牙結石，最近成為另一種獲取古代DNA 的來源。這個 2017 年的論文獲得尼安德塔人牙結石中的 DNA，研究尼尼們的飲食以及口腔狀態。一共取得 5 位尼尼樣本，2 位來自西班牙 El Sidrón 遺址、2 位來自比利時 Spy 遺址、1 位來自義大利 Breuil Grotta 遺址；只有 El Sidrón 的 2 個，和 Spy 的 1 個樣本，看起來比較可靠，不受汙染影響，被納入後續分析。
Neanderthal behaviour, diet, and disease inferred from ancient DNA in dental calculus
El Sidrón遺址：
尼尼生前吃的的東西，都有機會保留在牙結石中。論文發現，儘管都是尼尼，兩地尼尼的飲食狀態卻很不一樣。
比利時尼尼的牙結石中，偵測到大批源自動物的 DNA，主要有白犀牛（woolly rhinoceros，學名Ceratotherium simum）和綿羊（Ovis aries），他們也吃蘑菇（灰蓋鬼傘，Coprinopsis cinerea）。這與 Spy 遺址附近的動物化石狀態一致。
西班牙尼尼的飲食截然不同，沒有偵測到源自動物的 DNA，而是包含許多種植物與真菌（不過未必等於他們不吃肉，也許只是吃得少，沒留下記錄，或這幾位不吃肉），像是蘑菇（裂褶菌，Schizophyllum commune）、紅松果（Pinus koraiensis）、小立碗蘚（Physcomitrella patens）。
有趣的是西班牙尼尼樣本，還偵測到歐洲大葉楊（Populus trichocarpa），這種植物內含的水楊酸，正是阿斯匹靈這類止痛藥的原料。考量到這位尼尼化石上觀察到口腔膿瘍的跡象，論文推論，這大概就是他使用「止痛藥」的原因。
除此之外，也有幾種致病真菌（fungal pathogens）被偵測到，其中一種是 Penicillium rubens；幾萬年後，有位叫作佛萊明的智人，由這類微生物分離出青黴素，發明惹盤尼西林。這些觀察表示，西班牙尼尼可能已經具備相當的醫藥知識。
整體看來，口腔中的微生物狀態，吃很多肉的比利時尼尼，接近各種生活形態的智人；而不吃肉的西班牙尼尼，則類似野生的黑猩猩。也許與他們周圍的環境狀態有關，Spy 遺址附近是草原，有許多動物可以追捕，El Sidrón 遺址周圍是森林，缺乏動物。
還偵測到多種微生物的 DNA 片段，並拼湊出 Methanobrevibacter oralis 的完整基因組，這是種會感染口腔的甲烷生成菌（它不是細菌，是古生菌）。而距今 4.8 萬年這年代，也是至今最古早的微生物基因組。
將尼尼的 M. oralis 與現代菌株比較，估計分家時間介於 11.2 到 14.3 年萬前之間；顯然遠遠比智人與尼尼分家更晚，論文推論或許是那個時候，智人與尼尼之間有過某種「交流」，不過仍有待研究。
總之，這個論文首度由數萬年前尼尼的牙結石中，獲取多種物種的 DNA，得知兩地尼尼飲食狀態明顯有別，或許是受其環境影響。其中至少一位尼尼，可能曾有使用止痛藥、抗生素的跡象，意謂尼尼似乎已具備不錯的醫藥知識。
尼安德塔人與穿越時代的腸道菌！與古代人共生，是怎樣的微生物？
新聞稿1：
Neanderthals at El Sidrón ate a diet of wild mushrooms, pine nuts and moss
新聞稿2：
Dental plaque DNA shows Neandertals used 'aspirin'
Nature新聞：
Neanderthal tooth plaque hints at meals — and kisses
Science新聞：
Neandertals ate woolly rhinos and mushrooms, may have used painkillers and antibiotics
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