化，已經有 9000 年之久。美洲其他地方的玉米，最初都能追溯到中美洲，然而這個 2018 年的論文認為，事情沒有那麼單純。

Multiproxy evidence highlights a complex evolutionary legacy of maize in South America

歐洲人抵達美洲 16 世紀的時候，發現可可與其製品巧克力，是中部美洲生活中很顯眼的一部分，當地古文化，如阿茲特克或馬雅人的生活中，可可不但是飲料或食物，也作為貨幣使用。 考古證據則指出，比歐洲人抵達更早好幾千年，距今 3900 年前中美洲已經有馴化可可。這個 2018 年的論文報告，其實可可在更早以前已經進入人類的生活，只是不在中美洲，而是位於南方的亞馬遜。

The use and domestication of Theobroma cacao during the mid-Holocene in the upper Amazon

鼠疫桿菌造成的疫情，以中世紀「黑死病」最有名，不過比黑死定更早幾千年前，鼠疫桿菌已經在感染人類。這個 2018 年的論文非常值得玩味，直接的發現是，在瑞典距今 4900 年的遺骸中找到鼠疫桿菌的蹤影；其餘推論卻相當大膽，也可能錯得離譜，卻不得不認真看待。

Emergence and Spread of Basal Lineages of Yersinia  pestis during the Neolithic Decline

緋紅金剛鸚鵡（Scarlet macaw，學名 Ara macao cyanoptera）原產於中美洲南部、南美洲北部。在美洲居民變成美洲原住民以前，這種顏色鮮豔的鳥類深受他們喜愛，除惹直接捕捉，也會飼養。離原產地有段距離的北美洲，也有緋紅金剛鸚鵡，又是怎麼來的？這個 2018 年的論文，以古代 DNA 尋找答案。

Archaeogenomic evidence from the southwestern US points to a Pre-Hispanic scarlet macaw breeding colony

眼睛的顏色取決於黑色素。假如黑色素多，就會是黑眼睛；黑色素少或沒有，就會是淡色或藍眼睛。眾多狗的品系中，哈士奇的藍眼睛比例很高，非常有特色，卻不清楚是哪個基因造成。

Direct-to-consumer DNA testing of 6,000 dogs reveals 98.6-kb duplication associated with blue eyes and heterochromia in Siberian Huskies

山羊（goat）是一萬多年前，被人類由野山羊（bezoar）馴化而來，直到今日仍是重要的馴化動物之一。山羊起源自中東，不過中東很大，馴化山羊是只有一個起源，或是過程更為複雜？這個 2018 年的論文，由肥沃月灣各處，取得 51 個山羊的古代基因組，以及 83 個粒線體，以了解馴化山羊的起源。

Ancient goat genomes reveal mosaic domestication in the Fertile Crescent

歐洲在中世紀，大概十世紀多的時候，流行用海象牙製作藝術品，例如很有名的 12 世紀路易斯棋。那時也是維京人的年代，海象牙是值錢的商品之一。眾所皆知，格陵蘭雖然沒幾隻維京人，卻是海象牙的大宗出口商。有個假說是，維京人之所以在 10 世紀末殖民格陵蘭，就是為了尋找有利可圖的海象牙。不過，中世紀的北大西洋，很多地方都有海象，海象牙有珍貴到，值得從歐洲附近大老遠跑去格陵蘭採集嗎？

Ancient DNA reveals the chronology of walrus ivory trade from Norse Greenland

目前歐洲幾乎不存在傷寒（Salmonella enterica serovar Paratyphi C），不過這個 2018 年的論文報告，距今 800 年前挪威 Trondheim 的遺骸中，偵測到傷寒存在。伍佰有個歌叫作挪威的森林，和八佰年前，挪威的傷寒應該沒有任何關係。

Pan-genome Analysis of Ancient and Modern Salmonella enterica Demonstrates Genomic Stability of the Invasive Para C Lineage for Millennia

鼠疫桿菌（Yersinia pestis）造成的疫情，以中世紀的黑死病最廣為人知，不過之前研究發現，鼠疫桿菌至少 5000 年前已經感染人類。由基因看來，那時應該還無法利用跳蚤作載體，傳播能力有限；鼠疫桿菌是什麼時候，才成為跳蚤騎士的？

 Analysis of 3800-year-old Yersinia pestis genomes suggests Bronze Age origin for bubonic plague

麻風（leprosy）也叫作漢生病，是由麻風桿菌（Mycobacterium leprae）引發的傳染病，幾千年前就有文獻記載，至今仍流行於世界各地。這個 2018 年的論文，由歐洲中世紀的遺骸取得 10 個麻瘋桿菌的基因組，了解這種疾病的傳播歷史。

Ancient genomes reveal a high diversity of Mycobacterium leprae in medieval Europe

梅毒（syphilis）是種歷史知名的傳染病，於 15 世紀後期突然現身於歐洲。這個 2018 年的論文報告，由距今約 350 年，殖民時代的墨西哥城，首度取得古代梅毒的基因組。

Historic Treponema pallidum genomes from Colonial Mexico retrieved from archaeological remains

考古記錄顯示，美洲最早的狗出現在約一萬年前；不過現代的美洲狗，遺傳上卻很接近歐亞大陸上現代的同類。歐洲人抵達美洲以前，美洲的狗從何而來，後來有沒有傳承下來呢？這個 2018 年的論文，獲得 7 個北美洲的古狗基因組，最古早的距今有 9000 年，以及 71 個北美和東北亞、北極區的古狗粒線體，研究美洲狗的遺傳歷史。

The evolutionary history of dogs in the Americas

長臂猿（gibbon）屬於猿類，算是人類沒那麼近的近親之一。這個 2018 年的論文報告，秦始皇祖母距今 2300 年左右的墓葬中出土一位長臂猿；型態比對發現，他與所有已知的長臂猿物種都不符合，因此被定義為新屬與新種 Junzi imperialis。

New genus of extinct Holocene gibbon associated with humans in Imperial China

鼠疫桿菌（Yersinia pestis）造成的瘟疫，以中世紀的黑死病最為人所知。之前研究指出，至少5000年前已經有人感染過鼠疫桿菌，這個2017年的論文，則調查歐亞大陸西部各地，由 563 個古人樣本中尋找鼠疫桿菌，找到至少6人有感染的跡象。年代介於 3700 到 4800 年前，算是新石器時代晚期，到青銅時代早期。

The Stone Age Plague and Its Persistence in Eurasia

玉米（Zea mays）是當今世界上最主要的農作物之一，最早大概在9000年前，被中美洲居民馴化、開始種植。等到4000年前，玉米傳往美國西南，卻要再等2000年左右，才普遍在美國西南的高海拔地區出現。圖片雖然很像被啃過的玉米，不過它們來頭不小，不是普通的玉米，是1900年前，第一批於美國西南，高海拔地帶種植的陳年老玉米。

Genomic estimation of complex traits reveals ancient maize adaptation to temperate North America