17世紀墨西哥的梅毒古代基因組 @ 盲眼的尼安德塔石器匠

梅毒（syphilis）是種歷史知名的傳染病，於 15 世紀後期突然現身於歐洲。這個 2018 年的論文報告，由距今約 350 年，殖民時代的墨西哥城，首度取得古代梅毒的基因組。

Historic Treponema pallidum genomes from Colonial Mexico retrieved from archaeological remains

梅毒的病原體是種細菌，叫作梅毒螺旋體（Treponema pallidum），梅毒螺旋體旗下又有 2 個亞種：造成梅毒的是 T. pallidum ssp. pallidum（簡稱 TPA），另一種 T. pallidum ssp. pertenue（簡稱 TPE）則會造成雅司病（yaws，也叫熱帶肉芽腫）。

尼安德塔人疑似在情慾流動時，傳染性病HPV16給智人

這回的樣本來自殖民時代的墨西哥城，Convent of Santa Isabel（如上圖示）。考古學家之前在此挖掘出 239 位遺骸，90% 是胎兒或新生兒；其中 5 人的骨骼，看似有受到梅毒感染的影響跡象，因此被選來進一步測試。儘管梅毒以「性病」形象聞名，但是不只性行為會傳播梅毒。測試的 5 個樣本中，3 個成功獲得完整的基因組，覆蓋率 4.4、7.7、3.3，其中兩位是新生兒，另外一位是胎兒。

16 世紀中美洲古文明毀滅者－傷寒

梅毒的基因組，由約 113 萬個核苷酸組成。這回獲得的其中 2 個 TPA 樣本，彼此序列非常相似，落在現代梅毒的變異範圍之內；另一個樣本，則是會造成雅司病的 TPE。由骨頭型態，只能判斷都是由梅毒螺旋體造成，卻無法區分是梅毒或雅司病，不過靠著 DNA，兩者可以很清楚地分辨。

基因方面，這回 3 個古代梅毒，與感染有關的致病基因都有，並沒有什麼特別之處。只有其中一個樣本，少掉一個與運送脂肪酸有關的基因 FadL（long chain fatty acid transport protein precursor），不過並不清楚會造成什麼影響。

另一方面，由已知的樣本，可以判斷梅毒螺旋體在演化過程中，不同品系間曾交換 DNA 片段，經歷過遺傳重組（細菌間的情慾交流）。有個可能是，假如一個人同時感染梅毒與雅司病，TPE 與 TPA 在這個人體內，就有惹交流的機會。而這回觀察到，同一地點中，同時存在 TPE 與 TPA，顯示上述推測並非無稽之談。