盲眼的尼安德塔石器匠

山羊（goat）是一萬多年前，被人類由野山羊（bezoar）馴化而來，直到今日仍是重要的馴化動物之一。山羊起源自中東，不過中東很大，馴化山羊是只有一個起源，或是過程更為複雜？這個 2018 年的論文，由肥沃月灣各處，取得 51 個山羊的古代基因組，以及 83 個粒線體，以了解馴化山羊的起源。

Ancient goat genomes reveal mosaic domestication in the Fertile Crescent

歐洲在中世紀，大概十世紀多的時候，流行用海象牙製作藝術品，例如很有名的 12 世紀路易斯棋。那時也是維京人的年代，海象牙是值錢的商品之一。眾所皆知，格陵蘭雖然沒幾隻維京人，卻是海象牙的大宗出口商。有個假說是，維京人之所以在 10 世紀末殖民格陵蘭，就是為了尋找有利可圖的海象牙。不過，中世紀的北大西洋，很多地方都有海象，海象牙有珍貴到，值得從歐洲附近大老遠跑去格陵蘭採集嗎？

Ancient DNA reveals the chronology of walrus ivory trade from Norse Greenland

目前歐洲幾乎不存在傷寒（Salmonella enterica serovar Paratyphi C），不過這個 2018 年的論文報告，距今 800 年前挪威 Trondheim 的遺骸中，偵測到傷寒存在。伍佰有個歌叫作挪威的森林，和八佰年前，挪威的傷寒應該沒有任何關係。

Pan-genome Analysis of Ancient and Modern Salmonella enterica Demonstrates Genomic Stability of the Invasive Para C Lineage for Millennia

鼠疫桿菌（Yersinia pestis）造成的疫情，以中世紀的黑死病最廣為人知，不過之前研究發現，鼠疫桿菌至少 5000 年前已經感染人類。由基因看來，那時應該還無法利用跳蚤作載體，傳播能力有限；鼠疫桿菌是什麼時候，才成為跳蚤騎士的？

 Analysis of 3800-year-old Yersinia pestis genomes suggests Bronze Age origin for bubonic plague

麻風（leprosy）也叫作漢生病，是由麻風桿菌（Mycobacterium leprae）引發的傳染病，幾千年前就有文獻記載，至今仍流行於世界各地。這個 2018 年的論文，由歐洲中世紀的遺骸取得 10 個麻風桿菌的基因組，了解這種疾病的傳播歷史。

Ancient genomes reveal a high diversity of Mycobacterium leprae in medieval Europe

梅毒（syphilis）是種歷史知名的傳染病，於 15 世紀後期突然現身於歐洲。這個 2018 年的論文報告，由距今約 350 年，殖民時代的墨西哥城，首度取得古代梅毒的基因組。

Historic Treponema pallidum genomes from Colonial Mexico retrieved from archaeological remains

考古記錄顯示，美洲最早的狗出現在約一萬年前；不過現代的美洲狗，遺傳上卻很接近歐亞大陸上現代的同類。歐洲人抵達美洲以前，美洲的狗從何而來，後來有沒有傳承下來呢？這個 2018 年的論文，獲得 7 個北美洲的古狗基因組，最古早的距今有 9000 年，以及 71 個北美和東北亞、北極區的古狗粒線體，研究美洲狗的遺傳歷史。

The evolutionary history of dogs in the Americas

長臂猿（gibbon）屬於猿類，算是人類沒那麼近的近親之一。這個 2018 年的論文報告，秦始皇祖母距今 2300 年左右的墓葬中出土一位長臂猿；型態比對發現，他與所有已知的長臂猿物種都不符合，因此被定義為新屬與新種 Junzi imperialis。

New genus of extinct Holocene gibbon associated with humans in Imperial China

鼠疫桿菌（Yersinia pestis）造成的瘟疫，以中世紀的黑死病最為人所知。之前研究指出，至少5000年前已經有人感染過鼠疫桿菌，這個2017年的論文，則調查歐亞大陸西部各地，由 563 個古人樣本中尋找鼠疫桿菌，找到至少6人有感染的跡象。年代介於 3700 到 4800 年前，算是新石器時代晚期，到青銅時代早期。

The Stone Age Plague and Its Persistence in Eurasia

玉米（Zea mays）是當今世界上最主要的農作物之一，最早大概在9000年前，被中美洲居民馴化、開始種植。等到4000年前，玉米傳往美國西南，卻要再等2000年左右，才普遍在美國西南的高海拔地區出現。圖片雖然很像被啃過的玉米，不過它們來頭不小，不是普通的玉米，是1900年前，第一批於美國西南，高海拔地帶種植的陳年老玉米。

