盲眼的尼安德塔石器匠

這個 2023 年的論文研究對象是貓科動物，包括 5 種大貓小貓的基因組，4 種大家很熟：獅子、老虎、石虎、馴化貓；以及一種住在南美洲，體型與貓類似的喬弗里貓（Geoffroy's cat，學名 Leopardus geoffroyi）」。我覺得嗅覺的部分很有意思。

Single-haplotype comparative genomics provides insights into lineage-specific structural variation during cat evolution

via 這裡

維基百科寫喬氏貓，我覺得叫作「喬弗里貓」比較威武 🐆  千古一帝喬弗里(X)

這個論文的定序手法可以獲得更完整的基因組。染色體常常有一整段複製的現象，由於 DNA 序列幾乎一模一樣，其他定序法可能無法分辨。因此這個論文有許多篇幅擺在討論 DNA 大段複製上。對於貓貓的基因組，諸君有興趣請自己鑽研，我只著重在「嗅覺受器基因」。

嗅覺受器基因（olfactory receptor，簡稱 OR），看名字就知道做什麼。許多動物配備一大堆嗅覺受器，偵測不同的氣味分子。（不過嗅覺受器基因的產物，不一定只關乎嗅覺）

有趣的是，一種動物的基因組上除惹一大堆嗅覺受器基因，也常常存在很多「假嗅覺受器基因」，就是看起來像是基因，DNA 序列卻有缺損，不會真的表現出蛋白質產物起作用。

例如非洲象就很誇張，配備超過 2000 個有作用的嗅覺受器，但是同時也存在超過 1000 個假基因。

基因演化上，嗅覺受器基因的誕生與消失很頻繁。它們常常發生基因複製，如果基因突變衍生出新功能，生物便能獲得一個扮演新角色的基因，拓展新的可能性。

倘若突變讓基因缺損，不再表現，又不太影響生存，一個基因就消失惹，剩下假基因殘存序列。不影響也是看狀況，有時候是類似功能的基因太多惹，不差少這一個 QQ

可想而知，嗅覺相關基因的演化深受環境適應影響。如果環境需要分辨很多氣味，嗅覺基因便欣欣向榮；不再有機會接觸某種氣味後，對應的偵測基因也容易消失。

這個論文自己定序的五款以外，還納入之前發表的二貓一起分析：漁貓（fishing cat，學名 Prionailurus viverrinus）、叢林貓（jungle cat，學名 Felis chaus）。

嗅覺受器基因常常複製，相比之下，老虎、喬弗里貓，偵測血液氣味分子的基因們最顯眼；而馴化貓的複製最少次，嗅覺似乎相對最弱。

嗜血的老虎 🐯，懂得分辨罐罐的氣味嗎？ 哼～ 🐱

還有一批基因，專門偵測水裡的味道分子：OR51、OR52、OR55、OR56。不意外的是，漁貓保有每一個基因，而其他款貓貓都有某些基因喪失。

住在東南亞、南亞的漁貓，和石虎一樣歸類在豹貓屬（Prionailurus），不過習慣靠水討生活，愛捕魚吃，型態能觀察到一些水獺化(X)的改變。基因層次上，也能見到在水邊生活的遺傳適應。

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新聞稿：

Genome sequencing project reveals new secrets about cat evolution

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