又有尼安德塔人的基因組發表！這個 2019 年的論文報告的 2 個樣本相對殘缺，不過仍很有價值，因為它們的年代相當關鍵。兩位住在歐洲的尼尼都距今 12 萬年左右，和 4 萬年前的末代尼尼一脈相傳。
Nuclear DNA from two early Neandertals reveals 80,000 years of genetic continuity in Europe
其中一個樣本是大腿骨，來自德國 Hohlenstein–Stadel，簡稱 HST 遺址；另一個樣本是上頜骨，來自比利時的 Scladina 遺址。兩個樣本都距今 12 多萬年，算是同一時期的歐洲尼尼。之前研究都取得過粒線體DNA，這回則是再接再厲獲得細胞核 DNA。由於受到智人 DNA 的汙染嚴重，兩個樣本中抓到的 DNA 序列，只選用邊緣有 deamination 的片段，進行大部分後續分析。如此一來，HST尼尼共有 51 Mbp 的 DNA 序列，Scladina尼尼則是 12 Mbp。
目前已經知道 2 個高品質尼尼基因組，一個是十幾萬年前，中亞的阿爾泰尼尼，另一個是 4 萬多年前，歐洲克羅埃西亞的文迪亞尼尼。兩位 12 萬年前的歐洲尼尼，遺傳上都比較接近 4 萬多年前的文迪亞同胞，反而與自己年代較為接近的阿爾泰同胞比較疏遠。
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直布羅陀，第二位尼安德塔人Forbes' Quarry的DNA
這邊論文做惹一個有趣的分析。如果只用 deamination 的片段比對，HST尼尼和文迪亞，符合的位置較多，可見 HST 比較像是文迪亞尼尼。但是 Scladina尼尼比對後卻沒有差異，於是，論文把 Scladina尼尼的所有 DNA 片段都拿來比對，得到比較符合文迪亞同胞的結果。這邊的考量是，儘管樣本中智人 DNA 汙染嚴重，但是智人只配備未滿 3% 的尼尼遺傳變異，因此不至於影響這兒的比較結果。做實驗，要懂變通！
之前知道，距今十幾萬年前，尼尼遺傳上分成兩個分支，一群後來移民到東方的阿爾泰，另一群可能留在比較西方。除惹十多萬年的阿爾泰尼尼以外，其餘所有 DNA 已知的尼尼都被歸類為另一群。
這回兩位 12 多萬年前的歐洲尼尼，也都被歸到另一群，也就是說，他們和 8 萬年以後，距今 4 萬年的末代尼尼，屬於同一個支系。另外值得一提的是，距今不到十萬年，比較年輕的阿爾泰尼尼，反而也更接近這群，與同一地點，更早的同胞屬於兩個分支。可見十萬年內，又有尼尼從西邊向東方移民。
最後，還有個十分曖昧的問題。之前研究指出，HST尼尼的粒線體DNA 與眾不同，早在 27 萬年前就與其他尼尼的粒線體分家。然而，這回得知 Scladina 與他的細胞核基因組，與文迪亞同胞的共同祖先，大概不會超過 15 萬年前。HST尼尼的細胞核卻沒有更早分家！？粒線體與細胞核遺傳史的不一致，這不是第一次見到惹。論文缺乏可靠的解釋，只能判斷，古早人類的情慾流動，比目前已知的更加複雜。
新聞稿：
The ancient history of Neandertals in Europe
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