歐洲人抵達美洲 16 世紀的時候，發現可可與其製品巧克力，是中部美洲生活中很顯眼的一部分，當地古文化，如阿茲特克或馬雅人的生活中，可可不但是飲料或食物，也作為貨幣使用。 考古證據則指出，比歐洲人抵達更早好幾千年，距今 3900 年前中美洲已經有馴化可可。這個 2018 年的論文報告，其實可可在更早以前已經進入人類的生活，只是不在中美洲，而是位於南方的亞馬遜。
The use and domestication of Theobroma cacao during the mid-Holocene in the upper Amazon
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這個論文深入調查亞馬遜西北部（也就是南美洲西北部），位於如今的厄瓜多的 Santa Ana-La Florida 遺址（簡稱 SALF）。此遺址當年屬於 Mayo-Chinchipe 文化，是這款古文化最早的遺址。考古學家根據 3 項證據，確認當年此地的人使用過可可，最古早的紀錄距今足足有 5300 年之久！
第一個方法，是偵測人造物中的澱粉，不同年代的 19 個人造物，當中有 6 個人造物能見到可可款澱粉的蹤影。
下一個方法是質譜儀分析，尋找可可有，但是親戚沒有的「可可鹼（theobromine）」；如果人造物中偵測到可可鹼，就表示此一容器曾經裝過可可，結果與澱粉類似。
可可的學名是 Theobroma cacao，在南美洲還有許多親戚。第三個方法是古代DNA。樣本定序的結果看起來，容器中確實曾經存在，遺傳上與現代可可品系接近的古早可可，不過同時也存在其他野生的可可物種。
整體看來，遺址中偵測到可可的人造物，年代介於 2100 到 5300 年前之間，可見 SALF 的居民曾經長期利用可可。這也是已知人類吃可可的最早紀錄，比可可在中美洲出現，更早一千年以上。
遺址中的可可，與現代人種植的可可屬於同類無疑，但是是否能算是「馴化可可」呢？論文認為是，不過證據乍看之下似乎沒那麼充分。
往另一個角度想，已知資訊至少能夠確定，當地人長期使用可可達到數千年之久，在這個脈絡下，是否已經真正的馴化，或許不是那麼重要。這個研究也顯示出，亞馬遜地區對中部美洲的影響。
【2022 年搞笑諾貝爾藝術史獎】浣腸也搞儀式感！藥理學家的馬雅考古
新聞稿：
Sweet discovery: New UBC study pushes back the origins of chocolate
Science新聞：
World’s oldest chocolate was made 5300 years ago—in a South American rainforest
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