Genomic estimation of complex traits reveals ancient maize adaptation to temperate North America

挪威北部的外海，自古以來就是豐饒的漁場，在羅弗敦半島（Lofoten Archipelago）捕獲的大西洋鱈（Atlantic cod，學名  Gadus morhua），被送往北海與波羅的海沿岸，以及更遠的歐洲各地。 歷史文獻與之前的考古學研究顯示，挪威北部與歐洲其他地區的長距離漁業貿易，在中世紀早期，11世紀時就已經存在。2017年的論文報告，這樣的漁業貿易至少在維京時期已經出現。

Ancient DNA reveals the Arctic origin of Viking Age cod from Haithabu, Germany

狗是人類最早的馴化動物，人與狗建立關係比發明農業更早。然而狗是在何時、何地、如何馴化，至今仍沒有明確的答案。這困難的問題，古代DNA看似能夠解答，去年獲得的第一個古狗基因組，當時的推論是，狗至少在東方與西方，各自被馴化過一次，而東方狗後來取代惹西方狗。 這個 2017 年的論文，又獲得 2 個古狗基因組，分析後得到的結論，卻與去年的研究完全相反：狗只需要被馴化過一次，歐洲的西方狗，也沒有被東方狗取代。。

Ancient European dog genomes reveal continuity since the Early Neolithic

現在全世界的馬，遺傳多樣性非常有限，尤其是父系都能追溯到不久以前的幾位馬爸爸，這當然是人為育種的結果。然而父系遺傳的 Y染色體，由於上頭充斥重複序列，不容易定序，所以各 Y染色體型號間的關係不太清楚。這個 2017 年的論文克服技術困難，大手筆的定序世界各地 21 個品系，共 52 位男馬，並且採用普氏野馬和驢子當外群，研究大家的親戚關係。

Y Chromosome Uncovers the Recent Oriental Origin of Modern Stallions

 

馬在五千多年前於歐亞草原西部被馴化，此後陸續傳播到各地，大幅影響人類的歷史，亞洲北方的遊牧族群將馬應用的得心應手，例如成吉思汗率領的蒙古馬隊。不過，馴化馬並不是蒙古原生的動物，馬是在何時，又是何種狀況下傳入蒙古草原的呢？

A Bayesian chronology for early domestic horse use in the Eastern Steppe

古代DNA又多了一個來源。一隊考古學家在安那托利亞，挖掘知名的古代城市「特洛伊」時，發現一個拜占庭帝國（東羅馬帝國）晚期，農村的墳墓，定年結果大概是790到860年前，也就是13世紀早期，當然比特洛伊戰爭的時代晚得多。

A molecular portrait of maternal sepsis from Byzantine Troy

藉由性行為傳播的疾病，叫作性病。人類乳突病毒（human papillomaviruses，簡稱HPVs）是一群以雙股DNA存在，基因組8 Kb大，可能造成人類性病的病毒。不過感染HPV未必會有症狀，約有80%性生活活躍的成年人，一生中至少感染過一次某個型號的HPV。由HPV的演化史可以推論，它們應該與人類共存惹相當一段時間。這個2016年的論文研究惹各型號的HPV16，以及它們古時候和hominin之間的演化關係，特別是分家的年代。

Transmission Between Archaic and Modern Human Ancestors During the Evolution of the Oncogenic Human Papillomavirus 16

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狗與人類的關係非常密切，是人類尚未進入農業社會，還在採集狩獵的時候，第一種馴化成功的動物。狗是從狼馴化而來，這點 100% 確定，然而狗究竟被馴化多久、在哪裡被馴化、馴化過幾次，都是學界爭論不休的問題，而且神奇的是，許多提出相異論點的不同研究，單獨看起來好像都是對的。

Genomic and archaeological evidence suggest a dual origin of domestic dogs

赫赫有名的鼠疫桿菌（Yersinia pestis），歷史上至少有3波超級疫情爆發。第一次的查士丁尼瘟疫，約發生在1500年前的東歐拜占庭帝國；第二次就是知名的黑死病，大概出現在600多年前的歐洲；最後一次距今不久，19世紀中起源自中國南方，主要疫情在1894年，後來擴散至全世界，前後延續百餘年。死神般的鼠疫桿菌，是如何起源與演化的？

Early Divergent Strains of Yersinia pestis inEurasia 5,000 Years Ago

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