歐亞大陸在新石器時代之後，於3000到5000年前這段時間進入青銅時代，經歷劇烈的文化轉變，然而這些改變是因為人群遷徙，或來自概念交流不得而知。想了解人類族群遷徙的歷史，古代DNA定序是威力強大的武器，2015年這個大規模的族群基因體學研究，大手筆定序了年代跨越數千年的101個古代人類基因組，希望能回答這個問題。
Population genomics of Bronze Age Eurasia
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已知的歷史是，5000年前青銅器時代早期時，舊石器時代東歐本來的農夫族群，被源自黑海和裡海之間草原的Yamnaya文化取代，4800年前興起的繩紋器文化（Corded Ware）出現在歐洲更多地方。這個時期西亞與中亞仍以本來的採集狩獵族群為主，只有在阿爾泰山與米努辛斯克（Minusinsk）盆地，出現類似Yamnaya的Afanasievo文化。
「肯納威克人（Kennewick Man）」是位約8500年前的男生，1996年時在美帝西北角的華盛頓州，屬於美帝陸軍工兵隊（US Army Corps of Engineers）的土地上被發現。這具骨骸雖然沒有什麼神奇魔力，卻引發眾人爭奪，幾個美國原住民部落引用「美國原住民族墓穴保護及歸返法案（Native American Graves Protection and Repatriation Act，縮寫NAGPRA）」，要求擁有這件死人骨頭。
The ancestry and affiliations of Kennewick Man
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華盛頓州的印第安人讓人想到《暮光之城》......不知道肯納威克人的基因組有沒有古老的狼人基因
傳統上，化石形態比較分析是人類考古演化很重要的研究方法，近年來科技進步，從業人員比從前有更多協助分析的工具，例如 computed tomography（斷層掃描）和 3D imaging（三維成像）。有些老化石在新方法分析下，有了全新的發現，這個2015年針對180萬年前的 Homo habilis（巧人）化石重新分析正是如此。
Reconstructed Homo habilis type OH 7 suggests deep-rooted species diversity in early Homo
巧人模式化石OH 7的估計腦容量落在早期人種的差異範圍之內。每個編號都是一個化石，右邊那列都是直立人，中間ER 1470是魯道夫人的模式化石，ER 3732與ER 1590也是魯道夫人；中間OH 16、OH 24、ER 1805，左邊的OH 13、ER 1813都是巧人。
Homo rudolfensis - Archaeology Info
1964年時，由大名鼎鼎的李奇在坦尚尼亞的奧都維峽谷發現，巧人的模式化石－「OH 7（Olduvai Hominid 7）」，這回重新分析後，發現部分型態比本來認為的更原始，接近年代更古早，300多萬年前的 Australopithecus afarensis（阿法南猿），差異卻與差不多年代的 Homo erectus（直立人）較大。
作者／汞燈、編修／寒波
Aphrodisias，這座位於今日土耳其西部，離地中海不遠的古城，發現了數百件古代塗鴉，年代距今超過1500年。這些塗鴉提供了我們當時（約西元350～500年左右）這座古城人們的生活樣貌。
拿著三叉戟和網子（retiarius），與劍和盾牌（secutor）的角鬥士
角鬥士以及雙輪馬車競賽，這些塗鴉對於一個羅馬帝國境內的城市來說，算是相當自然的存在，即使Aphrodisias的居民是以希臘語為主，他們依然熱愛競技場。而羅馬時代的性產業是受到法律一定保障的，因此性文化方面，羅馬人也算得上相當開放。在這批被發現的塗鴉中，存在相當數量與性有關的塗鴉，似乎反映了這點。
右邊的人嘴巴裡塞了一根陰莖 羅馬口交娃
咖啡因生產線的趨同演化 原載於泛科學
