新石器時代3個歐洲古狗基因組，仍有許多未解之謎－盲眼的尼安德塔石器匠

狗是人類最早的馴化動物，人與狗建立關係比發明農業更早。然而狗是在何時、何地、如何馴化，至今仍沒有明確的答案。這困難的問題，古代DNA看似能夠解答，去年獲得的第一個古狗基因組，當時的推論是，狗至少在東方與西方，各自被馴化過一次，而東方狗後來取代惹西方狗。這個 2017 年的論文，又獲得 2 個古狗基因組，分析後得到的結論，卻與去年的研究完全相反：狗只需要被馴化過一次，歐洲的西方狗，也沒有被東方狗取代。。

Ancient European dog genomes reveal continuity since the Early Neolithic

採取粒線體DNA型號建構的演化樹。

採取細胞核DNA建構的演化樹。

這個論文，定序惹2個新石器時代的歐洲古狗，分別距今4700年與7000年，都來自德國（都是男生），加上之前4800年前的愛爾蘭古狗，因此目前一共有3個古狗基因組。

與各地的狗與狼族群，建立的親緣關係樹顯示，3位古狗自成一群，但牠們與現代的歐洲狗，遺傳組成上仍比多數東方狗更加接近，有著相當的遺傳延續性。

用PCA分析各個時間與地點族群間的關係。

論文推論，早期的西方狗，並未遭到東方取代；然而假如真是如此，又為什麼之前的研究觀察到，歐洲3000年以前和現代的狗，粒線體DNA的型號有明顯差異，以前的狗多半是C（包括這回2位古狗），現代的狗以A為主？

論文推測，或許是因為，新石器時代歐洲狗的族群，已經形成某些區域性的結構，而目前的古狗取樣不夠全面，忽略惹族群多樣性，才造成「西方狗被東方取代」的誤判。（當然還有別的可能理由）

各地古狗、現代狗、現代狼的遺傳組成。

各地現代狗族群與古狗樣本，遺傳上的親疏關係，顏色愈寒冷，代表遺傳關係愈接近。

根據各地狗與狼的族群，論文建構惹大家的關係。所有狗的族群（現代歐洲與3位古狗、印度、南中國），共同祖先可以追溯到約2萬年前，而狼與狗，則是在約4萬年前分家。

由於狗被馴化的年代，會處於「跟狼分家以後，各種狗分家之前」，因此論文推論，狗被馴化的年代，介於2到4萬年前之間；論文沒有指出特定的地點，不過表示假如狗距今2到4萬年前被馴化，那麼就不需要雙起源的假設。

模型建構的現代狼、現代狗、古狗間的關係。

然而以上推論有可疑之處。論文用來比較的樣本，所有的狼（中國、以色列、克羅埃西亞）自成一群，而牠們是在很接近4萬年前分家，換句話說，並不知道狗究竟是從哪一群狼演變而來。

就算使用的突變率與算法沒有問題，狗的共同祖先是在2萬年前，也無法排除，後來被馴化成狗的狼，其實與其他狼分家的年代，不比2萬年前更早多久的可能性。假如有東南亞或中國古狗，應該能更加了解這部分。（木瓜就出現過類似的問題）

馬雅人精選-雌雄同體木瓜

有關狗的馴化，之前有學者認為，狗與人共同生活以後，隨著人類飲食中澱粉的增加，因此狗的澱粉酶Amy2B基因數目也隨之增加。論文發現，這回2位古狗，Amy2B都跟本來一樣，只有2個基因，愛爾蘭古狗也只有3個，這表示，即使等到新石器時代結束時，狗的Amy2B數目仍未發生明顯的變化。

各狗的Amy2B基因數目。

非常令人驚訝，去年發表，專門探討古狗Amy2B基因數目的論文，竟然完全被此次新研究無視。假如這回論文的作者，有先看過那個研究，應該就不會作出以上結論惹。去年論文的發現：

短篇狗消化澱粉的能力，在何時開始加強？

「Amy2B基因數目最早增加的古狗，年代約是7000年前，位於羅馬尼亞。這個發現表示消化澱粉的Amy2B，至少在7000年前已經開始變得更加重要。然而Amy2B基因的增加，卻不只一時一地，論文發現，來自早期歐洲農業遺址的古狗，Amy2B基因數目並沒有一致變多，有些還是保持2個，最多的可達20個；另外增加也不限於一個地點，不同地方都有類似的增加現象，似乎是地區性的獨立適應所致」

總之，新的論文做惹許多複雜的統計分析，但是多處詮釋上，讀者恐怕先抱持高度懷疑的態度為佳。

狗狗遺傳史：

十萬年灰狼DNA，替狗的起源帶來什麼啟示？