這個 2025 年的論文，報告西班牙的 El Mirón Cave 洞穴遺址調查。樣本並非化石，而是泥土中的古代DNA。
伊比利亞猞猁，吃兔兔 via 這裡
很多人類化石、遺骸在洞穴出土，不是因為人類很愛宅在洞穴，不出去外面活動，而是洞洞中更容易留下紀錄。 人類以外，某些動物也常常在洞洞出沒，特別是吃肉肉的掠食者或食腐者。因此，要認識古早的肉食動物，洞穴也是一大取材來源。
取材地點 El Mirón Cave 位於西班牙北部，出土過數萬年前的智人化石，也有許多不同物種的動物。 有些骨頭比較完整，能看出來自什麼動物。有的相當破碎，好在現今的 ZooMS，分析殘存的膠原蛋白，也有機會分辨是哪種動物。
德國的 Schöningen 遺址由於出土很久很久以前的木矛聞名於世，同時也有一批馬的遺骸。這個 2025 年的論文從中取得古代DNA，新添一分馬的演化史認識。
Mitochondrial genomes of Middle Pleistocene horses from the open-air site complex of Schöningen
不是這回的主角 Equus mosbachensis，是法國 Lascaux 超過一萬年的壁畫馬。via 這裡
年代方面，這兒以前都說是 30 萬年前，最近新研究則主張為 20 萬年。這個論文似乎更傾向 30 萬年的舊說法。所以這批馬的化石，看尼喜歡是 20 萬或 30 萬年。至於狩獵馬的 Homo 何許人也，目前沒有更多證據。
鴞鸚鵡（Kākāpō，學名 Strigops habroptilus）是紐西蘭特有的一款鳥類，一度減少到 51 位成員，最近復甦到 247 位。這種不會飛的鳥有兩種顏色，這個 2024 年的論文尋獲影響毛色的遺傳差異，推測和古時候猛禽的威脅有關？
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即使瀕臨滅團，依然有綠色、橄欖色的兩款鴞鸚鵡共存。這個論文取得 169 位個體的基因組，尋找影響外貌的遺傳差異。
比對發現，最大差異位於第 8 號染色體。幾乎所有橄欖色鸚鵡，在特定位置的 DNA 都配備某些變異，否則就是綠色鸚鵡。
北極熊最近的親戚是棕熊，兩者的差異卻十分明顯。這個 2024 年的論文以數萬年前的古早熊為基準，探討北極熊的 DNA 適應。有意思的是，北極熊似乎沒有專屬於自己的新突變！？
這個論文總共分析 119 位北極熊，以及 135 位棕熊的基因組。以及 2 個古代基因組，分別為 7 到 10 萬年前，住在阿拉斯加的布魯諾（Bruno，這是一位女生），以及 10 到 13 萬年前，挪威的斯瓦巴（Svalbard）的 Poolepynten。
關於北極熊的遺傳適應，之前的研究發現 12 個基因，這回特別著重於此。
牛牛是大家都很熟悉的動物，不過馴化牛的祖先「原牛」已經沒有任何活人見過，因為他們在公元 1627 年後就完全消失惹。這個 2024 年的論文透過古代DNA，探討原牛（aurochs，學名 Bos primigenius）的演化歷史。
The genomic natural history of the aurochs
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這回新定序 33 個，加上之前發表，總共 38 個原牛的古代基因組，年代介於 4000 年到超過 4.7 萬年。 另外還有中亞出土的馴化牛（Bos taurus）8 個基因組，介於 3800 到 6400 年前。
現有證據看來，牛屬 Bos 應該起源自南亞；而 65 萬年前已經有原牛抵達歐洲。然而，這回分析的原牛們，共同祖先的年代估計沒有超過 10 萬年。
古代DNA 的研究，也帶動生物學其他領域進展，這個 2024 年的論文，報告在一款滅團蟾蜍：非洲胎生蟾蜍（Kihansi spray toad，學名 Nectophrynoides asperginis）的皮膚上偵測到蛙壺菌感染。為求簡便，本文之後都稱之為「蟾蜍」。
大概有人有興趣，圖中蛙蛙們的學名是： (a) Nectophrynoides asperginis (b) Arthroleptis stenodactylus (c) Nectophrynoides tornieri (d) Hyperolius kihangensis (e) Leptopelis parkeri (f) Phrynobatrachus sp
蟾蜍原本住在非洲東部的坦尚尼亞，烏德宗瓦山脈（Udzungwa）的濕地中。人類 1996 年得知這個物種，但是 2003 年以後便沒有人在原生環境見過。因此判斷，人為飼養以外，蟾蜍已經在野外滅團。
當地興建水壩，導致環境改變，肯定是蟾蜍滅絕的原因之一，但是傳染病也可能涉及其中。
知名度高的無尾熊、袋鼠以外，澳洲還有不少有袋類動物。這個 2024 年的論文報告「兔耳袋狸」的基因體學研究，以及已經滅團的近親，小兔耳袋狸的古代基因組。認識這些澳洲特產的動物，增進生物學知識以外，還有其他意義，因為兔耳袋狸也是某些原住民族群文化的象徵。
澳洲偽兔兔 via 這裡
