1到2萬年前的冰河時期時，有群人從西伯利亞出發，行經那時被冰封的白令海峽，來到阿拉斯加，之後一路向南遷徙，在新大陸四散，他們就是如今美洲原住民的祖先。然而近萬年前早期美洲移民的化石，形態卻常與今日的美洲原住民不同，導致如今的美洲原住民，究竟是全部源於同一個古代大族群的遷徙，或是來自更多次不同族群的移動，一直存在爭議。
Late Pleistocene Human Skeleton and mtDNA Link Paleoamericans and Modern Native Americans
美洲大陸幾個上萬年人類遺骸的發現地點，這次這個是12號。
北美洲與中南美洲，萬年以上的人類化石非常稀少，完整到能鑑定形態的更稀有。2014年這個論文報告了在中美洲猶加敦半島，找到一位15歲少女的遺骸，包括一個幾乎完整的頭骨，年代大概介於12000到13000年前，是這個年代難得完整的化石。
她的編號是「HN5/48」，不過有個名字「Naia」，來自希臘水仙女（water nymph），因為她和其他26種大型哺乳類的遺骸，一直沉沒在一個裡頭有水，非常難以進入的內陸洞穴底下，這個洞穴名叫「Hoyo Negro」，也就是西班牙文的「黑洞」。當年冰河時期結束後海水上升，使這個內陸洞穴積水，形成天然陷阱，埋葬了不小心誤入歧途的各種動物，有些種類甚至早已滅絕多時，而Naia的遺骸也在水底完整保存至今。
水下攝影（底下文章連結裡有影片）
黑洞的地理狀況不可能把頭骨帶出去，因此科學家只能用水下攝影的方式，直接在水底原地對頭骨攝影，再用影像資料重建頭骨形態。形態比較指出，這位古代中美洲原住民的頭骨形態，和今日美洲原住民明顯不同。
Naia的牙齒被帶出並成功定序了粒線體DNA，型號是「D1」，這個型號在今天只存在美洲，不存在其他地方，有29%智利與阿根廷的原住民擁有它。這意謂Naia 所屬的族群，很可能就是當初把D1這個遺傳標記帶到中美洲的人，而今日的中南美洲原住民，都可以追溯到12000年前，儘管他們間的形態明顯有異。
粒線體標記D1是D的衍生型號，D位於歐亞大陸，但D1只存在美洲，應該當年是在美洲演化而來。Naia的粒線體是D1。
這兩年有2個古代的北美遺骸，整個基因組被成功定序，包括2014年的「Anzick-1」，與2015年的「肯納威克人（Kennewick Man）」，這些研究的結果一致，都指向當初進入美洲的族群只有來自西伯利亞的單一大支（但可能分批走了好幾次，延續幾千年之久），沒有其他地方，例如東亞或大洋洲等地的族群參與。
肯納威克人和Naia一樣，頭骨形態與現代原住民都不一樣，卻能用遺傳的方法判斷彼此的親緣關係是一脈相傳。遺傳一樣，形態不同，可能的解釋是如今美洲原住民的形態，是這幾千年來為了適應美洲環境、生活方式改變，或是隨機突變形成的差異，所以他們的形態與祖先不同，遺傳仍最為接近。
另一種美洲原住民愛斯基摩人的古代DNA研究：
古愛斯基摩人與現今伊努特人是不同族群
這篇論文發表後，馬克斯普朗克研究所的2位古代DNA專家Prufer與Meyer提出質疑：
這篇論文的作者們也回應了問題：
《Science》論文短評：
Bones From a Watery 'Black Hole' Confirm First American Origins
《Science》的論文短評中，提到論文作者之一Chatters對古今形態不同原因的見解，不過被這篇論文的部分作者特別寫聲明切割，指出那只是Chatters的個人意見，這個研究沒有證據支持Chatters的觀點，他們不背書：
Early Americans: Misstated results
《Nature》新聞（內有影片）：
Mexican skeleton gives clue to American ancestry
《Science》新聞（內有影片）：
Watch: Bones From a Watery 'Black Hole' Confirm First American Origins
LiveScience新聞：
'Missing Link' Skeleton May Solve Mystery of First Americans
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