既然咖啡因正是以咖啡為名，2014年這篇中果咖啡（Coffea canephora）基因組定序的論文[1]，標題除了咖啡基因組外，還加上「咖啡因生合成的趨同演化」，似乎是再自然也不過的事。可惜《咖啡為何要合成咖啡因？咖啡的基因體還說了什麼》一文對這篇論文的內容多有誤會，因此特別為文說明。
咖啡因製程的趨同演化
趨同演化的意思是，演化上沒有直接親緣關係的生物，卻擁有類似的特徵（也就是同功演化），例如鯨魚是哺乳類，與魚類不親，但兩者都演化出適應水生生活的身體構造。用鯨魚跟魚的身體構造舉例只是方便，事實上，趨同演化講的是特徵，不限於器官，因此不同種植物各自演化出製造咖啡因的能力，也是趨同演化。
圖一
幾百萬年來，Homo（人屬）曾經有好幾個物種，至今只剩下我們智人（Homo sapiens）這個約20萬年前誕生的種存在。人屬很可能在200到300萬前這段時間，由某些南猿，例如生存於300到390萬年前東非的 Australopithecus afarensis（阿法南猿）演化而來，不過本來找到最早的人屬化石，年代大約是240萬年，離阿法南猿有段距離。
Early Homo at 2.8 Ma from Ledi-Geraru, Afar, Ethiopia
幾個彼此距離不遠的早期人類演化遺址地點，Ledi-Geraru是這次LD 350-1的發現地；Gona是本來260萬年前最早石器的發現地，不過這個記錄最近遭到刷新：肯亞330萬年前的史上最早石器
2015年這篇論文，報告了在衣索比亞的阿法（也就是阿法南猿那個阿法）找到的新人屬化石（編號LD 350-1），這個化石的定年結果不得了，它距今280萬年，不但比本來的240萬年提早40萬年，而且還很接近阿法南猿最後生存年代的300萬年，在年代上恰好填上空白的格子。
形態上，這個下顎化石兼具稍早的南猿與後來早期人屬物種（early Homo）的特徵，介於較早的阿法南猿，與之後240萬年的人屬化石之間，因此可以視為從南猿，演化到人屬的過渡型號，也很有機會是Homo habilis（巧人）的直系祖先。儘管LD 350-1能明顯跟約200萬年前的巧人與Homo rudolfensis（魯道夫人）區別，不過目前科學家尚未把這個化石命名為新種（直接叫編號好像《悲慘世界》的賈維直接叫尚萬強24601，XD）。
不少動物會使用工具，例如黑猩猩能把石頭當工具用（use stones as tools），然而把石頭製造成工具，也就是「石器（stone tools）」，需要更發達的認知能力，所有人屬（Homo）物種都有製造石器的能力。這個 2015 年的論文報告，肯亞找到 330 萬年前的石器，那時卻沒有任何已知的 Homo 存在。
3.3-million-year-old stone tools from Lomekwi 3, West Turkana, Kenya
一件重達15公斤的拉米關石器
1930 年代坦尚尼亞由鼎鼎大名的李奇發現的石器，以發現地點命名為 Oldowan（奧都萬）文化，後來發現打造它們的早期人類物種，被叫作 Homo habilis（巧人）；最早的奧都萬石器距今 260 萬年（不過不一定是巧人做的，可能是某種南猿）。
這次肯亞距今 330 萬年的新發現，比之前的記錄更早 70 萬年，被命名為 Lomekwian（拉米關，自己翻譯的）技術，拉米關比奧都萬型號更大，甚至有重達 15 公斤的石器……想想看那個畫面，天啊！
（原作於 2013 年 8 月 18 日）這篇文章要介紹的是一個五年前還很冷門的東西，它這幾年來名氣逐漸成長，做微生物學的多半都聽過，今年突然大暴紅，成為尖端生物科技的結晶代表，各個生物領域多半都有耳聞－它就是CRISPR。
CRISPR是縮寫，全名叫作“Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats”，好了，你不會再看到全名了，因為這個全名我也背不起來。
很幸運的，我是在CRISPR今年大爆紅以前就知道它，並做過一點小小的論文搜尋。這個感覺就好像某天有位無名小模讓你驚鴻一瞥，然後隔年大家都知道她叫林志玲一樣，有種……跟她一起成長的感覺？
