發源自美洲的可可，後來成為巧克力的原料廣傳世界。蛛絲馬跡看來，可可似乎起源於南美洲的西北部，超過 5000 年。這個 2024 年的論文根據成分分析與古代DNA，判斷原產地以外的地區，很早以前已經同時存在不同的品系。
目前確定人類最早吃可可的證據，年代為 5300 年前，遺址地點位於現今的厄瓜多，也就是亞馬遜的西北部。 這個論文調查亞馬遜西北部到中美洲南部，被歸類為不同文化的 300 多件陶器，檢查其中是否有可可（Theobroma cacao）的蹤跡。
化學成分方面，甲基黃嘌呤類（methylxanthine）的三種物質，可以判斷可可存在。分析樣本中 37% 偵測到「可可鹼（theobromine，簡稱 TB）」，39% 殘存「咖啡因」，7% 還有「茶鹼（theophylline，簡稱 TP）」。
古代DNA 方面，157 個樣本有 99 個存在可可的 DNA 序列，31 個偵測到可可的近親 Herrania。 如果 DNA 都真的是古代DNA，那麼總共有 120 件陶器，同時留存化學成分與 DNA。這其中有 73% 也有可可鹼，73% 也有咖啡因，25% 也有茶鹼。
不只可可，其他植物也可能含有咖啡因，而可可鹼、茶鹼也一樣，所以單純發現這三種成分，其實無法百分之百證實有過可可。不過考慮各種證據，南美洲西北部數千年前的考古脈絡偵測到這些成分，是可可的機率應該不低。
如此看來，可可的存在感非常高。南美洲西北部幾千年來，各地不同文化的陶器中幾乎全部裝過可可。
遺傳上，可可區分為 11 個品系，有機會根據古代DNA 判斷。有趣的是，不同植物的待遇有別。
如果是玉米，研究會發表在能見度最高的期刊，斤斤計較到底是馴化還是半馴化。可可相比之下沒那麼講究， 已知最早 5300 年前裝在陶器中的可可，是否為馴化可可？可可是完全馴化後才傳播，或是半馴化狀態已經傳播，後來在各地分別馴化完成？這些按照玉米標準的問題，目前都沒有答案。
不過現有證據可以判斷，超過 5000 年前可可已經傳播到南美洲的海岸地帶，而且不只一個品系。幾千年來有許多遺址，一個地點有多個品系共存。 也能肯定，地理距離很遙遠的地點，也發生過可可的食慾流動。
論文認為，沿著太平洋沿岸，以及河流形成的水路交通網，是可可傳播的通道。應該也不只可可，還有其他東西的交流。 食慾流動的交流網，可可不是第一個。更早以前發源於中美洲的玉米已經傳向南方，可可或許行經類似的網絡。
有些地區，可可首度現蹤的年代，也是當地農業剛剛萌芽的時候。 可可發源於南美洲西北部，往南以外，也往北方傳播。墨西哥的奧美克文化 3800 年前起，出現多款品系。而更晚的馬雅遺址，也存在多個款式。
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新聞稿：
Tracing the spread of cacao domestication
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