close

當今世上應該沒幾個人親眼見過卡羅萊納間諜芒果,不是,是卡羅萊納長尾鸚鵡(Carolina parakeet,學名 Conuropsis carolinensis),因為牠們在 1918 年就全部滅團惹。一百多年後的技術已經進展到,可以由去世多時的生物體中取得 DNA。這個 2019 年的論文,由標本取得卡羅萊納長尾鸚鵡的基因組。

Evolutionary History, Genomic Adaptation to Toxic Diet, and Extinction of the Carolina Parakeet

64

via 這裡

 

另外也定序牠仍然活著的近親—太陽鸚鵡(Aratinga solstitialis)的基因組作對照。最後拼湊出的卡羅萊納長尾鸚鵡基因組,平均覆蓋率達到 13.4。遺傳上能看出她是一位女生。

 

根據基因組的遺傳差異,估計兩者分家的年代介於 160 到 440 萬年前,平均是 280 萬年前。用粒線體差異估計,結果是介於 273 到 505 萬年前,平均 380 萬年。

 

太陽鸚鵡住在南美洲,卡羅萊納長尾鸚鵡住在北美洲。地理上,巴拿馬地峽大概在 300 萬年前完全形成,分隔美洲的南北。論文認為,美洲地理隔離的年代,和兩群鸚鵡終止情慾交流的年代大致符合。

美國西南10到12世紀,金剛鸚鵡養殖場

羽毛帝國的誕生?安地斯與亞馬遜的交錯

 

642

 

論文也分析惹卡羅萊納長尾鸚鵡,基因組各部分的異質性(heterozygosity);假如長久以來遺傳多樣性不大,異質性就會小。另外也分析惹 long runs of homozygosity(簡稱 ROH),就是染色體上很長一段 DNA 連鎖在一起;假如最近常常近親交配,基因組上多半會見到不少 ROH。

 

一種生物如果異質性小、ROH 大,可能是遺傳多樣性喪失的徵兆,不過不是那麼絕對,還要與其他證據一起考量。分析的結果是,卡羅萊納長尾鸚鵡不像是過度近親交配的動物,至少沒有比作為比較,現在的太陽鸚鵡更嚴重。因此牠們在最近的滅團,主要應該是人為因素所致 QQ

 

不過因為樣本太少,對於牠們遺傳史的推論不是那麼完全。

 

641

 

另一點值得探討的是,卡羅萊納長尾鸚鵡的日常飲食中有蒼耳(cockleburs)這種對許多動物有毒的植物。蒼耳內含的 carboxyatractyloside(簡稱 CAT,不是貓!)會干擾粒線體的能量代謝,對許多動物是劇毒,卡羅萊納長尾鸚鵡卻不會中毒。

 

鸚鵡的粒線體有 4 個 ATP transporters(載體蛋白),為求負責寫一下名字,不過反正就是編號,和用字母、數字表示的基因名字:

ANT1(SLC25A4

ANT2(SLC25A5

ANT3(SLC25A6

ANT4(SLC25A31

 

論文發現當中 2 個基因或許和解毒有關。一個是 SLC25A4,它第 122 號氨基酸從 A 變 V(A122V);另一個是 SLC25A5,第 126 號氨基酸從 T 變 S(T126S)。

 

不過,不管牠們當年有什麼特異功能,現在只剩下標本和 DNA 而已。對於滅團一百年的卡羅萊納長尾鸚鵡,我們懷念他。

滅團一百年的卡羅萊納長尾鸚鵡,我們懷念他

被人類大量獵捕350年,迅速滅團的大海雀

曾經有50億鳥口的「旅鴿」,遺傳多樣性卻低得嚇死人?

加州柳鶲的情慾流動與氣候適應

企鵝演化史

冰島錢進去,海象牙出來,維京人發大財,然後海象就滅絕惹

短篇 人類登陸馬達加斯加,超過一萬年,鄰居有象鳥和狐猴

哈靈頓馬非馬?已滅絕的美洲馬家新成員上線啦!

獅子與穴獅的遺傳史

 

新聞稿:

Carolina parakeet extinction was driven by human causes, DNA sequencing reveals

 

歡迎光臨粉絲團一起討論盲眼的尼安德塔石器匠

arrow
arrow

    尼安德塔人 發表在 痞客邦 留言(0) 人氣()