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澳洲的 megafauna(巨型動物群,44 公斤以上級的動物),跟 5 萬年前相比物種數量少掉約 85%。如此明顯的大滅絕,原因是自然環境的變化,或是人類的影響仍不太清楚。澳洲是塊乾燥的大地,不過在相對濕潤的西南澳仍有森林存在,遠古時代曾有許多動物生存於此。這個 2017 年的論文,分析來自澳洲印度洋側的海洋沉積物,研究過去 15 萬年來西南澳的環境變化。

Humans rather than climate the primary cause of Pleistocene megafaunal extinction in Australia

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位於阿拉斯加灣(Gulf of Alaska)的小島奇里科夫島(Chirikof Island),上頭有種小小的哺乳類—北極地松鼠(arctic ground squirrel ,學名Urocitellus parryii,異名Spermophilus parryii),被視為是近幾百年,隨著人類船隻而來的外來種,然而一些證據卻暗示,也許比歐洲人抵達更早以前,北極地松鼠就已經存在島上惹。考古記錄表示,奇里科夫島最早的人跡,大概距今5000年,當時古阿留申人曾經來過島上。這個2016年的論文蒐集許多考古遺址中,發現的北極地松鼠遺骸,研究他們的族群史。

Integrating archaeology and ancient DNA to address invasive species colonization in the Gulf of Alaska

Arctic-ground-squirrel

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人類在尚未進入農業,還是採集狩獵的時代,就已經馴化惹狗。農業出現以後,以穀物與澱粉為主的飲食,對人類的遺傳產生一些影響,對狗的影響,主要反映在消化澱粉的酵素基因 amylase,狼與狗的「Amy2B」基因,狼與少數的狗都只有 2 個,但如今多數狗超過 2 個,有些高達 8 個以上。

Amy2B copy number variation reveals starch diet adaptations in ancient European dogs

嘟嘟  

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人類在漫長的歷史中馴化一種又一種動物,然而先天不足的美洲,在歐洲人抵達,隨後發明感恩節以前,馴化動物種類卻很有限。在狗以外,美洲原住民主要的馴化動物是火雞(Meleagris gallopavo)。

Turkey husbandry and use in Oaxaca, Mexico: A contextual study of turkey remains and SEM analysis of eggshell from the Mitla Fortress

短篇 墨西哥居民約在1500年前,最早馴化火雞  

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鳴管(syrinx)是鳥類特有的聲音器官,基本上是由軟骨環、結締組織與肌肉組成的軟組織,缺乏堅硬的部分,因此不容易形成化石保存下來。這個2016年的論文報告,在一件距今6600到6900萬年前,也就是中生代的白堊紀末期的化石中,找到鳴管的蹤跡。

Fossil evidence of the avian vocal organ from the Mesozoic

vocal  

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如今地球上各地,物種的分佈狀況如何,哪些地方的遺傳多樣性比較高?這個2016年的論文蒐集大筆資料,定量分析全球尺度下,陸生與兩棲動物,在各個區域的物種與種內的遺傳多樣性。

An Anthropocene map of genetic diversity

GG  

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夏威夷烏鴉(Hawaiian crow,學名Corvus hawaiiensis),又叫作聽起來很可愛的「‘alalā」 ,目前在野外已經絕跡,全族只剩下人為養殖的109位個體。有科學家觀察到,夏威夷烏鴉會使用樹枝作為工具(主要是戳進樹洞或縫縫裡,可見牠們也是戳樂黨,見影片),這是鳥類中相當罕見的高段行為。

Discovery of species-wide tool use in the Hawaiian crow

crow  

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翼龍(pterosaur)是會飛的爬蟲類動物,生存年代與恐龍同進退,也在白堊紀結束後徹底滅絕。本來的觀點認為,白堊紀晚期時,翼龍演化為體型相當巨大的飛行生物,最大的翼龍翼展超過10公尺,最小的種類也有2.5到3公尺,比一樣在天空飛行的鳥類大得多。這個2016年的論文在加拿大的不列顛哥倫比亞,宏比島(Hornby)上的Campanian Northumberland Formation (Nanaimo Group),卻發現體格非常小的翼龍化石。

A small azhdarchoid pterosaur from the latest Cretaceous, the age of flying giants

cattt  

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對古人來說,馬是重要的交通工具,馬要好騎,除了騎士的騎術與科技輔助以外,身為馴化動物的馬,本身一些有利的遺傳變異也很關鍵。已知馬的基因 「DMRT3」的一個突變版本會影響馬腿的運動能力,配備這個遺傳變異的馬(gaited horse),能保持平穩的步法,騎士騎起來會更舒適,特別是長途旅程時。這個 2016 年的論文發現,現在世界各地的馬大部分都配備這個變異,不過這個讓馬更好騎的好馬突變,在歷史上是何時出現,要靠古代DNA 才能知道。

The origin of ambling horses

KMTMAANGEL  

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人類與果蠅這些真核生物中,基因是基因組上,某段會表現、轉錄為RNA的DNA。有些時候基因會複製一個自己,變成兩個或更多個基因,也就是gene duplication,假如複製的新基因在本來的旁邊,叫作串聯複製(tandem duplication)。照理說,1個基因變成序列上幾乎一樣的2個基因,這基因的表現量應該也要變成2倍,可是這個2016年的論文卻意外發現,果蠅並非如此。

