尼安德塔人的「全套基因組」已經被定序數年，覆蓋率超過 0.1 的個體也有 5 人之多，但這些樣本都來自女生，所以依然欠缺尼安德塔男生 Y染色體的資訊。這個 2016 年的論文從西班牙 El Sidrón 遺址，距今約 49000 年的男生樣本中，定序出尼安德塔人的 Y染色體 DNA。
The Divergence of Neandertal and Modern Human Y Chromosomes
智人的A00是與其他智人差最大的Y染色體，差異仍然比尼安德塔少得多。
尼安德塔人與智人在 Y染色體序列上的差異，比任何智人與智人相比都大，估計雙方 Y染色體分家的年代大概是 59 萬年前，遠遠比目前任何兩位智人間的差異更久得多。59 萬年這個結果，跟用體染色體估計的 55 到 76.5 萬年間類似。表示我們與尼安德塔人當年分開以後，Y染色體就各自獨立發展。
序列差異方面，雙方分開以後，從 DNA 資訊推論，尼安德塔人那邊有 3 個基因的 DNA 改變，疑似會影響蛋白質表現與功能，包括與腦部發育和語言有關的 PCDH11Y、與製造精子有關的 USP9Y、還有腫瘤抑制基因 TMSB4Y。智人這邊則有 1 個改變較明顯，也就是與免疫反應有關的 KDM5D。
智人與尼安德塔人Y染色體上，表現的蛋白質序列可能有差的基因。
論文推論，或許這些 Y染色體上的突變，會影響混血小孩的存活能力，也就是配備對方 Y染色體的男生後代，生存上容易面臨劣勢。然而這部分非常非常非常非常複雜，具體狀況很難確實釐清，這些差異也可能根本沒有什麼影響，在看相關資訊時，請務必注意這點。
只有男生有 Y染色體，男生的 Y染色體一定來自父系遺傳。尼安德塔 Y染色體沒有流傳下來，是因為公尼安德塔人與母智人生下的後代容易有健康問題，然後他就死掉了，才因此失傳嗎？
反過來看，粒線體是母系遺傳，只由母親傳給小孩。早就知道很多年的事實是，沒有半個尼安德塔粒線體流傳下來，但可以據此推論，這是因為智人男生與尼安德塔女生生下的混血兒，配備的尼安德塔粒線體不利生存，所以尼安德塔粒線體才一個不留嗎？
OMG，真的這樣的話，公尼安德塔人與母智人生下的後代，以及公智人與母尼安德塔人的寶寶都有問題，那我們每個人 2% 左右的尼安德塔 DNA，又是怎麼流傳下來的？也可能原因其實很單純，只是因為源自尼安德塔人的 Y染色體與粒線體，占整個族群的頻率太低，最後被洗到 0 而已。
hybrid incompatibility 很複雜，不是看看 DNA 序列就能掌握，請小心推論，謝謝各位。
2020 年的新研究，獲得更多 Y染色體樣本後，估計尼安德塔人與智人 Y染色體共同祖先的年代只有 37 萬年。假如新研究的結論是正確的，意謂雙方在分家後又發生情慾流動，智人支系的 Y染色體在某時候向尼安德塔人流動，隨後取代所有原本尼安德塔人的 Y染色體。
新聞稿：
Neanderthal Y chromosome offers clues to what kept us separate species
Science新聞：
Modern human females and male Neandertals had trouble making babies. Here’s why
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