盲眼的尼安德塔石器匠

轉載自：深夜怪談 穿越物種的水平基因轉移

生物在自然狀態下，有許多方式能夠生成新的基因，例如數種複製（duplication）、序列移動（例如 gene fusion）、無中生有（de novo origination），以及「水平基因轉移」（horizontal gene transfer，簡稱 HGT；又叫lateral gene transfer，簡稱 LGT）。

各大洲中，美洲是人類最後踏上的大陸，包含北阿拉斯加、加拿大、格陵蘭的「北美北極區（North American Arctic）」是整個美洲最後被人類定居的地區。約 6000 年前愛斯基摩人從西伯利亞跨越白令海峽，移民此地後，這塊地方留下了連續又豐富的考古記錄。

The genetic prehistory of the New World Arctic

《尼安德塔人：尋找失落的基因組》-科學界30年第一手內幕揭秘    原載於泛科學 

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《尼安德塔人：尋找失落的基因組（Neanderthal Man: In Search of Lost Genomes）》是演化遺傳學家史凡德・帕波（Svante Pääbo）2014年出版的第一本書，現年59歲的帕波最著名的科學成就是定序了現代人的近親，尼安德塔人這種已經滅亡的古代人類的基因組。

尼安德塔人的基因組被完整定序後，我們確認非洲以外的現代人，全都有著不到4%源於尼安德塔人的DNA，可見兩者曾經混血，可能發生在5到6萬年前的中東。大部分尼安德塔人都住在歐洲，45000年前左右智人開始進入歐洲，到尼安德塔人距今約40000年前消失的這段時間，雙方有再度混血嗎？假如有，為什麼如今歐洲人沒有更高比例來自尼安德塔人的DNA？

An early modern human from Romania with a recent Neanderthal ancestor

言語如風，語言在出口的瞬間即逝，無法保存，但講話者的DNA可能仍然留存著。印歐語系是世界上一大主要語系，旗下共有400多種語言，它的起源為何已經爭論了200年，一個假說是它起源自8000多年前的小亞細亞，另一派認為是5000多年前的東歐草原。如今這個2015年古代DNA的研究，強烈支持草原假說。

Massive migration from the steppe was a source for Indo-European languages in Europe

歐亞大陸在新石器時代之後，於3000到5000年前這段時間進入青銅時代，經歷劇烈的文化轉變，然而這些改變是因為人群遷徙，或來自概念交流不得而知。想了解人類族群遷徙的歷史，古代DNA定序是威力強大的武器，2015年這個大規模的族群基因體學研究，大手筆定序了年代跨越數千年的101個古代人類基因組，希望能回答這個問題。

Population genomics of Bronze Age Eurasia

「肯納威克人（Kennewick Man）」是位約8500年前的男生，1996年時在美帝西北角的華盛頓州，屬於美帝陸軍工兵隊（US Army Corps of Engineers）的土地上被發現。這具骨骸雖然沒有什麼神奇魔力，卻引發眾人爭奪，幾個美國原住民部落引用「美國原住民族墓穴保護及歸返法案（Native American Graves Protection and Repatriation Act，縮寫NAGPRA）」，要求擁有這件死人骨頭。

The ancestry and affiliations of Kennewick Man

傳統上，化石形態比較分析是人類考古演化很重要的研究方法，近年來科技進步，從業人員比從前有更多協助分析的工具，例如 computed tomography（斷層掃描）和 3D imaging（三維成像）。有些老化石在新方法分析下，有了全新的發現，這個2015年針對180萬年前的 Homo habilis（巧人）化石重新分析正是如此。

Reconstructed Homo habilis type OH 7 suggests deep-rooted species diversity in early Homo

作者／汞燈、編修／寒波

Aphrodisias，這座位於今日土耳其西部，離地中海不遠的古城，發現了數百件古代塗鴉，年代距今超過1500年。這些塗鴉提供了我們當時（約西元350～500年左右）這座古城人們的生活樣貌。

咖啡因生產線的趨同演化  原載於泛科學

既然咖啡因正是以咖啡為名，2014年這篇中果咖啡（Coffea canephora）基因組定序的論文[1]，標題除了咖啡基因組外，還加上「咖啡因生合成的趨同演化」，似乎是再自然也不過的事。可惜《咖啡為何要合成咖啡因？咖啡的基因體還說了什麼》一文對這篇論文的內容多有誤會，因此特別為文說明。

幾百萬年來，Homo（人屬）曾經有好幾個物種，至今只剩下我們智人（Homo sapiens）這個約20萬年前誕生的種存在。人屬很可能在200到300萬前這段時間，由某些南猿，例如生存於300到390萬年前東非的 Australopithecus afarensis（阿法南猿）演化而來，不過本來找到最早的人屬化石，年代大約是240萬年，離阿法南猿有段距離。

Early Homo at 2.8 Ma from Ledi-Geraru, Afar, Ethiopia

不少動物會使用工具，例如黑猩猩能把石頭當工具用（use stones as tools），然而把石頭製造成工具，也就是「石器（stone tools）」，需要更發達的認知能力，所有人屬（Homo）物種都有製造石器的能力。2015年這個論文在肯亞找到330萬年前的石器，那時卻沒有任何已知的Homo存在。

3.3-million-year-old stone tools from Lomekwi 3, West Turkana, Kenya

（原作於 2013 年 8 月 18 日）這篇文章要介紹的是一個五年前還很冷門的東西，它這幾年來名氣逐漸成長，做微生物學的多半都聽過，今年突然大暴紅，成為尖端生物科技的結晶代表，各個生物領域多半都有耳聞－它就是CRISPR。