義大利的城市佛羅倫斯,公元 1348 年時爆發瘟疫,疫情非常嚴重,許多智人慘遭消滅,倖存市民向鄉間撤退。10 位男女在一間別墅中住下,為惹苦中作樂,他們每天各講一個故事,連續開講 10 天,一共一百個小故事—這就是《十日談》的劇情。

Phylogeography of the second plague pandemic revealed through analysis of historical Yersinia pestis genomes

via wiki

 

佛羅倫斯的瘟疫,是歐洲中世紀「黑死病」的開端,第一起歷史記載出現在 1346 年,窩瓦河下游與黑海一帶;隨後 7 年黑死病席捲整個歐洲,消滅惹 30% 到 60% 的人口。

 

造成黑死病的是鼠疫桿菌(Yersinia pestis),歷史上,鼠疫桿菌有三次大爆炸,黑死病是第二次,在 14 世紀的高峰以後,一直延續到 18 世紀,仍然有疫情陸續傳出。 這個 2019 年的論文,由這段時期歐洲各地 10 處遺址,尋找 206 個遺骸中的鼠疫桿菌,最後一共拼湊出 34 個基因組。

 

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和已知現代、古代鼠疫桿菌相比,歐洲黑死病以後數百年的所有樣本,都能歸類為同一群;其中遺傳上看起來,最古早的樣本 LAI009 來自俄羅斯,窩瓦河一帶的拉伊舍沃(Laisshevo)。

 

這項發現,支持「黑死病直接來自窩瓦河與黑海地區」的論點,儘管證據並不是那麼充分。假如黑死病真的源自該處,目前無法判斷,鼠疫桿菌是什麼時候,由什麼地方傳入。

 

已知黑死病時期的鼠疫桿菌,彼此遺傳上幾乎一模一樣,顯然來自同一個起源。 黑死病之後的鼠疫桿菌,彼此間仍然十分相似,不過 DNA 差異多一點點,可見它們源於同一個祖先,只是分家後累積惹一絲絲差異。 這段時期歐洲所有樣本,都沒有明顯的其他遺傳來源,因此黑死病之後,造成數百年疫情的兇手,應該全部是黑死病的直系後裔。

 

 

值得重視的是,這批鼠疫桿菌大致可以分為 2 大群。一群後來導致 17 世紀的倫敦大瘟疫、18 世紀馬賽大瘟疫等大爆炸,現在卻已經消失不見。

 

另一群,則似乎是 19 世紀末、20 世紀初,世界性的「第三次鼠疫大流行」的兇手。屬於這波疫情的 1894 年香港鼠疫,殺死不少香港人,也是人類首度分離出鼠疫桿菌,認識此一疾病的開始。

 

 

有個有意思的演化現象。一般假設是,同一種細菌在不同地方,演化速度差不多。然而,這回比較不同的分支,卻發現這群鼠疫桿菌 80 個樣本中 DNA 改變的速度,最快與最慢可以差到 40 倍。 更細部分析,至少有 3 組近親,彼此間的 DNA 改變數目差別很大;例如倫敦大瘟疫和馬賽大瘟疫,彼此變化的差異約為 2 倍。

 

論文推論,鼠疫桿菌在大尺度肆虐,或是傳播到更廣的區域時,DNA 改變速率會增快。 對演化有興趣的話,我覺得這部分值得思考一下。

 

鼠疫桿菌的古代DNA 研究超多的:

短篇 18世紀馬賽大瘟疫的鼠疫桿菌,是黑死病的直系後代

短篇  英格蘭鄉村Thornton Abbey,黑死病留下的大墓

中世紀黑死病,之後數百年的餘波

查士丁尼瘟疫6到8世紀,幾年廣傳,數百年的餘波

短篇  查士丁尼瘟疫的災情,或許言過其實?

鼠疫桿菌,歐洲新石器時代崩潰的元凶?

縱橫歐亞大陸西部,青銅時代的鼠疫桿菌

鼠疫桿菌至少 3800 年前,成為跳蚤騎士

鼠疫桿菌在歐亞大陸已經存在5000年

鼠疫桿菌:伴隨人類5000年的死神

 

古代微生物DNA研究們:

反映古早人遷徙的胃幽門螺旋桿菌

羅馬帝國也有瘧疾,首度由DNA 確認

13世紀的古代細菌DNA,來自特洛伊孕婦的鈣化結核

歐洲中世紀,流行多元麻風病

800年前挪威的傷寒,也許和養豬有關?

16 世紀中美洲古文明毀滅者-傷寒 

古天花病毒掀起歷史疑雲

一路走來,始終如一:義大利中世紀B 肝病毒和現在幾乎零差異

17世紀墨西哥的梅毒古代基因組

 

新聞稿:

Ancient genomes provide insight into the genetic history of the second plague pandemic

Science新聞:

Ancient DNA traces the Black Death to Russia’s Volga region

 

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