人類的口腔中有許多微生物，有些對人類是小壞壞，有的就只是默默居住著。這個 2024 年的論文，報告一位四千多年前古代人牙齒中殘留的細菌。
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樣本來自愛爾蘭 Killuragh 的一處遺址，2 件下顎各自取得一顆牙齒，後來得知是同一位成年男紙。他生活在 4100 年前左右，算是愛爾蘭的青銅時代。不少研究是由牙結石取樣，這個論文則是直接從牙齒。
2 顆牙齒取得的古代DNA，兩款細菌的存在感最明顯。一種是轉糖鏈球菌（Streptococcus mutans），另一種是福賽斯坦納菌（Tannerella forsythia）。對人類而言，它們都是與口腔疾病相關的小壞壞。
新獲得的福賽斯坦納菌以外，之前也發表過幾個古代樣本，包括一位尼安德塔人。 一起比對發現，工業化以前，這款細菌遺傳上分歧很多；現今世界各國的福賽斯坦納菌，卻都能追溯到相對近期才脫穎而出的演化分支。
更驚人的是，這回 4100 年前的愛爾蘭居民，兩顆牙齒的福賽斯坦納菌，彼此間遺傳分歧很大，可以視為不同品系，甚至還超過如今全世界同類的分歧程度。
看來即使是小壞壞，也逃不過遺傳多樣性下降的命運 QQ
另一款轉糖鏈球菌，這回是第一次獲得古代基因組。論文又搜尋資料庫，再拼湊出幾個殘缺的基因組。
奇妙的是，轉糖鏈球菌在現代十分常見，古代樣本卻很罕見。而且遺傳學分析也指出這款細菌的歷史淵遠流長。 一個可能是這款細菌會分泌酸，不只侵蝕牙齒，也會破壞 DNA，妨礙牙結石形成，所以保留的機率較低。
取得古代DNA 的牙齒，本身沒有蛀牙，但是同一個嘴巴的其他牙齒蛀牙很兇。或許是因為如此，這顆牙齒中也留下大量的轉糖鏈球菌 DNA，而且沒什麼其他鏈球菌親戚共存。微生物的小生態稱為菌相，一旦牙齒周圍的菌相失衡，更容易發生病變。
和福賽斯坦納菌相比，轉糖鏈球菌的遺傳多樣性相當多元，可以大致分為 7 大分支，估計共同祖先為 2.5 萬年。早早分家的同類們，各自在世界不同人類的嘴巴努力，一起將家族做大做強。
論文推敲，它們能一直維持多樣性，一大原因是常常發生遺傳重組，所以沒有哪款品系能長期發揮優勢。 而近代飲食中糖分大增，也讓轉糖鏈球菌迎來繁榮時代。
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