馬，是最重要的馴化動物之一。這個 2019 年的論文，報告 87 個古馬基因組，讓我們更加認識馬是怎麼被人類這樣那樣。
Tracking Five Millennia of Horse Management with Extensive Ancient Genome Time Series
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現在的馬遺傳多樣性不高，尤其是男馬的 Y染色體多樣性更低。不過鐵器時代，2000 多年前斯基泰人養的馬，遺傳多樣性卻比現在高很多，表示馬在馴化早期 DNA 應該仍很多元。這個論文發現，和比 200 年前更早的馬相比，現代馬的遺傳多樣性更低，又下降 16% 左右，多半是養馬的方式改變所致。
養馬方式改變，當然不只兩百年而已，不過以前的馬 DNA 真的比較多元。拜占庭帝國、蒙古帝國、巴澤雷克的斯基泰、蒙古鹿石的馬，遺傳多樣性都差不多，也比現在的馬高。眾多古馬品系中，歐洲在 7 到 9 世紀時，應該接受惹明顯的波斯馬輸入，對之後的血脈影響深遠。而另一個方向的亞洲，也觀察到類似的改變。
卡拉蘇克（Karasuk）文化、巴澤雷克的斯基泰、匈奴、哈薩克 8 世紀 Boz Adyr 的馬，遺傳上彼此比較接近；但是在此之後，哈薩克 9 世紀、回鶻、蒙古帝國的馬，則都受到波斯品系影響。
論文推論，薩珊波斯時期，薩珊波斯與拜占庭帝國的長期大戰，以及伊斯蘭初期的征戰，對馬的培育影響應該很大。
已知年代最早的馴化馬，來自 5000 多年前的波泰文化，和現在唯一的野馬－普氏野馬，遺傳上十分相似。但是距今 4000 年以後的馴化馬卻自成一群，和波泰馬遺傳上沒有關係。而歐亞大陸的東北方，5000 到 43000 年前，還存在另一個支系 Equus lenensis，只是後來滅團惹。
這回年代更早的樣本，也有有趣的發現。一個出土於圖瓦（西伯利亞南方、蒙古北方）的樣本 MerzlyYar_Rus45_23789，距今 23789 年前，遺傳上與其他的馬最先分家，不屬於任何已知支系，和馴化馬幾乎沒有關係。（圖瓦就是唐努烏梁海 XD ）
A 是粒線體DNA 的親戚關係樹，B 是 Y染色體的親戚關係樹。
另一批樣本，位於歐亞大陸最西端的伊比利，3900 到 4800 年前的 4 個樣本也不屬於已知的支系。西班牙鐵器時代的馬與他們仍共享約 10% 祖源，後來則降到非常低。
這些結果表示，馬古時候的遺傳多樣性，遠高於現代，後來被人類愈養愈低。馬在 5000 年前初被馴化之際，遺傳上至少存在 4 個不一樣的支系，由西到東是：伊比利、草原西部、波泰、遠東馬，卻只有草原西部那一群，成為後世的馴化馬。
另一件有意思的發現是，歐洲冰河時期的洞穴壁畫中常常出現馬，型態看起來比較像是普氏野馬，而非馴化馬。不過這回取得 35870 年前，來自比利時 Goyet 的古馬樣本，遺傳上卻較為接近伊比利與草原西部馬。可見馬的外貌和遺傳未必有關係。
馬系列：
新聞稿：
A genomic tour-de-force reveals the last 5,000 years of horse history
Science新聞：
Ancient DNA reveals two lost lineages of horses—but not their elusive origins
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