眼睛的顏色取決於黑色素。假如黑色素多，就會是黑眼睛；黑色素少或沒有，就會是淡色或藍眼睛。眾多狗的品系中，哈士奇的藍眼睛比例很高，非常有特色，卻不清楚是哪個基因造成。
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人類中，住在沙丘星球的佛里曼人是藍眼睛，不過那是香料所致，與遺傳無關。歐洲族群有藍眼睛，已知與 OCA2 基因有關，但是狗的藍眼睛卻和此一基因無關。近年基因體學發達之下，連結遺傳變異與表現型的 GWAS 分析大行其道。這個 2018 年的論文開風氣之先，以飼主的寵物狗基因檢測結果，尋找遺傳變異與特徵的關係。
一共有 3180 個飼主與狗參加實驗。基因檢測的方法，是上頭設置 214661 個遺傳變異的生物晶片；狗在檢測後，飼主再將受測狗的遺傳、型態、眼睛顏色等資訊上傳，讓研究團隊進行大尺度比較分析。
這是首度在人類以外的生物，進行資訊取自商業遺傳測試，大尺度的基因體學研究！
比較後發現，大部分有藍眼睛的狗，在第 18 號染色體上，有最明顯的訊號。靠近一看，差異在於藍眼睛的狗，由於串聯複製，多出一段不短的 DNA 序列，有 98.6 kb 那麼長。受測狗中的藍眼睛不多，只有 108 個（大部分是哈士奇），但是其中 81 個配備那段多出來的 DNA 序列，比例高達 75%。相比之下，不是藍眼睛的狗有 2661 個，只有 46 個擁有那段 DNA。再納入其他 2890 個樣本一起分析，得到的結果十分相似。
這段多出來的序列中，本身應該沒有基因，不過它旁邊有個基因 ALX4，很可能與藍眼睛有關。論文推論，多出這段 DNA，雖然不直接影響 ALX4 基因本身，卻會使其表現量上升，進而讓另一個基因 RPE（全名 retinal pigment epithelium）的表現量下降，使得眼睛色素變少，形成藍眼睛。
所有藍眼睛的狗有高達 53%，在一對染色體中，只有一條多出那段 DNA，表示 ALX4 對眼睛顏色的影響，應該是顯性。 另一方面，也有少數藍眼睛的狗卻不具備那段序列，顯示仍有其他遺傳因素，影響眼睛變藍色。
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