兔耳袋狸的學名為 Macrotis lagotis，greater bilby 這個名字來自Yuwaalaraay 這支澳洲原住民的語言。兔耳袋狸也是澳洲西部 Kiwirrkurra 社群的象徵動物，被稱為 Ninu；由於論文的樣本由此而來，所以這個論文用 Ninu 稱呼兔耳袋狸。
對人類而言，兔耳袋狸一大顯眼的特徵當然是「兔耳」。這種兔兔體型的袋家動物，適應澳洲相當乾燥的環境，水循環、代謝率都相當低，不需要直接喝水，而是由昆蟲、種子、真菌等食物中得到水份。
猛獁象曾經是歐亞大陸北方顯眼的大型動物。西伯利亞北部的 Wrangel 這個地方，一萬多年前由於海水上升成為島嶼，島上的猛獁象從此與同類斷絕交流，直到 4000 年前左右滅團。變成孤立小族群，對猛獁象的遺傳基因造成什麼影響？這個 2024 年的論文做惹一系列有趣的分析。
Temporal dynamics of woolly mammoth genome erosion prior to extinction
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喔~~喔喔~~喔喔~~喔喔~爪爪
如今 Wrangel 島位於北冰洋，這個論文取得此島 13 個猛獁象古代基因組，加上之前發表的 8 個樣本，探討孤立於海島的猛獁象，和更早以前的族群有哪些差異。 它們的平均覆蓋率，最低也有 9.5，可以進行比較細微的分析。
大地懶（giant sloths）不少人沒有聽過，或是只有模糊的印象。他們主要住在南美洲，3500 萬年來曾經衍生出大批型號，是當地主流動物之一，如今卻幾乎完全滅團 QQ。這個 2025 年的論文，以體型為主軸，探討大地懶的演化史。
The emergence and demise of giant sloths
現存於世的二趾樹懶、（三趾）樹懶，是這個大家族殘存的近親，但是也不算多近。這兩者和多款地懶，分類上都屬於不同「科」，分家數千萬年。
論文選擇的切入點是，什麼因素影響「體型」的變化？ 大地懶共同祖先的衍生型號們，體型差異相當驚人。最大隻破一公噸，最小隻只有幾公斤。
這個論文主要使用化石型態，少少的遺傳學資料，建構成員的演化關係。和人類一樣，可以用長骨（大腿骨）的尺寸，估計全身的體型。
「猛獁象」感覺是住在北方，適應寒冷的動物。大多數確實如此，但是近來得知，在氣溫不低的墨西哥也曾經住著不少猛獁象，而且和北邊的同類分家許久。這個 2025 年的論文，由古代DNA 尋求線索。
Columbian mammoth mitogenomes from Mexico uncover the species’ complex evolutionary history
啟用後的 Felipe Ángeles 國際機場，有大隻的爪爪雕像。
最近重出江湖的其實不只猛獁象，還有很多動物。它們原本都在墨西哥盆地，也就是現今的墨西哥城附近生活。由於軍事基地改建為飛機場的工程，我們才有才有機會見到。
喔~~喔喔~~喔喔~~喔喔~爪爪
紐西蘭曾經住著許多不會飛的大型鳥類，其中一群叫作「恐鳥」，可惜幾百年前全部滅團惹。這個 2024 年的論文報告一款恐鳥的古代基因組。
A nuclear genome assembly of an extinct flightless bird, the little bush moa
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根據化石型態判斷，恐鳥至少有 9 個物種。這個論文的取材對象為灌木恐鳥（little bush moa，學名 Anomalopteryx didiformis）。紐西蘭可分為北島和南島，灌木恐鳥原本住在低海拔森林中，估計身高 50 到 90 公分，體重約 30 公斤，是恐鳥家族中最小隻的。
這項研究使用的樣本，來自加拿大的皇家安大略博物館，是一位男鳥，論文拼湊出平均覆蓋率 4 的古代基因組。這個論文花很多篇幅，介紹定序、拼裝基因組、DNA 序列的性質，就是那些尼演講時聽到，會失神的基因組定序瑣碎內容。
這個 2024 年的論文報告一款奇妙的蝴蝶，和近親的 DNA 相似度超過 99%，外貌卻不像；源自另一種蝴蝶的血緣只有 1% 左右，翅膀顏色等特徵卻高度相似，判斷這種蝴蝶是兩種蝴「合體種化」而成。
Hybrid speciation driven by multilocus introgression of ecological traits
這個圖看起來比較直觀，不過不那麼精確。 源自右邊 M蝶的比例，一開始應該不會只有 0.7% 那麼少。
這些蝴蝶都分類在蛺蝶科（Nymphalidae），袖蝶屬（Heliconius）旗下， 研究的主角叫作 Heliconius elevatus， 99% 相似的近親是 Heliconius pardalinus， 1% 的是 Heliconius melpomene。 他們都住在亞馬遜。本文之後簡稱為：E蝶、P蝶、M蝶。
最近袖蝶屬的遺傳學研究不少，不過之前我都沒寫過。根據整個基因組建構的親戚關係，只看這幾款蝴蝶，M蝶最早分家，接著衍生出好幾種不同蝴蝶，E蝶、P蝶都更遲才誕生。
