日本人的遺傳來歷，一般說法是由較早的繩文人，以及較晚移民的彌生人組合而成。這個 2021 年的論文卻發現，彌生時代過後的古墳時代，又有源自東亞，影響更巨大的移民出現；而且古墳時代的遺傳組成，和現代的日本人已經非常相似
Ancient genomics reveals tripartite origins of Japanese populations
🇯🇵 這邊說的日本，不包括北海道、琉球群島，是剩下的地區 🇯🇵
日本年代最早的遺址距今約 3.8 萬年，大約 1.6 萬年前繩文時代開始，接著 3000 年前進入彌生時代（另一個說法是 2400 年前），1700 年前又轉型為古墳時代。
這個論文總共獲得日本各地，12 個古代基因組，覆蓋率介於 0.88 到 7.51；再加上 5 個發表過的繩文人基因組。總共有 12 位繩文人、2 位彌生人、3 位古墳人，他們互相都不是近親。
繩文時代，萬年一系
繩文人的年代，最早距今 8800 年，最晚 2500 年前，取樣算是包含不同年代與地點。之前研究發現，不同年代、地點的繩文人遺傳都差不多。 這次加上更多樣本以後，還是得到一樣的結果。另外估計現代日本族群的基因組，大約有 9% 繼承自繩文人。
由此看來，繩文人的祖先在移民進入日本後，遺傳上應該是一直獨立發展，延續到兩千多年前。
繩文人和東亞其他人群的關係為何？ 繩文人和其他東亞人分家的年代，之前研究推論介於 1.8 到 3.8 萬年前間。這個論文主要用 8800 年前的繩文人分析，以 ROH（runs of homozygosity）為指標，估計介於 1.5 到 2 萬年前間，而且經歷過瓶頸效應，遺傳族群初期可能只有 1000 人左右。
論文表示，距今 1.5 到 2 萬年前，是末次冰盛期即將結束到結束後，當時海平面上升，漸漸將日本與東亞大陸分開，或許也導致遺傳隔離，讓這群住在日本的人孤立在海外，也開始別具特色的繩文時代。
若是如此，日本更早以前的居民，似乎和繩文人沒有直接關係，是更早的移民。不過目前證據沒那麼充分。
彌生時代，東亞人來，文化轉變，繩文血緣還是強大
彌生人 2 位，古代基因組都來自 2019 年發表的論文。取樣地點位於日本西南部的長崎，佐世保市（Sasebo）的下本山岩蔭遺址（Shimomotoyama）。
Genetic characteristics of Yayoi people in Northwestern Kyushu
彌生樣本大概距今 2000 年，遺址看起來屬於彌生文化，但是死人骨頭的形態特徵，又有繩文特色。 遺傳分析看來，他們確實配備非常高比例的繩文血緣，估計約 60%。其餘來源則不是太確定，看起來最接近的是西遼河，新石器時代和青銅時代的樣本。
西遼河流域，不同年代的居民，遺傳改變超明顯，有時候黃河農夫祖源較高，有時候黑龍江祖源為主。論文這兒的意思應該是黑龍江祖源較高，青銅時代的「夏家店上層」，距今約 2300 到 3000 年。
彌生時代的移民，抵達日本的前一站多半是朝鮮半島，離已知的西遼河樣本其實有一段距離。更奇妙的是，彌生時代最明顯的文化新玩意，是出現金屬和稻米，可是西遼河的居民根本不會種稻。
由此推論，彌生時代的移民，也許並非直接來自西遼河一帶，而是源於血緣相似，位於遼東半島到朝鮮半島的族群，可以籠統地稱呼為東北亞，和隨後的古墳時代區別 XD
彌生時代介於距今 1700 到 2400（或 3000）年前，假如這兩位 2000 年前的晚期彌生人，能代表其他「彌生人」，意思是彌生時代確實有過東亞移民，但是遺傳上的存在感，沒有原本以為的那麼高。
歐洲從採集狩獵往農業定居，生活型態、生產方式的轉變，主要是移民所致，和原本的採集狩獵族群幾乎沒有關係。但是日本看來不一樣，開始定居、種稻的彌生人，其實 DNA 有很高比例繼承自繩文人。
東北亞移民和繩文人合體形成彌生人，日本各地的過程未必都一樣。不過能確定，至少部分彌生人，依然配備高比例的繩文血緣。
古墳時代，另一群東亞人來，國家誕生，血緣大幅轉變
古墳時代始於 1700 年前，是日本的社會組織變得複雜，國家興起的時期。這回最意外的發現是，本來以為的「彌生人」，現在看來似乎是「古墳人」才對。
這回 3 位古墳人都來自日本中部的石川（Ishikawa），金澤市（Kanazawa）的岩出市（Iwade）的横穴墓葬（horizontal cave tomb），距今 1300 年左右。古墳時期有許多宏偉的墓葬，不過這 3 位不是，應該算是當時的普通人。
遺傳上看來，古墳人的「東亞」成分大增，而且和彌生時代的東亞祖源不同。拿已知古今樣本比對，最符合的是漢人（各地漢人遺傳不太ㄧ樣，我猜是 CHB 北京漢人），而且還比韓國人更適合 XD
古墳時代的東亞移民，抵達日本之前的地點，最可能的還是朝鮮半島。目前不清楚他們具體上是哪群人，反正是東亞北方的某群人。古墳人基因組超過 60% 源自這支祖源，現代日本人又平均更多一點點。
日本人DNA的三重來歷
依據目前資訊，如今日本族群血緣上，至少由三波移民組成。最早的繩文人，獨立於東亞大陸超過一萬年，到彌生時代仍然相當有存在感，但是在古墳時代以後降低到 9%。
彌生時代，有些源自東北亞的移民進入日本，他們遺傳上配備大量黑龍江採集狩獵族群 DNA ，和繩文人合體，不過繩文血緣仍然超過一半。 古墳時代，又有源自東亞的移民抵達日本，他們遺傳配備大量黃河農夫 DNA，類似現代漢人。他們和日本之前的族群合體，比例超過 60%。
古墳時代三款祖源合體的遺傳組成，已經和現代日本人一致。日本最初的國家興起，看來和古墳時代，大量的東亞移民關係密切，這是值得繼續探討的議題。
繩文人真是現代日本人的祖先？有多少遺傳留下？──繩文人DNA研究（上）
日本的繩文人從哪裡來？和台灣原住民又有什麼淵源？──繩文人DNA研究（下）
北海道禮文島的古代DNA，繩文人以後，跨越鄂霍次克海的情慾流動
新聞稿：
Ancient DNA rewrites early Japanese history—modern day populations have tripartite genetic origin
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