盲眼的尼安德塔石器匠

古代DNA技術的進步，讓科學家能以前所未有的方式，加入研究歷史的行列。這個2015年的論文，在之前的基礎上再接再厲，一共大手筆分析從8000到2000多年前，歐亞大陸西邊230位古代人的基因組，研究這幾千年來各地人群的組成變化、遷徙，以及適應環境的遺傳史。

Genome-wide patterns of selection in 230 ancient Eurasians

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基因改造技術大量被應用在農作物上，創造更好的品系。然而，一直有人認為基改作物有安全上的疑慮，因此法規限制重重。基因改造之所以有潛在的威脅，不只是因為它改變了生物本來的DNA，畢竟生物個體之間，本來就多少會有差異，還有基因改造時，在改變目標DNA的過程中，有不少源自其他生物的DNA混入。比方說，在紅辣椒的基因組中，混進源於細菌的DNA。

DNA-free genome editing in plants with  preassembled CRISPR-Cas9 ribonucleoproteins

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一批蒙大拿州發現的恐龍化石，本來被視為暴龍（Tyrannosaurus rex）的近親，分類成矮暴龍（Nanotyrannus）。但在骨架更加完整，被取名叫「Jane」的新化石出土後，有些恐龍學家重新分析形態，認為Jane其實也是暴龍，她只是年紀比較小，是位還在發育期，11歲的小蘿莉，所以個子比較迷你。

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生物的「性別決定」是相當有趣的研究領域，不同生物的性別決定機制千奇百怪，像是人類，就靠著Y染色體上的基因SRY，決定個體發育為雄性；或像是木瓜的雌、雄、雌雄同體，依2種Y染色體決定。台灣連續2年都發生登革熱疫情大爆發，會傳播登革熱的埃及斑蚊，想必大家都有聽過，埃及斑蚊是如何決定性別？

A male-determining factor in the mosquito Aedes aegypti

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赫赫有名的鼠疫桿菌（Yersinia pestis），歷史上至少有3波超級疫情爆發。第一次的查士丁尼瘟疫，約發生在1500年前的東歐拜占庭帝國；第二次就是知名的黑死病，大概出現在600多年前的歐洲；最後一次距今不久，19世紀中起源自中國南方，主要疫情在1894年，後來擴散至全世界，前後延續百餘年。死神般的鼠疫桿菌，是如何起源與演化的？

Early Divergent Strains of Yersinia pestis inEurasia 5,000 Years Ago

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2015年的第五屆歐洲人類演化學會的年會，有一些有趣又有學術價值的研究被報告。其中一個「用膠原蛋白鑑定化石物種」，想起來似乎沒有很難，可是能先想到的人好厲害，而且應該會相當實用。

5th ANNUAL MEETING OF THE European Society for the study of Human Evolution（摘要在第62頁）

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大家都聽過珐瑯質，這是種非常堅硬的成分，所有四足動物，包括兩棲類、爬蟲類、鳥類、哺乳類，以及我們人類，牙齒外頭都包覆著一層珐瑯質，保護裡面的象牙質。魚類當中，硬骨魚旗下的肉鰭魚（lobe-finned fish，學名Sarcopterygii）也有這個特徵。不少種肉鰭魚都已經滅絕，現存的種不多，最有名的肉鰭魚應該是腔棘魚。不過其他魚類的牙齒，外頭都沒有珐瑯質。

New genomic and fossil data illuminate the origin of enamel

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丹尼索瓦人是一種透過化石DNA發現的人種，非常幸運，丹尼索瓦人的全套高品質基因組，非常完好的保存在西伯利亞南方，阿爾泰山旁的一小塊小指骨（Denisovan 3）中。遺傳上丹尼索瓦人是尼安德塔人的最近親，然而有關他們的形態，除了一顆很大的牙齒（Denisovan 4）外，我們卻幾乎一無所知。2015年這個論文，報告了新發現的牙齒Denisovan 8，也是第3位確認的丹尼索瓦人。

Nuclear and mitochondrial DNA sequences from two Denisovan individuals

許多不同種生物間有著互利共生的關係。例如蜜蜂與花，蜜蜂去採蜜，花能夠藉由蜜蜂傳粉，蜜蜂也可以把蜜帶回家，雙方各取所需，互蒙其利。然而要是互相依靠的雙方，有一邊出了狀況？這個 2015 年的論文，報告洛磯山脈的熊蜂近年來的變化。

Functional mismatch in a bumble bee pollination mutualism under climate change

美洲在幾百年前歐洲人到來之前，曾有過不少人口與發達的文化，但隨著殖民者的剝削、奴役與疾病，相當多原住民陸續死去，加上大批外來人口移入，使得現在的美洲人族群，與歐洲人尚未到來前的遺傳組成相當不同。這個 2015 年的論文，獲得 500 年前一位秘魯木乃伊的粒線體DNA，讓我們對當時的了解更增一分。

The complete mitogenome of a 500-year-old Inca child mummy

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斬首是種具有特殊意義的人類行為。美洲史上最早的斬首事件，北美洲發生在約6990到8120年前的佛羅里達，南美洲則是出現在3000多年前的秘魯。不過2015年這個論文，報告了在巴西的Lapa do Santo（saint's rock shelter）遺址中找到的斬首遺骸，距今9000年之久，刷新美洲新大陸最早的斬首記錄。

The Oldest Case of Decapitation in the New World (Lapa do Santo, East-Central Brazil)

劍吻鯨科（學名Ziphiidae，俗名beaked whale）在分類上屬於鯨魚，不過嘴喙形狀比較尖，更接近海豚，不像一般鯨魚的扁嘴。現代的劍吻鯨主要食物是深海的烏賊和魚類，不過這個2015年的論文指出，在秘魯海邊出土，距今約890到990萬年的古代劍吻鯨（學名Messapicetus gregarius）化石顯示，牠曾經在淺海覓食。

No deep diving: evidence of predation on epipelagic fish for a stem beaked whale from the Late Miocene of Peru

古埃及與古代DNA（後記）──在文明的十字路口 也刊登於古埃及練習曲

作者／寒波、編修／練習人

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