新疆南部的塔里木盆地，小河遺址非常出名。保存良好的一批木乃伊以外，還有許多物品讓我們有機會一窺當時的生活。這個 2024 年的論文分析陪葬的起司，追溯乳桿菌的演化史。
Bronze Age cheese reveals human-Lactobacillus interactions over evolutionary history
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青銅時代 3500 到 4000 年前住在這一帶的人類，之前有過古代DNA 研究，有興趣的讀者請自行複習。奇妙的是，他們的主要血緣並非源自歐亞大陸西方，卻也和後世的東方人群不一樣，而是亞洲北部血脈的組合。另外他們也都缺乏成年後可以代謝乳糖的 DNA 變異。
小河公主等4000年前新疆人，遺傳不是西方人，也不是現在的東方人
這個論文探討的是陪葬的克菲爾起司（Kefir）。樣本來自 3 人原本擺在脖子旁邊的陳年起司塊，可謂起司界的木乃伊。
克菲爾起司是由微生物發酵而成，可能包含不同的細菌與真菌。但是古早樣本中抓到的微生物，未必和起司有關，也可能是當年亂入的。
M25 樣本中，存在牛的古代DNA，表示原料為牛乳；偵測到 2 個細菌物種、41 個真菌物種。M28 存在山羊的古代DNA，表示原料為山羊乳；偵測到 4 個細菌物種、19 個真菌物種。M29 存在牛的古代DNA，表示原料為牛乳；偵測到 31 個細菌物種、2 個真菌物種。
有意思的是，希臘與中東在製作起司時會混合不同動物的乳源。小河古代居民好像不會，而是分別製作牛乳起司、羊乳起司。
根據山羊的粒線體 DNA 型號，產乳的應該不是東亞常見的山羊品系。
可以生產克菲爾起司的微生物很多種，不過乳桿菌屬旗下的 Lactobacillus kefiranofaciens 最常見。直接意思是克菲爾乳桿菌，本文之後姑且簡稱為「乳桿菌」。
大家應該比較熟悉「乳酸菌」。乳酸菌不是一種細菌，也不是分類學的名號，意思是可以代謝糖類，產生 50% 以上乳酸的細菌。乳桿菌屬旗下有多個物種算是乳酸菌，不過鍵球菌屬、念球菌屬也有。
進一步深入抓取，這回的 M28 樣本中也有乳桿菌，但是覆蓋率只有 1.6，涵蓋基因組 6.9% 的範圍，不被納入分析。M29 覆蓋率 5.0，涵蓋 61.4% 範圍，只用於親緣分析，不納入功能分析。
品質最佳的是 M25，覆蓋率 26.7，涵蓋 92.0% 基因組範圍。和世界各地搜集的同類，建構的演化樹指出，2 件新疆 3500 年前的樣本彼此最為親近。
以往對克菲爾乳桿菌的認知是，起源於高加索地區，再傳播到各地。可是這回的演化樹看來，並非如此單純。黎巴嫩樣本最早分家，其餘大致能分成兩大群（或是說亞種）。
小河的古代細菌屬於 kefiranofaciens 這一群，還包括現今圖博西藏，以及東亞內陸的品系。 另一群被歸類在 kefirgranum 的品系，來自現今的德國，以及東亞外海地帶的新加坡、廣東、台灣、天津、日本。
論文推敲，kefirgranum 這一群應該符合以往源於高加索的認知。 然而，很可能還有平行發展的另一群 kefiranofaciens，早於 4000 年前便在亞洲內陸，新疆等中亞地帶傳播。
另一個有趣的問題是，古今細菌有哪些不一樣。親戚關係最接近的圖博品系，和新疆古早乳桿菌比較，多出好幾段 DNA 片段，上頭配備不少基因，涉及許多功能。
例如運輸毒物與養分的 ABC轉運蛋白（ABC transporter），免疫的 R-M 系統，還有應付壓力的基因組合等等。
顯而易見，人類一代一代的傳遞下，克菲爾乳桿菌也有許多壓力與煩惱需要克服。
新聞稿：
Bronze age Lactobacillus genomes reveal origins of kefir cheese
新聞：
This enigmatic mummy from western China was swathed in cheese
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