趨同（convergence）是演化上常見的狀況，意思是兩個相似的性狀，並非源自於單一的共同祖先，而是因獨立改變獲得。比方說，魚龍跟白海豚長得都像是魚，但它們像魚的型態，卻皆為各自演化而成，和魚無關。在遺傳上，趨同演化是怎樣發生的？這個2016年的論文，選擇都屬於果蠅的ananassae分支旗下，數種親緣接近的物種比較，探討這個問題。
Genetic Convergence in the Evolution of Male-Specific Color Patterns in Drosophila
為什麼要選擇ananassae這群的果蠅當研究對象？女生方面，這群果蠅每一種肚子全部都是淺色；男生方面，至少有5種肚子下半部是深色，然而這5種果蠅的最近親，男生的肚子卻也都是淺色。也就是說這群果蠅中，至少有5組，每一組分別有一種果蠅是男深女淺（兩性特徵不一樣），另一種則是男淺女淺（兩性一樣）。顯然，男生肚子深色這個特徵，是在ananassae這群果蠅內多次趨同演化，由淺變深的結果，因此很適合拿來研究「遺傳上趨同演化怎麼發生」這個問題。
ananassae 旗下果蠅，男生肚子的顏色。
已知有些基因與色素有關，然而這個論文為了避免偏誤，尋找時並非直接針對某些特定基因下手，反而十分費工地，讓4組深淺果蠅間情慾交流，再用QTL這個策略，篩選出可能與肚肚顏色深淺有關的基因。結果發現，儘管事先沒有預設立場，可是4組都找到類似的基因們，像是ebony、Abd-B、yellow，這些與色素有關的基因，都在4組中不只一組被偵測到。
不預設立場，用QTL篩選可能影響肚子顏色的基因。
論文繼續深入研究，與製造淺色色素有關的ebony基因。此基因假如表現高，果蠅會是淺色，若是不太表現，果蠅會是深色。測試發現，在肚子下半部是深色或淺色的果蠅間，淺色果蠅皆一致表現ebony，反之亦然。
用in situ hybridization染色，偵測ebony基因是否有表現，在哪些部位表現。
ebony這個基因產生過哪些變化，才影響顏色呢？比較DNA序列後發現，最終與蛋白質產物有關的exon部分，各種果蠅間幾乎沒什麼變化，然而在第一個intron的後面，不同種果蠅間卻有明顯的差異，而且是深色果蠅彼此類似，淺色果蠅彼此類似。
比較各種果蠅的ebony基因，第一個intron的後面的序列。
經過一番這樣那樣以後，論文推論，這般DNA的多樣性，早在幾種果蠅分家以前，共同祖先時期就已經存在，等到它們分家以後，才分別在各種果蠅內，各自固定下來，形成如今我們見到的種間差異。換句話說，是「ancestral polymorphism」的狀況。
論文也分別建構惹，各種果蠅的一號exon與intron的演化樹，結果相當有意思。用exon畫出的樹，形狀大致跟親緣關係一致；然而用intron畫成的樹，卻跟基因的表現型態類似。這表示似乎是基因本身不變，但intron上的序列變異影響到基因表現，導致不同種果蠅中，男生ebony基因的表現狀況，以及外觀顏色的改變。
左邊是用各種果蠅ebony基因的一號exon畫演化樹，右邊是用intron。
在這個肚子由淺變黑的案例中，各種果蠅遺傳上的趨同演化，都與某些特定基因有關。這群基因，像是一個工具包一樣，總是在果蠅色素變化時重複出現，作為演化變異的原料。就像蔡明亮的電影，不管拍什麼題材，角色中常常能看到李康生、楊貴媚、陳湘琪、陸弈靜這批演員。
近年來探討趨同演化，在遺傳上怎麼造成的研究愈來愈多。這個論文告訴我們，同一性狀在不同演化分支中一再出現，可能是由同一群基因，重複變化所致；而要形成這般，分家不久的近親之間，存在明顯的表現差異，可以藉由改變基因的調控達成。
論文短評：
Evolutionary Genetics: Reuse, Recycle, Converge
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