鼠疫桿菌（Yersinia pestis）造成的瘟疫，以中世紀的黑死病最為人所知。之前研究指出，至少5000年前已經有人感染過鼠疫桿菌，這個2017年的論文，則調查歐亞大陸西部各地，由 563 個古人樣本中尋找鼠疫桿菌，找到至少6人有感染的跡象。年代介於 3700 到 4800 年前，算是新石器時代晚期，到青銅時代早期。
The Stone Age Plague and Its Persistence in Eurasia
鼠疫桿菌在歐亞大陸，至少已經感染人類5000年惹：
將這回的鼠疫桿菌基因組，加上已知的樣本畫演化樹，估計大家共同祖先的年代，是 6000 年前左右（介於 5036 到 7494 年之間），與之前研究的估計一致。 之前研究中有2個較高品質的基因組，都來自中亞的阿爾泰地區（丹尼索瓦人的家附近，不過年代差惹幾萬年），一個距今 4700 年，另一個 3600 年左右。這回新報告的6個樣本，地理上位於拉脫維亞、克羅埃西亞、俄羅斯、愛沙尼亞、德國多處，卻皆與那2個阿爾泰的同胞，被歸類為同一分枝。
論文推測，要解釋已知的狀況，有兩個可能。第一，距今3000到5000年之間，鼠疫桿菌曾由同一個源頭，多次傳入歐洲。第二，新石器晚期時，鼠疫桿菌由中亞傳入歐洲，然後留在歐洲內或是附近，接著多次感染人類，又在一千年後，重新回傳到中亞。
論文比較偏好第二個假說。我們知道，新石器到青銅時代之際，發生大尺度的遷徙，移民潮起源自東歐大草原，草原族群的DNA，同時進入惹它的東方－中亞，以及西方－歐洲。這波移民潮，DNA流動的方向，剛好和假說二大致符合，而且所有感染鼠疫桿菌的古人，本身的基因組，都配備能追溯到草原的DNA。
目前證據有限，尚無法斷定鼠疫桿菌的族群史。不過比較確定的是，看起來這群在青銅時代，縱橫於歐亞大陸西部的鼠疫桿菌，後來應該是滅絕惹，它們與隨後導致查士丁尼瘟疫、黑死病的同胞，都屬於不同分枝。
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大家都知道瘟疫來了
Everybody knows that the Plague is coming
大家都知道來得很快
Everybody knows that it's moving fast
《大家都知道 Everybody knows》 －Leonard Cohen, 1988
古代微生物DNA研究，愈來愈多啦！
新聞稿：
Plague likely a Stone Age arrival to central Europe
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