大型動物的身體內，住著許多共生的微生物。取樣古代DNA 時也會順便抓到它們的 DNA。這個 2025 年的論文，分析與猛獁象樣本一同重出江湖的微生物。
Ancient host-associated microbes obtained from mammoth remains
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從古早牙齒、骨頭中取得的古代DNA，有可能是生物還活跳跳的時候，就住在身體內。但是也有機會，是生物死亡後才從周圍環境進入。
即使並非與生物共生，而是環境微生物，只要年代夠古老，還是有研究價值。例如 87 萬年的某甲烷菌，能說沒興趣嗎！不過這個論文，只著重於真正住在大象體內的目標。
喔~~喔喔~~喔喔~~喔喔~爪爪
分析對象包括，通常年代較晚的真猛獁象（woolly mammoth，學名 Mammuthus primigenius），以及較早的草原猛獁象（steppe mammoth，學名 Mammuthus trogontherii）。
最晚的樣本 4000 多年，最早超過 100 萬年。 總共 483 個樣本的序列資料庫中，能辨識出 310 個微生物。根據比較嚴格的標準，論文判斷真的以大象為宿主的只有 6 類。
在「屬」的層級，包括丹毒絲菌屬（Erysipelothrix）、鏈球菌屬（Streptococcus），以及巴斯德氏菌科旗下的巴斯德氏菌屬（Pasteurella）、Basfia、放線桿菌屬（Actinobacillus） 。 另外還有臭氣桿菌屬（Odoribacter），但是論文表示，無法完全排除源自環境的可能性。
與爪爪共生的丹毒絲菌屬，可以分為 2 群。一群來自數萬年前 4 位真猛獁象的骨頭。這群細菌的親戚關係，最接近之前在豬、狗採樣得到的扁桃體丹毒絲菌（Erysipelothrix tonsillarum）。
另一群只有 1 個樣本，來自 110 萬年前 1 位草原猛獁的臼齒。它和近親的 DNA 分歧明顯更多，符合其古早身份。這也是目前已知年代最早，住在宿主體內的古代微生物（更早都是環境微生物）。
巴斯德氏菌科共有 11 個樣本，年代為 4000 多到數萬年前，遺傳上能分為 2 群。
一群 2 個樣本，接近巴斯德氏菌屬旗下 Pasteurella multocida 這個物種，不過仍有差異的 Bisgaard taxon 45 品系。此前知道，這是導致多位非洲象染病死亡的兇手。顯然這類細菌確實會感染大象，不過不清楚這兩位真猛獁象的狀況。
另一群 9 個樣本，親戚關係接近之前在豬、牛採樣，得到的 Basfia 與放線桿菌屬品系。 那些細菌在消化道的無氧發酵能力，有助於植食動物的消化。但是這回大象的細菌，都住在臼齒，更符合口腔微生物的脈絡。
鏈球菌屬 6 個樣本，遺傳上也能分為 2 群。一群 2 個樣本，接近常見的轉糖鏈球菌（Streptococcus mutans）及近親 Streptococcus dentiloxodontae，但是分歧大到不能歸為任一物種。
另一群 4 個樣本，都取自北冰洋的 Wrangel 島，未滿一萬年的真猛獁象最後血脈。它們最接近會感染馬的 Streptococcus devriesei 這個物種。
另一方面，之前知道非洲象會感染多款鏈球菌屬的成員，和這回感染猛獁象的樣本比對，沒有任何關係。
細菌的分類，常常難以置於習慣的物種框架。現在的細菌如此，更何況幾萬，甚至上百萬年的細菌。 然而，微生物也是生態圈的一部分，微生物與動物的關係，更是重要議題。只要有能力，我們不該無視。
一般討論的微生物演化，往往限於很近期的時段。現有情報依然十分零星，如果資訊足夠，有機會追溯更久遠的微生物演化歷史，肯定能帶來有趣的新知識。
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新聞：
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