紐西蘭曾經住著許多不會飛的大型鳥類，其中一群叫作「恐鳥」，可惜幾百年前全部滅團惹。這個 2024 年的論文報告一款恐鳥的古代基因組。
A nuclear genome assembly of an extinct flightless bird, the little bush moa
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根據化石型態判斷，恐鳥至少有 9 個物種。這個論文的取材對象為灌木恐鳥（little bush moa，學名 Anomalopteryx didiformis）。紐西蘭可分為北島和南島，灌木恐鳥原本住在低海拔森林中，估計身高 50 到 90 公分，體重約 30 公斤，是恐鳥家族中最小隻的。
這項研究使用的樣本，來自加拿大的皇家安大略博物館，是一位男鳥，論文拼湊出平均覆蓋率 4 的古代基因組。這個論文花很多篇幅，介紹定序、拼裝基因組、DNA 序列的性質，就是那些尼演講時聽到，會失神的基因組定序瑣碎內容。
另外還深入分析某些特定功能的基因，諸君有興趣請自行觀摩。我看完記得的只有，灌木恐鳥的嗅覺受器基因多數都還存在，視覺基因也大致正常。所以他們這方面的感官，和其他鳥類相比，應該沒有太過退化。
另一點比較多篇幅的是估計族群數量。這個論文很土直地明確寫出計算過程，根據族群遺傳學的公式「π = 4Nem」。
公式中，4 就是 4，Ne 是想要得知的有效族群量。變數有兩個，恐鳥和人類一樣，每號體染色體都有一對，π 是彼此的差異，而 m 是取代率（就是沒有被淘汰，留下的突變率）。
如此估計得到的數字是 237555，也就是說根據細胞核基因組，灌木恐鳥長期的鳥口數目大概是 24 萬。
論文也進一步比較，體染色體和性染色體的差異。人類是男生配備 Y染，女生為 XX。鳥類反過來，男鳥配備一對相同的 ZZ，女鳥為 ZW。
鳥類如果由女生主導擇偶，可能導致 Z染的變異小於體染色體，實際上灌木恐鳥的兩者卻差不多。一個可能理由是，恐鳥的性擇方向是反過來。但是還有許多因素，也有機會造成此一結果。
估計族群數目有不同方法，這回採用細胞核基因組是 24 萬左右。之前用微衛星序列估計只有 9200，粒線體又高達 100 萬。 另一個路數，依照生態、型態性質推敲，所有恐鳥物種加起來總數也只有 10 萬，遠低於這回估計，一種灌木恐鳥就有 24 萬。
估計鳥口是大學問，更何況是已經滅團的古代鳥類，如今不可能知道哪個比較正確。灌木恐鳥，我們懷念他。
新聞稿：
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