鼠疫桿菌（Yersinia pestis）造成的疫情，以中世紀的黑死病最廣為人知，不過之前研究發現，鼠疫桿菌至少 5000 年前已經感染人類。由基因看來，那時應該還無法利用跳蚤作載體，傳播能力有限；鼠疫桿菌是什麼時候，才成為跳蚤騎士的？
Analysis of 3800-year-old Yersinia pestis genomes suggests Bronze Age origin for bubonic plague
薩馬拉地區。
鼠疫桿菌要成為跳蚤騎士，必需獲得一個叫作 Yersinia murine toxin（ymt）的基因；鼠疫桿菌自己的基因組之外，通常還配備 3 個質體，此一基因位於 pMT1 質體上。之前研究，獲得距今 3700 到 4800 年前，6 個青銅時代的鼠疫桿菌，它們都與 5000 年前的樣本歸類在同一分支，也都沒有 ymt 基因（下頭演化樹上紫色那群）。
然而後世的鼠疫桿菌，都與比 3700 年更早以前的樣本，歸類為不同分支。這個 2018 年的論文，分析青銅時代晚期，歐亞草原西部，薩馬拉地區 9 位古人。在距今約 3800 年 2 人的遺骸中，偵測到鼠疫桿菌，而且配備 ymt 基因，是已知最早的紀錄。
鼠疫桿菌的演化樹。
距今 3800 年的 2 個鼠疫桿菌 RT5、RT6，彼此序列差不多，其中 RT5 的復原品質較佳（演化樹上綠色那支），被用於後續詳細分析。RT5 和 6 世紀的查士丁尼瘟疫，以及中世紀的黑死病，親戚關係都比早於 3800 年前的同類更為接近。
和其他古今樣本相比，RT5、查士丁尼瘟疫、黑死病所屬的分支，共同祖先大概可以追溯到 4000 年前，因此 3800 年前的 RT5，是這一群鼠疫桿菌中，已知最早的成員。論文推論，它們的起源地點，多半是草原西部。
已知的古代鼠疫桿菌年代。
鼠疫桿菌要成為跳蚤騎士，除惹 ymt 基因以外，還與好幾個基因版本有關，而論文發現，該有的條件 RT5 大部分都已經具備。論文推論，鼠疫桿菌利用跳蚤作為載體的能力，應該在 4000 年前已經出現惹。
與鼠疫桿菌致病能力有關的基因版本。
和其他親戚一起，論文估計已知的鼠疫桿菌，共同祖先介於 5299 到 8743 年前之間，平均是 6797 年前；另一種方法估計，結果是介於距今 4909 到 6842 年，平均 5727 年。
值得一提的是，取自現代中亞與東亞的鼠疫桿菌，0.PE4A、0.PE2、0.PE7，與 RT5 的共同祖先，應該處於超過四千年前，可能比五千年更早。表示這些生存至今的鼠疫桿菌，或許祖先都能追溯到青銅時代，甚至更早。
古代微生物DNA研究，愈來愈多啦！
新聞稿：
Oldest bubonic plague genome decoded
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