盲眼的尼安德塔石器匠

「想請問要怎麼從下面這個親緣關係圖看出『鱷魚和鳥類』的親緣關係，比『鱷魚和烏龜』還相近？鱷魚、烏龜中間只有夾一個分支，鱷魚、鳥中間有夾 4 個分支，夾 4 個分支不代表親緣比較遠嗎？還是因為鱷魚和蛇、蜥蜴，兩個分支中間有個比較大的間隔，所以鱷魚~鳥之間的所有分支可以看成一群，烏龜和蛇、蜥蜴，也可個別當作一群？（如我圖中畫的兩個圈圈那樣）」

〖經歷時光長出來的演化樹〗

演化樹，也就是親緣關係樹，在探討樹怎麼看之前，最好先了解：樹是怎麼來的？

樹需要時間成長，演化樹是時間的產物。發揮想像力！一開始，所有生物都是一樣的，後來生物之間漸漸有惹差異，不同的生物，彼此累積更多差異，愈來愈不一樣。而這個過程不斷重複，形成千變萬化的不同生物們。

演化樹，就是重建上述生物們漸漸分家的過程。假如兩種生物間的親戚關係愈近，它們在樹上的位置就會愈接近，反之亦然。問題是，怎麼樣才叫「接近」？

〖點（node）與線（branch）〗

演化樹有許多種表示法，不過基本結構上只有 2 種東西：「點」和「線」。點是兩條線會合的點，一條線（branch）代表一個演化分枝，兩個演化分枝能追溯到一個共同的點（node），點是兩個分枝的「共同祖先」。

不過有些點，只是方便表達，不是真的代表共同祖先的點，千萬不要搞混，在圖片中有很清楚的說明。

 "Tree" Facts: Terminology

像是 Human 和 Mouse，它們平行線最後都有個直角的點，不過那只是畫圖用的，這兩個 branch 實際上的 node，是線轉過直角後（仍然是同一個 branch），延伸交會的地方，那裡才是真正的點。

線可以畫成直的、斜的、粗的、細的、圓的各種形狀，線也可以各種花式轉動、滾動、3D、4D、5G；但是不管怎麼畫，關鍵都在於線與點的關係

三條線當中，假如當中兩條線能找到比較近的一個點，那麼這兩條線彼此的關係，就比第三條線更親近。假如只要比較這三者的關係，同一個演化樹中，其他的點和線都不影響，可以不看。

〖把線連成點〗

以題目的演化樹來說，有很多 node。鳥和始祖鳥最接近，因為牠們有最近的點；這兩者又和肉食恐龍最接近，再有一個點；接著原理一樣，一直能追溯到鱷魚。

鳥、始祖鳥、草食恐龍、肉食恐龍、翼龍、鱷魚，都可以追到同一個點，意謂和其他動物相比，牠們有最近的共同祖先。這一群，此時可以視為一個分枝，以一條線代表。再往前追溯，是蛇與蜥蜴的分枝，和前一群有更久以前的共同祖先。最後則是與烏龜的交會點，意思是烏龜最早和樹上的其他生物分家。

〖只管比較對象有誰，不要管別人〗

回到高中生的問題：

「怎麼從下面這個親緣關係圖看出『鱷魚和鳥類』的親緣關係，比『鱷魚和烏龜』還相近？」

現在要比較三種動物的關係：鱷魚、鳥類、烏龜，其他動物就都不要看。只看這三種的話，可以很清楚地看出，鳥與鱷魚那兩條線，比較先會合成點，而烏龜差更遠。

為求方便，比較的時候，不用在原圖上連來連去，可以根據「把線連成點」原則，自己在旁邊畫一個簡化的小樹。（不過千萬不要漏掉比較對象啊！）

「鱷魚、烏龜中間只有夾一個分支，鱷魚、鳥中間有夾 4 個分支，夾 4 個分支不代表親緣比較遠嗎？」。

關鍵是點與線的關係，夾幾個分枝不會有任何影響。假如比較對象，換成鱷魚和鳥之間的任何一種 XX，也就是草食恐龍、肉食恐龍、翼龍，由於牠們和鳥同樣能追溯到一個更近的共同祖先，比較烏龜、鱷魚、XX 三者的親疏，得到的結果和鳥會一模一樣。

「還是因為鱷魚和蛇、蜥蜴，兩個分支中間有個比較大的間隔，所以鱷魚~鳥之間的所有分支可以看成一群，烏龜和蛇、蜥蜴，也可個別當作一群？」

有些演化樹中，會以分枝的長度，也就是線長，代表經歷的時間長短；不過在這個題目中，線就只是線而已，只是表達各種動物間的關係，長短沒有任何意義。

很基本的東西，希望大家以後看到演化樹，都可以看懂。BTW，生物實際上的演化過程，會比這類演化樹更複雜，分枝間可能還會發生情慾流動什麼的，不過一般人平常不用想那麼多。

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