目前分類:不是人類演化 (22)

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梅毒(syphilis)是種歷史知名的傳染病,於 15 世紀後期突然現身於歐洲。這個 2018 年的論文報告,由距今約 350 年,殖民時代的墨西哥城,首度取得古代梅毒的基因組。

Historic Treponema pallidum genomes from Colonial Mexico retrieved from archaeological remains

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考古記錄顯示,美洲最早的狗出現在約一萬年前;不過現代的美洲狗,遺傳上卻很接近歐亞大陸上現代的同類。歐洲人抵達美洲以前,美洲的狗從何而來,後來有沒有傳承下來呢?🐶   這個 2018 年的論文,獲得 7 個北美洲的古狗基因組,最古早的距今有 9000 年,以及 71 個北美和東北亞、北極區的古狗粒線體,研究美洲狗的遺傳歷史。

The evolutionary history of dogs in the Americas

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長臂猿(gibbon)屬於猿類,算是人類沒那麼近的近親之一。這個 2018 年的論文報告,在距今 2300 年左右,秦始皇祖母的墓葬中出土一位長臂猿;型態比對發現,他與所有已知的長臂猿物種都不符合,因此被定義為新屬與新種 Junzi imperialis

New genus of extinct Holocene gibbon associated with humans in Imperial China

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 象是一種存在感很大的動物,古時候曾有過很多種象,不過如今只剩 3 種,而且都面臨生存危機。已經滅絕的爪爪中,曾有真猛瑪象和菱齒象,基因組被定序成功。這個 2018 年的論文獲得更多古象基因組,探討爪爪家的演化史。

A comprehensive genomic history of extinct and living elephants


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鼠疫桿菌(Yersinia pestis)造成的瘟疫,以中世紀的黑死病最為人所知。之前研究指出,至少5000年前已經有人感染過鼠疫桿菌,這個2017年的論文,則調查歐亞大陸西部各地,由 563 個古人樣本中尋找鼠疫桿菌,找到至少6人有感染的跡象。年代介於 3700 到 4800 年前,算是新石器時代晚期,到青銅時代早期。

The Stone Age Plague and Its Persistence in Eurasia

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新的物種如何衍生,一直是演化學重要的問題,看看達爾文的書叫作《物種起源》,就能略知一二。傳統上認為,體型較大的動物,需要經歷很多代,才能累積到足夠的差異,造成生殖隔離,繼而出現新的物種。這個2017年的論文卻報告,有個小島上的達爾文雀,似乎在短短三代之內,就迅速地生殖隔離,出現一個看似新的物種

Rapid hybrid speciation in Darwin’s finches

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曾經橫行歐亞大陸、北美洲北方的真猛瑪象(Wooly mammoth,學名 Mammuthus primigenius),早已滅亡多時,我們之所以認識這種史前巨獸,靠的是牠們去世後留下的化石。不過,化石數目其實有性別偏差?

Genome-Based Sexing Provides Clues about Behavior and Social Structure in the Woolly Mammoth

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人類,在生物分類上算是一種「大猿」。大猿旗下有黑猩猩、紅毛猩猩、大猩猩等吱吱,上一種被定義的大猿物種,是1929年時,黑猩猩的最近親巴諾布。這個2017年的論文提議,將一群住在蘇門答臘西北方,多峇湖一帶的紅毛猩猩,定義為一個新的物種:Pongo tapanuliensis

Morphometric, Behavioral, and Genomic Evidence for a New Orangutan Species

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劍齒虎是一個統稱(英文叫作 saber-toothed cats,明明就是劍齒貓!),收納惹許多親緣上沒那麼近的貓科動物。地球上曾經有過很多劍齒虎,只是冰河時期結束以後,牠們從此消失,我們只能由化石認識這些史前動物。 這個2017年的論文,取得惹2群劍齒虎的古代DNA:斯劍虎(Smilodon)和似劍齒虎(Homotherium)。

Evolutionary History of Saber-Toothed Cats Based on Ancient Mitogenomics

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玉米(Zea mays)是當今世界上最主要的農作物之一,最早大概在9000年前,被中美洲居民馴化、開始種植。等到4000年前,玉米傳往美國西南,卻要再等2000年左右,才普遍在美國西南的高海拔地區出現。圖片雖然很像被啃過的玉米,不過它們來頭不小,不是普通的玉米,是1900年前,第一批於美國西南,高海拔地帶種植的陳年老玉米。

Genomic estimation of complex traits reveals ancient maize adaptation to temperate North America

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挪威北部的外海,自古以來就是豐饒的漁場,在羅弗敦半島(Lofoten Archipelago)捕獲的大西洋鱈(Atlantic cod,學名  Gadus morhua),被送往北海與波羅的海沿岸,以及更遠的歐洲各地。 歷史文獻與之前的考古學研究顯示,挪威北部與歐洲其他地區的長距離漁業貿易,在中世紀早期,11世紀時就已經存在。2017年的論文報告,這樣的漁業貿易至少在維京時期已經出現。

