有許多傳染病可以跨物種感染，腸道沙門氏菌是ㄈㄈ尺範圍很廣的一種，最出名的是傷寒。之前有研究認為傷寒是在 4000 年前，由豬傳染給人。這個 2020 年的論文由古代樣本偵測細菌的蹤影，發現事情好像沒那麼單純。
Emergence of human-adapted Salmonella enterica is linked to the Neolithization process
這個論文由歐亞大陸西部的 2739 個古代基因組，尋找腸道沙門氏菌（Salmonella enterica）。樣本都來自牙齒，因此若是能偵測到足夠的細菌 DNA 片段，表示這些人去世時，體內的細菌數量應該不少。 （但是根據中國判斷 WARS 確診的定義，即使偵測到病原，也不等於有感染 XD）
總共有 24 個樣本偵測到腸道沙門氏菌，其中 8 個樣本含量比較多，能拼湊出覆蓋率 0.7 到 24 的細菌基因組。
年代最古早的距今 6500 年前，位於俄羅斯西北部，窩瓦河一帶的 Murzikhinsky 遺址，屬於畜牧業首度出現在當地的銅石並用時代。
其次是介於 5000 到 5500 年前之間，位於高加索北部、安那托利亞北部、瑞士。其餘樣本來自 4000 多年前的薩丁尼亞、2800 多年前的高加索北部、1700 年前的義大利北部（算是羅馬帝國）。各時空的生產方式，都算是農牧業。
根據已知 2961 個細菌基因組建構的演化樹，這回所有古代樣本都被歸類為同一分支，表示這群細菌在古代相當流行；然而屬於這個分支的現代樣本只有區區 60 個。 論文又額外加入屬於這個分支的 403 個現代樣本一起分析。
這一群細菌皆屬於 Paratyphi C 支系，包括主要感染豬的 Typhisuis，宿主為豬和人的 Choleraesuis，可以感染智人的 Lomita，以及以人為主的 Paratyphi C，還有會感染馬、烏龜、羊等動物的品系。 名字實在有夠複雜，姑且統稱作傷寒戰隊。
由於古代樣本都是在智人牙齒中取得，可以肯定它們都可以感染智人，但是未必是專門感染智人。 眾多傷寒品系的宿主非常多元，有個特色是，宿主不專一，可以感染許多種宿主的細菌，假基因（pseudogene）數量比較少；只感染一種或少數動物，宿主專一的細菌，假基因比較多。
論文比較各古早傷寒樣本，假基因的數量，結果發現超過 3000 年的樣本，假基因的數目都不多，落在已知不限定宿主品系的範圍內。由此推論，當時傷寒也許尚未特別適應智人。
另一方面，論文也想估計各品系誕生與分家的年代；但是不同支系之間經歷過不少次遺傳重組，所以很難直接用整個基因組去估計時間。
挑選比較單純的樣本比較，得到的結果是，4000 多年前的瑞士樣本 SUA004，和現代 Paratyphi C 分家的時刻為 11000 年前（介於 6470 到 16600 年前之間）；5000 多年前高加索北部的 IV3002，和安那托利亞北部的 IKI003，共同祖先約為 5680 年前。
之前有研究認為，傷寒是 4000 年前由豬傳染給人。這回發現人豬傷寒的品系，分家年代非常久遠，而且比 4000 年更早以前就已經有智人感染傷寒，因此智人感染傷寒的歷史顯然更早。
論文指出有兩種解釋。一個解釋是，4000 年前或某個時刻，智人把傷寒傳染給豬。另一個論文認為比較可能的解釋是，數千年前傷寒仍沒有適應特定宿主，智人和豬感染傷寒，是彼此無關的獨立事件。傷寒由動物跳到智人身上，也不會只有一次。
論文主張，新石器時代以後，人類開始養殖馴化動物，日常與動物共同生活，增加惹ㄈㄈ尺傳染病出現的機率。不過也要考慮到，目前取樣幾乎都是新石器時代以後的樣本，有可能影響判斷。沒有農牧業的古代採集狩獵族群，有哪些傳染病，資訊相當有限。
鼠疫桿菌的古代DNA 研究超多的：
短篇 英格蘭鄉村Thornton Abbey，黑死病留下的大墓
古代微生物DNA研究們：
論文短評：
新聞稿：
Oldest reconstructed bacterial genomes link farming, herding with emergence of new disease
Science 新聞：
Farming gave us salmonella, ancient DNA suggests
歡迎光臨粉絲團一起討論：盲眼的尼安德塔石器匠
留言列表
長篇大論 (10)
