人類與病毒互相適應的世界大戰，仍然激烈 原載於新公民議會
如今人人對 COVID-19（武漢肺炎、新冠肺炎）都不陌生，生活也受到它的影響。其實它進入人類世界還不到 2 年，仍然算是很新的傳染病。
武漢肺炎的病原體叫作 SARS二世冠狀病毒（SARS-CoV-2），研究者從來沒有由一種生物，取得如此龐大又全面的資料。至今世界各地報告超過 200 萬個病毒基因組，能建構相當雄偉的演化樹，追蹤病毒的變化。
New SARS-CoV-2 variants have changed the pandemic. What will the virus do next?
病毒不斷突變，但是有利的很少。有害的突變會被淘汰，不影響利害的可能留下、可能淘汰，有利的則有機會增加存在感。
但是某個突變的效果，不一定有利或是有害。可能受到外在環境的差異影響之外，該突變與其他遺傳變異的組合也很關鍵。實際的狀況或許是，A 突變在一版基因組中毫無影響，在另一版卻大有助益。
另一方面，判斷某個突變「有利」也不容易。細胞實驗、動物實驗的結果，未必和現實世界一致，現實世界的不同時間、地點，效果也不見得一樣。
現實世界中一年半競爭下來，有 4 款病毒和近親相比具有許多新突變，可謂「總加速師」，存在感又在幾個月內大增。它們在四個地方獨立誕生，各有優勢，展現出病毒適應人類的多變可能性。
英國誕生的 Alpha 傳染力增強，成功在世界各地廣傳，全盛時期佔世界一半。一年防守有成的台灣，也被這款病毒入侵，造成社區感染。
南非誕生的 Beta 閃躲抗體的能力最佳，至今為最善於逃避免疫的款式。不過傳染力沒那麼強，沒有廣傳全世界。
巴西誕生的 Gamma，逃避抗體和傳染的能力，似乎介於英國和南非總加速師之間，在南美洲導致大爆炸，但是沒有征服世界。
人們注意到 3 款總加速師的幾個月後，印度誕生的 Delta 脫穎而出。它閃避抗體的能力不如南非前輩，傳染力卻比英國前輩更高，即使打過疫苗的人，也有相當比例還會感染，甚至是傳染。
病毒感染細胞，以及抗體捕捉病毒時必需接觸，所以立體結構很重要。病毒的形狀改變得多，更能躲避抗體，卻不可避免會影響與細胞的親和度，因此兩方面不能都無限進步。
Beta 發展出至今最佳的閃躲模式，Delta 整體卻更加平衡，在當今的世道下更有優勢，成為已知傳染力最強的品系，如今膨脹到佔世界疫情八成。
Delta 品系的傳染力增強，一項原因是其 S蛋白質（spike protein）上的 P681R 突變，它能提升 S蛋白質兩部分 S1、S2 的切割效率，讓病毒更容易入侵細胞。以細胞進行體外試驗，Delta 的傳染力比 Alpha 更強，如果將 P681R 去除則會喪失優勢。
然而，只有 P681R 一處突變似乎沒什麼用。也有其它同類配備此一突變，卻沒有明顯變強；而武漢的原版病毒加上 P681R，傳染力還是原版病毒。道理也就是前文提到：一個突變有利或有害，要看它與其他遺傳變異組合的效果。
The mutation that helps Delta spread like wildfire
Delta 於世界廣傳下，也入侵廣州，讓中國專家獲得一批資訊。初步分析指出，和其餘病毒品系相比，Delta 感染者平均的潛伏期更短，病毒增加的速度更快，上呼吸道的病毒量常常比較多，接觸者被傳染的比例有所增加，還有很高比例是被出現症狀以前的確診者傳染。
Transmission dynamics and epidemiological characteristics of Delta variant infections in China
全世界回報的狀況大致看來，部分接種過疫苗的人仍然會感染 Delta，甚至發展為重症。不過各種疫苗對 Delta 仍有相當的保護能力，能降低重症的機率，加速身體排除病毒，減低再傳染的機率。也就是說，面對更加適應當今環境的 Delta 品系，疫苗儘管無法完全阻止傳染，依舊能降低傷害。
往好處想，病毒會適應，人體的免疫系統也是。在疫苗或活病毒的訓練下，免疫系統多半能提升對病毒的抵抗力，減輕症狀，縮短病毒能醞釀並傳播的時間，降低傷害與再傳染的機率。只是達到新的平衡以前，智人勢必將付出不少代價。
人類與 SARS二世冠狀病毒的世界大戰進入第二年，雙方互相適應，交戰仍然激烈。比起預測未來，科學家更擅於解釋過去。病毒與人類的未來將會如何，沒有人能肯定。這場多年抗戰，不知道會打到幾年。
也出現在泛科學：人類與 COVID-19 互相適應，這是場長久的「無限之戰」
WARS無症狀感染者，會傳染，隔離14天可以拖到傳染高峰過去
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