西元1500到1850年間,超過1200萬的非洲人,在家鄉被捕獲後,被奴隸船送到美洲等地,從此開始悲慘的人生,這段黑暗的歷史,被稱作「大西洋奴隸貿易(Atlantic slave trade)」。加勒比海地區的聖馬丁島(Saint Martin)在數百年前,曾有些離鄉背井的非洲奴隸住在該處,但有關他們的資訊十分缺乏。這個2015年的論文,定序惹一女二男,共3個年代介於西元1660到1688年的古代基因組,研究他們的遺傳來歷。

Genome-wide ancestry of 17th-century enslaved Africans from the Caribbean 

KMT1  

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人類最初在5萬年前左右抵達澳洲,由北方進入澳洲以後,又花了一段時間擴散到澳洲各地,特別是乾燥的內陸。曾在澳洲生活很長一段時間的大型動物群(megafaunal),也在之後陸續消失,但是否與人類有關係,或是單純是氣候變遷的受害者,不是很清楚。這個2016年的論文調查位於澳洲東南部,乾燥內陸的Warratyi遺址,獲得惹大批人造物與生物遺骸。

Cultural innovation and megafauna interaction in the early settlement of arid Australia

Obama 

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2007年起,考古學家在位於波蘭的「索比布爾集中營」展開挖掘,此處於1942和1943年時,曾有約20萬人為納粹殺害(Sobibór extermination camp,或許「滅絕營」是更好的稱呼,多數滅絕營位於德國境外,被送去的人,命運就是待宰)。在2016年10月時,考古學家挖掘到一處,將女性囚犯送進毒氣室前的準備室,在那裡找到大批75年前,被害者留下的珠寶、飾品。

nazi-death-camp-pendant  

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智人是在非洲起源的生物,在何時離開非洲,走哪些路線前往世界各地,是尚無明確答案的問題。最早的智人不會飛,也不會渡海,只能靠腿走路,因此沿路的環境,勢必會影響遷徙的狀況。離開非洲的第一站,是中東的黎凡特與阿拉伯半島,古代智人的腦袋雖然比起一般動物更加高強,但長距離穿越不毛之地應該還是有困難。這個2016年的論文用大把的氣候資料建立模型,重建過去12.5萬年來,這些地區適宜人居,有機會讓人通行的年代,研究人類遷徙的過程。

Late Pleistocene climate drivers of early human migration

F1 

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在歐洲人移民美洲以後,美洲本來的居民成了「美洲原住民」,他們的生活從此大受影響,除了生產方式以外,外來的疾病,也奪走惹許多美洲原住民的生命 T_T。這個2016年的論文,從北美洲西北方,也就是加拿大的不列顛哥倫比亞,取得古代與現代,各自25位,共50位Tsimshian人的「exome」,研究當地族群的變化(基因的DNA序列上,會轉譯為蛋白質的coding序列,還有與第一和最後一段coding序列相連的UTR部分,叫作exon,exome就是所有exon的總和)。

A time transect of exomes from a Native American population before and after European contact

Tsimshian  

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瑪麗.李奇一生投入考古研究,成就相當耀眼。她自認這輩子最大的成就之一,是1978年時在東非,坦尚尼亞北部的Laetoli遺址,找到366萬年前3位hominin留下的一排腳印。留下這批足跡的,可能是當初走過火山灰後,腳印幸運地保存下來一隊阿法南猿。這個發現證實,366萬年前的hominin,不只生理構造上看起來可以直立走路,而且確實會這樣行走。這項研究也證實惹,人類女性在人類演化學術上,成就能夠不輸男性,並沒有兩性雙型性(sexual dimorphism)存在。

The Hot Toys Han Solo and Chewbacca Sixth Scale Figures

via  這裡

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用陶器煮食是人類超級重要的發明。考古學家在最初期的陶器中,曾偵測過一些煮肉的案例,卻還沒有明確找到過煮食植物的記錄。這個2016年的論文,從北非,現在屬於撒哈拉沙漠的利比亞(埃及西方),當中的2個遺址Takarkori與Uan Afuda中,獲取距今約8400到10200年前,110件陶器樣本。

Earliest direct evidence of plant processing in prehistoric Saharan pottery

pea-soup  via 這裡

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丹尼索瓦人(下):翻轉人類演化學的古人種    原載於泛科學

尼安德塔與丹尼索瓦,兩種古人類基因組發表 5 年多以來,藉由交叉比較古今人類的 DNA,我們對人類演化的認知達到全新的境界,而且仍持續突破。

丹尼索瓦洞穴外觀,一切謎團都由此處發源。圖/By Nerika - Vlastito djelo, CC BY-SA 4.0, https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=34903008

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丹尼索瓦人(中):他們仍活在我們體內  原載於泛科學

為人所知還沒幾年,資訊仍相當有限的丹尼索瓦人,最大特色就是「專業起爭議」,幾乎所有相關發現都帶來顛覆性的概念,混血這部分當然也不例外——台灣有翻轉教學,丹尼索瓦人專門翻轉人類演化學。

獲取丹尼索瓦基因組的蘿莉小指化石,部位示意圖。圖/Max Planck Institute for Evolutionary Anthropology

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丹尼索瓦人(上):尼安德塔人的神秘近親  原載於泛科學

古代 DNA 這個研究領域,在 2010 年時來到前所未有的高峰(想先了解古代 DNA 可先看〈想重現侏儸紀公園?先征服古代 DNA 的種種難題!〉)。經過多年奮鬥後,帕波戰隊終於拼湊出較為完整的尼安德塔基因組,能夠全面比較我們與尼安德塔人在遺傳上的差異,回答雙方有無混血這類的問題。

圖一  

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鳴管(syrinx)是鳥類特有的聲音器官,基本上是由軟骨環、結締組織與肌肉組成的軟組織,缺乏堅硬的部分,因此不容易形成化石保存下來。這個2016年的論文報告,在一件距今6600到6900萬年前,也就是中生代的白堊紀末期的化石中,找到鳴管的蹤跡。

Fossil evidence of the avian vocal organ from the Mesozoic

vocal  

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如今地球上各地,物種的分佈狀況如何,哪些地方的遺傳多樣性比較高?這個2016年的論文蒐集大筆資料,定量分析全球尺度下,陸生與兩棲動物,在各個區域的物種與種內的遺傳多樣性。

An Anthropocene map of genetic diversity

GG  

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當初研究人類基因組,投入大筆資源,發展DNA定序技術的一大理由是,增進對遺傳與疾病間關係的了解。時至今日,已經有不少基因組被定序成功,科學家也得知許多遺傳變異和疾病間的潛在關係,這使得遺傳診斷,來到前所未有的境界。然而,所知畢竟仍很有限。這個2016年的論文報告深具野心的大計劃「Exome Aggregation Consortium(ExAC)」,這計劃至今已經整合惹60706個exome,還讓《Nature》期刊以社論特別介紹。

Analysis of protein-coding genetic variation in 60,706 humans

nature  via 這裡

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