智人演化上最近的親戚，尼安德塔人與丹尼索瓦人，兩者都滅亡了。智人祖先大概在6萬年前，與尼安德塔人疑似在中東混血，導致如今所有非洲以外的族群，都有源自尼安德塔的DNA。這個2016年的論文，採用更多資料與更新發展的方法，分析混血事件。
Ancient gene flow from early modern humans into Eastern Neanderthals
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最近研究對三者何時分家的估計是，尼安德塔人和丹尼索瓦人的共同祖先，與智人分家的年代大約是55到77萬年前，尼安德塔人和丹尼索瓦人，則約在38到47萬年前分開。基本概念是，智人與兩者已經分開有一段時間，而且跟兩者分家的時間一樣久，換句話說，遺傳上智人跟尼安德塔人的差異，應該與智人跟丹尼索瓦人是一樣的；若是某段DNA的差異，尼安德塔人反而跟智人較像，跟丹尼索瓦人差異較大，那麼就可能是由於近期的混血導致。其他狀況依此類推。
作為比較對象的基因組，丹尼索瓦人，就是來自那位蘿莉；尼安德塔人是來自那位阿爾泰山女生的高品質基因組，智人則是504位非洲人的組合，一共有15881段100kb長的序列被用來逐一比較。
《尼安德塔人：尋找失落的基因組》-科學界30年第一手內幕揭秘
左邊是每段DNA片段各自比較的差異。右邊是每段DNA片段heterozygosity的程度比較。
這個研究首先發現，丹尼索瓦人跟非洲人差異較大的片段，也跟尼安德塔人差異較大；尼安德塔人跟非洲人差異較大的片段，卻沒有也跟丹尼索瓦人差異較大。這個結果確認惹之前的推論，也就是某神秘古早、遺傳上跟這三者都差很多的hominin，曾跟丹尼索瓦人有過混血。
另一個發現是，尼安德塔人與非洲人相似的片段，卻跟丹尼索瓦人比較不像；尼安德塔人這些片段的DNA，heterozygosity比例比丹尼索瓦人更高 （基因組每個DNA位置上都有一對，兩個不一樣叫做heterozygosity，例如一條A、另一條是C）。這些結果表示，智人與尼安德塔人也許有過混血。
染色體會一直互換重組，隨著混血後愈多代，來自混血的DNA片段將更零碎的分佈到整個基因組。via 這裡
混血發生在多久以前？概念上，非洲人跟其他hominin共享的遺傳變異，多數應該來自當初尚未雙方分化前的年代（incomplete lineage sorting），這種古早的變異，由於DNA每代都會重組之故，現在DNA片段應該比較短。相對的，由近期混血而獲得的變異，因為發生時間距今比較短， 所以歷經的互換少，DNA片段比較長。因此知道上頭配備變異的DNA片段長短，就可以估計混血年代。
使用ARGweaver這個程式計算發現（這裡採用一般認為與外界遺傳交流最少的3個非洲族群，各2位，共6人的基因組來計算），尼安德塔人那些符合近期混血特徵的DNA片段，來自距今10到23萬年前。另一方面，丹尼索瓦人那些源自神秘古早hominin的DNA片段，距今超過78萬年前，與尼安德塔人跟智人的混血年代，完全沒有重複。
ARGweaver估計的模型。左邊模型是近期混血，右邊模型是混血過很久。
除了阿爾泰山以外，科學家之前也成功獲得了歐洲尼安德塔人的部分基因組，這個論文使用定序完整的第21號染色體，比較尼安德塔人在不同地區是否有異。結果還真的有，西班牙El Sidrón與克羅埃西亞Vindija，距今4萬多年前的尼安德塔人，他們的DNA跟智人的差異，都比阿爾泰山的更多。
這個論文使用的古代基因組樣本。
用G-PhoCS這個程式估計的模型顯示，大概6萬年前（4.7到6.5）與離開非洲的智人祖先混血的尼安德塔人，遺傳上比起阿爾泰，更接近歐洲的尼安德塔人。而阿爾泰山的尼安德塔人，則是約在11萬年前（6.8到16.7），從智人獲得了0.1到2.1%的DNA，顯然阿爾泰與歐洲的尼安德塔人，族群在此之前就已經分開。
G-PhoCS估計的模型。基因流次序與比例的估計。
另外模型也顯示，在智人祖先，與尼安德塔人及丹尼索瓦人分開以後（48.4到64萬年前），他們的族群人數一直都不多，後來阿爾泰的尼安德塔族群更小，不過克羅埃西亞的曾增加過一點。
這場ㄈㄈ尺是哪個智人族群幹出來的？目前跟全世界人分開最久的3個非洲族群San、Yoruba、Mbuti，都分不出差異，因此與阿爾泰尼安德塔人的祖先混血的智人，很可能來自一支在現在全世界智人尚未分家時（或是San族分家後不久），也就是約20萬年前，就已經獨立出去的古早血脈。
G-PhoCS估計的模型。有效族群大小與分家年代的估計。
約10萬年前的混血地點在哪兒？尼安德塔人沒有到過非洲，因此多半是智人走出去，論文提出2個假說，都在廣義的中東地區。一個是黎凡特，這裡找到過10多萬年前，同時代的智人與尼安德塔人化石；另一個是南阿拉伯以及波斯灣附近。之前化石研究發現，智人至少在8萬年前就已經抵達過東亞南方，這回遺傳學研究再度證實，比6萬年前「出非洲」更早，智人就已經離開過非洲。
寫好長，來整理一下。這個論文的主要發現是，可能有一群早期離開非洲的智人，10萬年前與尼安德塔人在中東混血，後來這支尼安德塔人移民到東方的阿爾泰地區，與歐洲的同類分隔兩地，沒有遺傳交流。
根據目前已知的資訊，hominin之間發生過的混血事件整理：
Spanish National Research Council (CSIC)新聞稿：
Neanderthals and modern H. sapiens crossbred over 100,000 years ago
冷泉港實驗室新聞稿：
Neanderthals mated with modern humans much earlier than previously thought, study finds
《Nature》新聞：
Evidence mounts for interbreeding bonanza in ancient human species
《Science》新聞：
Humans mated with Neandertals much earlier and more frequently than thought
LiveScience新聞：
Fertile Crescent? Neanderthals & Humans Likely Bred in the Mideast
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