尼安德塔人和丹尼索瓦人的基因組被定序成功時，當時分析就指出住在大洋洲的美拉尼西亞人，與兩種古代hominin都明顯有過混血的跡象，之後研究則認為，東亞居民也配備了少少的丹尼索瓦人血脈。這個2016年的論文採用世界各地159個族群，共1937位現代人的基因組，分析各地族群與古代人種的混血狀況，期望了解更多這段謎團重重的歷史。
Excavating Neandertal and Denisovan DNA from the genomes of Melanesian individuals
從俾斯麥群島取得美拉尼西亞人樣本的取樣地點。
我們至今丹尼索瓦人的了解仍十分有限：
樣本中最特別的，是費盡千辛萬苦、上山下海，好不容易從俾斯麥群島取得的35個樣本。俾斯麥群島位於澳洲東北方，屬於「近大洋洲」的美拉尼西亞地區，這裡的原住民與附近的澳洲原住民、巴布亞人泛稱「美拉尼西亞人」。最近遺傳學研究普遍認為，美拉尼西亞人的祖先是智人離開非洲以後，最早離開大家獨立發展的一批，不過這部分仍有爭議就是。
全世界各地現代族群用PCA分群，以及將各地族群與古代hominin擺在一起用PCA分群。
將所有樣本擺在一起分群發現，俾斯麥群島的居民與已知的大洋洲人，在遺傳上確實最為接近，能夠視為同一群。接著論文確認了之前的認知，美拉尼西亞人的確與丹尼索瓦人有過明顯的混血，各基因組樣本中源自丹尼索瓦DNA的比例介於1.9到3.4%。
各美拉尼西亞樣本，源自丹尼索瓦DNA的比例。
研究這類混血事件時，有個會影響判斷的大問題是，判斷某段DNA序列是源自古代hominin混血相對沒那麼難，但有時卻難以分辨，這段序列究竟是從尼安德塔人或是丹尼索瓦人來的。這個論文於是開發了新的統計方法，可以把片段判別為源自尼安德塔、丹尼索瓦、無法區分兩者這3種，較為詳細地釐清這些混血關係。
比較各地族群與尼安德塔人及丹尼索瓦人的關係發現，大多數非洲族群不偏向這兩者任一方，符合非洲族群沒有混血過的認知；歐洲族群明顯偏向尼安德塔，卻沒有偏向丹尼索瓦人；美拉尼西亞人則是皆有偏向兩種古代hominin。論文接著從非洲以外族群，所有的1523個基因組樣本當中，蒐集了1340 Mb源自尼安德塔人，以及304 Mb丹尼索瓦人的DNA片段。
平均每一位美拉尼西亞人，獲得hominin的DNA片段長度是104 Mb，分別有48.9 Mb來自尼安德塔、42.9 Mb來自丹尼索瓦、12.2 Mb無法區分。其他族群方面的古代DNA片段長度，平均每位東亞人是65.0 Mb，南亞人是55.2 Mb，歐洲人51.2 Mb。
各族群獲得古代DNA片段的長度總合。
乍看之下非洲以外的族群，每個人源自尼安德塔的DNA比例，似乎相差不多，只有東亞人高一些，但事情或許沒這麼簡單。這個論文開發了新的統計方法，可以藉由分析古代DNA片段在不同個體的分佈狀況，詳細比較不同族群間配備的尼安德塔DNA，究竟是來自共同，或是不同的混血事件。
古代DNA片段來自共同混血事件。
古代DNA片段來自不同混血事件。
結果發現，東亞族群比起歐洲族群，應該有過更多次的混血事件；東亞、南亞、歐洲的族群，皆比美拉尼西亞更多；南亞與歐洲之間則沒有差異。整體看來，就是智人族群與尼安德塔人的混血發生過三次，第一次發生在非洲外的族群還有共同祖先之際，第二次出現在美拉尼西亞已經離開，東亞與歐洲尚未分家以前，第三次則是只有東亞族群。
就......就......就是這樣那樣啦。
假如這個分析結果是真的，實在是非常匪夷所思。眾所皆知，尼安德塔人主要住在歐洲，有時出現在中東，但從沒發現到過東亞。這到底是東亞族群的祖先，曾在某個完全失落的歷史環節中，與尼安德塔人有過直接混血，或是出於某些間接因素才造成這些結果，至今仍毫無頭緒。考量到另一個論文對丹尼索瓦混血事件的推論，這些遺傳史實在是相當複雜。
用目前資訊推論的混血事件。
論文接著繼續探討，源自古代混血的DNA對現代人的影響。各族群的基因組中有些位置，幾乎不會獲得來自尼安德塔的DNA，意謂這些地方的基因或調控序列，可能對我們相當重要，萬一換成尼安德塔人的版本將非常不利，不過也有可能是其他因素導致。
頻率。
相對於基因組中完全沒有尼安德塔DNA的位置，現代族群在少數地方，卻高頻率地配備源自從混血獲得的DNA版本，可能代表這些尼安德塔人或丹尼索瓦人的遺傳片段對智人有利，所以才被保留下來。例如與免疫有關的基因GBP4與GBP7，與代謝有關的GCG和PLPP1，不過也有些高頻率的片段完全沒有基因就是。
由這個論文，我們可以得到哪些新知呢？大概是智人與古代hominin的混血歷史非常複雜，混血後的影響有利有弊……反正從方法到發現都很複雜就對惹，一點都不簡單。
賓漢頓大學新聞稿：
Researchers find ancient DNA preserved in modern-day humans
Science新聞：
Rich sexual past between modern humans and Neandertals revealed
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