南美洲西側的安地斯地區，出現過瓦里、奇穆、納斯卡，跟台灣名字很像的蒂亞瓦納科（Tiwanaku），以及最知名的印加等古文化。這個 2020 年的論文，根據距今 500 到 9000 年前的 89 個古代基因組，探討此一區域的遺傳歷史。
A Paleogenomic Reconstruction of the Deep Population History of the Andes
安地斯地區的西邊是太平洋大海，東邊高大的安地斯山，安地斯山東側則是亞馬遜。 過去研究發現，此處的高地和低海拔海岸族群，之間遺傳上明顯有別。
論文根據地理位置，將樣本分為北秘魯沿岸、中秘魯沿岸、南秘魯沿岸、北秘魯高地、南秘魯高地，以及更南方的智利、阿根廷。
假如一同比較所有古今樣本，可以看出各地的人，地理距離比較近的，遺傳上也比較相似，比較遠的遺傳也比較不像。而北秘魯沿岸的樣本，最接近亞馬遜族群。
住在高低海拔的人，遺傳上估計在 9000 年前分家。而北秘魯高地 5800 年前的樣本，更接近後來的北高地族群，意謂高海拔族群方面，至少在 5800 年前分出南北。
不同地區的人分家以後，仍有情慾交流的跡象。有意思的是，以 4900 年前加州海峽群島人為代表的 DNA 變異，在某個時候進入安地斯，等到 2000 年前已經無所不在。這應該是考古上仍然未知的遷徙事件。
最有趣的發現是，距今 2000 年以內的所有樣本，只要是來自同一個地區，儘管年代先後有別，彼此間的遺傳仍極為相似，只有少數例外。
例如瓦里帝國，大約 1400 年前興起於南秘魯高地區（950 年前結束營業），後來將勢力擴展到南秘魯沿岸，也就是原本屬於莫切文化（Moche，1300 到 1900 年前）和納斯卡文化（Nazca，1200 到 2050 年前）的地盤。 然而，南秘魯沿岸在瓦里時期的樣本，遺傳上仍然和當地更早的人一致，沒什麼與高地情慾流動的跡象。表示政治與文化改變之外，缺乏 DNA 的變化。
至於少數例外，來自 2 個「大都會區」，一個是位於瓦里勢力南方，也是「的的喀喀湖」南部，距今 950 到 1400 年前的強權—蒂亞瓦納科文化。此處 1000 年前的樣本，遺傳更接近其北方的南秘魯高地族群，反倒不像附近的人。
另一個例外，來自知名的印加帝國首府，庫斯科。此處距今 700 年前的 2 個樣本，也比較接近南秘魯高地族群。由墓葬判斷，他們可能是從南秘魯高地遷徙而來的牧人。
由此推論，安地斯地區在距今 2000 年內，儘管各地有政治、文化交流，各地區應該沒有規模明顯的外來移民，只有少數移民，由北方高地遷徙到南邊的蒂亞瓦納科，以及印加首府庫斯科這種大都會區。
另外，庫斯科的現代族群，和古時候不一樣。
不過印加帝國時期，還有過其他形式的人口移動。例如更南方，阿根廷的阿空加瓜山上發現，距今 500 年前的正太木乃伊，當初是被帶到山上犧牲，這位正太血緣上來自北秘魯沿岸族群。
安地斯與亞馬遜的關係，也是重要問題。南美洲這兩大區域，乍看距離很近，不過中間隔著安地斯山。遺傳上，亞馬遜西南部的族群和北秘魯最接近，表示雙方的情慾交流只在安地斯的北部發生。
兩地情慾交流是雙向的。亞馬遜西南族群，約 29% 血緣能追溯到北秘魯的古早人。而北秘魯沿岸、中秘魯沿岸族群，也有來自亞馬遜的情慾流動，但是北秘魯高地卻沒有。
估計和亞馬遜族群情慾交流的年代，北秘魯沿岸約 1500 年前，中秘魯沿岸約 1200 年前。之前有研究猜測，安地斯與亞馬遜的交流，和瓦里帝國的興起有關。
瓦里始於 1400 年前，遺傳上看起來，亞馬遜比這更早之前就與安地斯有來往。 然而，瓦里首府位於南秘魯高地，亞馬遜與安地斯有遺傳交流的地方，卻是北、中秘魯沿岸。它們關係如何，仍有待研究。
有點複雜，大致上，安地斯地區在 9000 年前分出南北，5800 年前分出高低，2000 年前之後形成各地族群結構。而瓦里等政權的形成與影響，和外頭的亞馬遜，以及安地斯各地區的互動，都是值得繼續探索的問題。
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