這個 2023 年的論文報告，90 多萬年前人類碰到瓶頸，差點滅團。這個論點該怎麼解讀？
Genomic inference of a severe human bottleneck during the Early to Middle Pleistocene transition
這項研究是純鍵盤辦案，沒有實際的對象。百分之百的遺傳學分析很不好懂，我也不會解釋方法學，只能討論一下相關的東西。概念是比較不同現代人的遺傳差異，回溯遺傳歷史。預設的突變率是一代「1.2 乘以 10 的負 8 次方」，而一個世代是 24 年。
現在好些研究，預設的世代是 29 或 30 年，也沒辦法說誰比較正確。只是看這些研究要注意，就算採用一模一樣的方法，如果預設的年長有差，結果就會不一樣。對於這類百萬年尺度的，估計會差很很很多 XDDD
鍵盤辦案的對象是誰？都是資料庫中的不同族群。為避免天擇干擾，只採用體染色體上不是基因編碼的 DNA 序列，避免淨化選汰的影響，以及排除可能受到正向選汰的位置。
分析 10 個不同非洲族群，得到的結果類似。它們在 81.3 到 93 萬年前，人口數都降到非常低。這十多萬年的期間，人口只剩下 1280 人。
在此之前，估計的人口數也沒有太多，大概是 98130 人。不過短期內劇烈降低到 1280 人，也是縮水 98.7% 之多。經歷 11.7 萬年後，人口又增加到 27160 人。
奇妙的是，40 個非洲以外的族群，都沒能見到類似現象。論文的解釋是，這些族群的血脈，絕大部份源自幾萬年前離開非洲的一小群人，經歷過近期的瓶頸，配備的 DNA 多樣性很低，所以看不出更古早的瓶頸。
為什麼 81 到 93 萬年前人口大減？鍵盤辦案當然也只能鍵盤解釋，論文的說法，諸君不用太認真。把人口增減嵌合氣候事件，假如估計實際上差十萬年，整個都會對不起來 XDDDDDDD
假如論文的計算正確，意思是 80 多萬年前左右，或很久以前的某一段時期，全人類的數量一度降低到非常非常少。這有什麼意義？
一個看法是，這意謂我們智人的祖先，經歷一次很窄的瓶頸，損失大量的遺傳多樣性，感謝上帝沒有滅團。不過也能用另一個觀點解釋：當時有一個新的遺傳支系誕生。
其他研究用不同方法估計，智人、尼安德塔人、丹尼索瓦人的共同祖先，能追溯到 55 到 77 萬年前。合在一起看，那就是 80 多萬年前走出瓶頸後，人口增加的人類又衍生分出不同支系。
或是這回估計的年代太早，倘若智人祖先經歷瓶頸的年代更晚，那麼......這就是智人與尼尼的分家時刻嗎？！
照論文的分析，人類早於 80 萬年經歷難關，如果有夠多的尼尼、丹丹基因組，也能往回摸到瓶頸嗎？假如也有類似的人口大減事件，可以成為這項論點的強力佐證。假如沒有......離開非洲的移民太少惹，所以看不出來！
大家有沒有漸漸體驗到，這類遺傳學鍵盤辦案的曖昧性，怎麼講都對 ❤️
另一點非常重要，而且肯定正確的是，這是用現代智人族群回溯的結果，僅限於我們直系祖先的情慾交流圈。 生活在同一時期的其他人，假如沒有入圈，就不會被算在那一千多人之內。例如東亞的直立人，肯定不被算人。
如果這項分析正確，我覺得更可能的狀況是，當年其實不是人口大減，而是一小群人出現生殖隔離，不再與同類情慾交流。後來其他人陸續滅團，只剩他們的後裔繁衍至今。
這麼一想，有一個說法以前我覺得很不可能，也許值得考慮。有些古人類學家認為智人的直系祖先，在一百多萬年前的先後幾十萬年間，可能住在非洲外頭，後來才再遷徙進入非洲。
結合起來也說得通：超過一百萬年前離開非洲的人群，與留在非洲的同類形成生殖隔離；他們之後又返回非洲，儘管人數只有一千多人，仍然幸運成為智人的祖先。但是我個人不傾向這個說法。
以上都看不懂也沒關係，重要的是把握以下原則：遺傳學鍵盤辦案，怎麼講都對 ❤️
鷹哥特別討論，第二號染色體融合事件：
When did human chromosome 2 fuse?
論文短評：
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新聞稿：
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新聞：
Human ancestors may have survived a brush with extinction 900,000 years ago
新聞：
Human ancestors nearly went extinct 900,000 years ago
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