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我第一次看到CRISPR，是去年中在一本講演化發明的書上。因為這東西乍看之下很神奇，我就去找了一些論文來看，它的神奇之處在於，CRISPR是一種“原核生物的後天免疫系統”（Marraffini and Sontheimer., Nature Review Genetics, 2010）！什麼是“原核生物”？就是細菌和“太古生物（也叫古生菌、英文archaea）”；什麼是“後天免疫（adaptive immunity）”？最知名的，就是人類用抗體來抵抗疾病的那套免疫。天啊，細菌竟然也有後天免疫，這真是太神奇了。
人類與黑猩猩的祖先大約 700 萬年前在非洲分家，到智人出現前這段期間，有相當多類似人類的物種（hominin）演化出來，至今無一尚存。幾百萬年前的資訊不夠充分，使我們很難判斷當初非洲有多少類人物種存在過，彼此間的親緣關係如何，以及可能最重要的問題：誰才是正牌人類祖先？
New species from Ethiopia further expands Middle Pliocene hominin diversity
這篇論文推論大家間的親緣關係
多年來，生存介於 300 到 370 年前的 Australopithecus afarensis（阿法南猿），被視為後來眾多人種的直系祖先，當中最有名的化石是在衣索比亞發現，大名鼎鼎的 Lucy。
這個 2015 年的論文在離 Lucy 發現地點只有 35 公里處，找到另一種南猿的化石，與阿法南猿的形態差異大到足以視為新種，命名為 Australopithecus deyiremeda（近親南猿，自己翻譯的，deyiremeda 意思是「close relative」），替種類眾多，擅起爭議的南猿家族多添一位新成員。
研究古代人類演化，除了科學家一向辛勤的工作外，近年來幾個科技進展，像是古代DNA定序、更準確的同位素定年、更先進的化石形態比較法（high-resolution computed tomography/digital methods）都幫忙很大。從這篇2015年的《Science》論文中，可以看出以上新技術合體的強大威力。
The makers of the Protoaurignacian and implications for Neandertal extinction
原始奧瑞納文化的分佈地點
大概在45000到35000年前這段時間，智人進入歐洲並取代尼安德塔人，這段過程中奧瑞納文化（Aurignacian）相當關鍵，奧瑞納是早期進入歐洲的智人產物，這個研究的目標就是釐清奧瑞納文化開始的年代。
奧瑞納文化wiki：
網路上能看到的中文"ortholog"解釋沒一個真的把概念解釋清楚，比方說這一篇：
homolog, ortholog, and paralog
看完我保證你還是不懂"ortholog"是什麼東西。（下面那些喊"好清楚" "好清楚"的，一定是理解力大師！）那個附圖也不要看，看了只會更混淆。
“ortholog 呢？它是指不同物種間的基因有源於共同祖源基因的關係，通常基因功能一樣，但又因為演化的緣故，使得在比較兩個 ortholog genes 間的功能時會發生其中一個有 lost- or gain-of-function 的現象”
哎，完全沒解釋到重點呀（而且有錯字）。我用我的話來從頭解釋一次好了。
至今仍沒有確鑿的證據，能讓我們推論出尼安德塔人的滅亡原因，要知道它們為什麼滅亡，至少要先知道尼安德塔人消失的年代，因此精確的定年技術相當重要。最為人熟知的同位素定年法是碳定年法，它的極限是5萬多年，然而之前的碳定年法卻會低估樣本的年代。
The timing and spatiotemporal patterning of Neanderthal disappearance
40個尼安德塔人與莫斯特遺址地點
2014年的這個研究發表在《Nature》，用修正後的新方法，重新測量了歐洲與亞洲40個尼安德塔人與莫斯特文化（Mousterian）的遺跡，莫斯特文化是尼安德塔人的代表技術，多數莫斯特都跟尼安德塔人有關（少數跟智人有關）。
莫斯特文化wiki：