Ancient DNA reveals the Arctic origin of Viking Age cod from Haithabu, Germany

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狗是人類最早的馴化動物,人與狗建立關係比發明農業更早。然而狗是在何時、何地、如何馴化,至今仍沒有明確的答案。這困難的問題,古代DNA看似能夠解答,去年獲得的第一個古狗基因組,當時的推論是,狗至少在東方與西方,各自被馴化過一次,而東方狗後來取代惹西方狗。 這個2017年的論文,又獲得2個古狗基因組,分析後得到的結論,卻與去年的研究完全相反:狗只需要被馴化過一次,歐洲的西方狗,也沒有被東方狗取代。

Ancient European dog genomes reveal continuity since the Early Neolithic

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現在全世界的馬,遺傳多樣性非常有限,尤其是父系,都能追溯到不久以前的幾位馬爸爸,這當然是人為育種的結果。然而父系遺傳的Y染色體,由於上頭充斥重複序列,不容易定序,所以各Y染色體型號間的關係不太清楚。這個2017年的論文,克服技術困難,大手筆的定序惹世界各地,21個品系,共52位男馬,並且採用普氏野馬和驢子當外群,研究大家的親戚關係。

Y Chromosome Uncovers the Recent Oriental Origin of Modern Stallions

 

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好幾種曾經存在世上的象,已經滅絕,除惹知名的猛瑪象外,還有比較影薄的  Palaeoloxodon(古菱齒象屬);牠們75萬年前出現後,一度分佈於歐亞大陸西部的廣大區域,直到35000年前滅絕(不過可靠的結果是11萬多年前)。

Palaeogenomes of Eurasian straight-tusked elephants challenge the current view of elephant evolution

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趨同(convergence)是演化上常見的狀況,意思是兩個相似的性狀,並非源自於單一的共同祖先,而是因獨立改變獲得。比方說,魚龍跟白海豚長得都像是魚,但它們像魚的型態,卻皆為各自演化而成,和魚無關。在遺傳上,趨同演化是怎樣發生的?這個2016年的論文,選擇都屬於果蠅的ananassae分支旗下,數種親緣接近的物種比較,探討這個問題。

Genetic Convergence in the Evolution of Male-Specific Color Patterns in Drosophila

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目前認為,馬是在五千多年前,於歐亞草原西部被馴化的。此後馬陸續傳播到各地,大幅影響人類的歷史,其中亞洲北方的遊牧族群,將馬應用的得心應手,例如中世紀時,成吉思汗率領的蒙古馬隊,其豐功偉業根本不需介紹。不過,馴化馬並不是蒙古原生的動物,馬是在何時,又是何種狀況下,傳入蒙古草原的呢?

A Bayesian chronology for early domestic horse use in the Eastern Steppe

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近來大批古代DNA的研究,讓我們對智人,與已經滅亡的尼安德塔人、丹尼索瓦人,之間的情慾交流有了基本的認識。現存於世人類最接近的親戚,是黑猩猩((Pan troglodytes)與巴諾布(Pan paniscus),但有關他們的遺傳史,了解仍很有限。至今仍沒有任何黑猩猩或巴諾布的古代DNA,要研究只能從現存的成員下手。這個2016年的論文,大手筆搜集惹65位非洲各地的黑猩猩,以及10位巴諾布的基因組,希望深入探討他們間的親戚關係,和潛在的情慾交流史。

Chimpanzee genomic diversity reveals ancient admixture with bonobos

吱吱

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藉由性行為傳播的疾病,叫作性病。人類乳突病毒(human papillomaviruses,簡稱HPVs)是一群以雙股DNA存在,基因組8 Kb大,可能造成人類性病的病毒。不過感染HPV未必會有症狀,約有80%性生活活躍的成年人,一生中至少感染過一次某個型號的HPV。HPV的演化史可以推論,它們應該與人類共存惹相當一段時間。這個2016年的論文研究惹各型號的HPV16,以及它們古時候和hominin之間的演化關係,特別是分家的年代。

Transmission Between Archaic and Modern Human Ancestors During the Evolution of the Oncogenic Human Papillomavirus 16

 sex   via 這裡

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大家都知道住在非洲,以脖子很長聞名的長頸鹿。本人沒見過長頸鹿的林奈,在1758年時根據骨骼標本,將長頸鹿命名為Giraffa camelopardalis 這一個物種。後來有些學者,又將長頸鹿再細分為好幾個亞種,在這個2016年的論文發表前,一個說法是,共有分佈在非洲各地區,9個亞種。

Multi-locus Analyses Reveal Four Giraffe Species Instead of One

F1  

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約2萬多年前,地球進入末次冰盛期,是近代最嚴酷的冰河時期,直到1萬多年前氣候才回暖。氣溫變化對生物演化的影響非常大,美洲西北方的兩個大型冰蓋,勞倫斯冰蓋(Laurentide Ice Sheet)與柯迪勒拉冰蓋(Cordilleran Ice Sheet),在冰河全盛時期,就像中國與蒙古般,一度統一為不可分割的一部份。

Bison phylogeography constrains dispersal and viability of the Ice Free Corridor in western Canada

 ICE   取自這裡

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