Expression of tandem gene duplicates is often greater than twofold

Drosophila  via 這裡

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大麥(barley,學名 Hordeum vulgare)是主要的糧食作物之一,一萬多年前於肥沃月灣馴化。這個 2016 年的論文從位於黎凡特,死海附近 Judean 沙漠的 Yoram Cave 遺址中,成功獲得銅石並用時期,距今 6000 年的大麥基因組。這樣講地點應該沒人聽得懂,總之就是在以色列的某處。6000 年也是至今最古老的植物基因組。

Genomic analysis of 6,000-year-old cultivated grain illuminates the domestication history of barley

KMT  

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花生,也叫落花生,學名 Arachis hypogaea,原產南美洲,是種被人類馴化的農作物,它是如何起源?2014 年時,花生的全套基因組被定序成功,全長 2.7 Gb。花生是四倍體(allotetraploid),共 40 條染色體,基因組由 2subgenome(次基因組)組成,其他落花生屬(Arachis)的親戚們,卻多半是兩倍體,共 20 條染色體。這點特殊之處暗示,花生可能是由 2 種落花生屬的親戚合體而成。

The genome sequences of Arachis duranensis and Arachis ipaensis, the diploid ancestors of cultivated peanut

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號稱「沙漠之舟」的單峰駱駝(dromedary,學名Camelus dromedarius),被人類使用的歷史大約已有3000年,對北非、東非、阿拉伯半島、南亞這些沙漠地區,單峰駱駝是種非常重要的馴化動物,牠們的遺傳歷史如何?這個2016年的論文搜集了各地單峰駱駝的樣本,研究馴化起源。樣本來自五大區域:東非、西非與北非、北阿拉伯半島、南阿拉伯半島、南亞。

Ancient and modern DNA reveal dynamics of domestication and cross-continental dispersal of the dromedary

dromedary  via 這裡

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粒線體是真核細胞的基本配備,然而這個2016年的論文,針對Monocercomonoides這種單細胞真核生物作DNA定序,卻完全找不到粒線體DNA,許多粒線體相關功能的基因也找不到,因此粒線體,應該真的不存在於這種真核生物。

A Eukaryote without a Mitochondrial Organelle

KMT228  

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大家都認識暴龍,這種體型超巨大,出現在6500萬年前,白堊紀後期的頂級掠食者,然而有關暴龍是如何演化而來,所知就非常有限。最早屬於暴龍超科 (Tyrannosauroidea)的暴龍祖先,出現在侏羅紀中期、1億7000萬年前,體型非常小,不會比一匹現在的馬大。

New tyrannosaur from the mid-Cretaceous of Uzbekistan clarifies evolution of giant body sizes and advanced senses in tyrant dinosaurs

KMT sucks  

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擬菌病毒(Acanthamoeba polyphaga mimivirus)是一類最近新發現的生物,它的個頭非常大,有時候肉眼即可見到。親緣上,它不屬於原核或真核領域,看起來有點像是病毒,卻又跟病毒不太一樣,只好暫時先歸在病毒那邊。

MIMIVIRE is a defence system in mimivirus that confers resistance to virophage

Fa  via 這裡

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現在一般的真核細胞,裡頭配備許多胞器與細胞核,結構比原核細胞複雜許多。原核細胞是最早的生命形式,後來才出現的真核細胞,結構是如何演化而來?真核細胞中最特殊的粒線體,有雙層膜與獨立的 DNA,目前「內共生」理論認為,粒線體來自本來獨立在外,親緣最接近現在 α-變形菌(alphaproteobacteria)的某種細菌。這種細菌進入另一個類似現在古生菌的細胞,兩者產生共生關係後,一起演化為後來的真核細胞。

Late acquisition of mitochondria by a host with chimaeric prokaryotic ancestry

KMT suck  

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恐龍跟別的動物一樣,都會長腫瘤,不過確定曾長過腫瘤的恐龍化石,相當稀有,所有之前找到這類的化石,都屬於鴨嘴龍科(hadrosaur)。就是用兩隻腿走路,長的跟鳥比較像的那款。這個2016年的論文,報告在巴西發現,距今9千萬年,白堊紀時期的恐龍尾骨化石上,有腫瘤的蹤影。

Multiple neoplasms in a single sauropod dinosaur from the Upper Cretaceous of Brazil

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最近十分火熱的茲卡病毒,其實早在1947年,就已經在非洲發現,只是由於沒什麼特別,所以一直以來也沒什麼研究,直到最近疑似與小頭症扯上關係,一舉成名天下知。茲卡病毒從何而來,又歷經哪些改變,才演化為現在的樣子?這個2016年的論文搜集惹41個樣本,30個來自人類,10個取自蚊子,剩下1個則是吱吱,希望能了解茲卡病毒近期的演化史。

From Mosquitos to Humans: Genetic Evolution of Zika Virus

PRC64  

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演化上,與人類最接近的親戚是黑猩猩與巴諾布猿,在這群之外,現存最接近的是大猩猩。人類/黑猩猩/巴諾布猿這群,與大猩猩是在何時何地分家的?

New geological and palaeontological age constraint for the gorilla–human lineage split

F1  via 這裡

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