好幾種曾經存在世上的象,已經滅絕,除惹知名的猛獁象外,還有比較影薄的  Palaeoloxodon(古菱齒象屬),75 萬年前出現後,一度分佈於歐亞大陸西部的廣大區域,直到 35000 年前滅絕(不過可靠的結果是 11 萬多年前)。

Palaeogenomes of Eurasian straight-tusked elephants challenge the current view of elephant evolution

活到現代的象,長久以來都被歸類為 2 個物種:非洲象與亞洲象(Elephas maximus)。然而遺傳學研究指出,非洲象其實分屬 2 個物種:普通非洲象(African savanna elephant,學名 Loxodonta africana)以及非洲森林象(African forest elephant,Loxodonta cyclotis)。

這與長頸鹿,也靠著新的DNA證據,歸類為4個物種狀況類似。

根據遺傳差異,長頸鹿可以分為4個物種

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趨同(convergence)是演化上常見的狀況,意思是兩個相似的性狀,並非源自於單一的共同祖先,而是因獨立改變獲得。比方說,魚龍跟白海豚長得都像是魚,但它們像魚的型態,卻皆為各自演化而成,和魚無關。在遺傳上,趨同演化是怎樣發生的?這個2016年的論文,選擇都屬於果蠅的ananassae分支旗下,數種親緣接近的物種比較,探討這個問題。

Genetic Convergence in the Evolution of Male-Specific Color Patterns in Drosophila

為什麼要選擇ananassae這群的果蠅當研究對象?女生方面,這群果蠅每一種肚子全部都是淺色;男生方面,至少有5種肚子下半部是深色,然而這5種果蠅的最近親,男生的肚子卻也都是淺色。也就是說這群果蠅中,至少有5組,每一組分別有一種果蠅是男深女淺(兩性特徵不一樣),另一種則是男淺女淺(兩性一樣)。顯然,男生肚子深色這個特徵,是在ananassae這群果蠅內多次趨同演化,由淺變深的結果,因此很適合拿來研究「遺傳上趨同演化怎麼發生」這個問題。

短篇 果蠅酒精代謝基因,經典的新研究

【小島果蠅啟示錄】看似假基因,真的會表現?

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吱吱

近來大批古代DNA 的研究,讓我們對智人與已經滅亡的尼安德塔人、丹尼索瓦人,之間的情慾交流有了基本的認識。現存於世人類最接近的親戚,是黑猩猩((Pan troglodytes)與巴諾布(Pan paniscus),但有關他們的遺傳史了解仍很有限。至今仍沒有任何黑猩猩或巴諾布的古代DNA,要研究只能從現存的成員下手。這個 2016 年的論文,大手筆搜集非洲各地 65 位黑猩猩,以及 10 位巴諾布的基因組,希望深入探討他們間的親戚關係,和潛在的情慾交流史。

Chimpanzee genomic diversity reveals ancient admixture with bonobos

本論文採用的一些分析方法,與之前尼尼情慾流動的研究很像。結果發現,各地黑猩猩族群間的親緣關係,與他們的地理關係高度一致。整體看來,所有黑猩猩與巴諾布,分家的年代大約是 166 到 210 萬年前。

黑猩猩大約在 60 萬年前起,陸續分化為現在的 4 個族群:西部(Western)、奈及利亞卡麥隆(NC)、東部(Eastern)、中部(Central)。西部與奈及利亞卡麥隆族群的共同祖先,可以追溯到約 25 萬年前;東部與中部族群,則介於 13.9 到 18.2 萬年前間分家。

透過比較高品質的基因組,論文偵測到這些年間,似乎有數次微量的遺傳交流。

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根據遺傳差異,長頸鹿可以分為4個物種

大家都知道住在非洲,以脖子很長聞名的長頸鹿。本人沒見過長頸鹿的林奈,公元 1758 年時根據骨骼標本,將長頸鹿命名為 Giraffa camelopardalis 這一個物種。後來有些學者又將長頸鹿再細分為好幾個亞種,這個 2016 年的論文發表前,一個說法是,共有分佈在非洲各地區的 9 個亞種。

Multi-locus Analyses Reveal Four Giraffe Species Instead of One

物種,也就是 species,是由人為劃分,有時相當曖昧。這個論文從非洲各地,搜集 190 位長頸鹿的粒線體 DNA,以及 105 位長頸鹿的細胞核 DNA 樣本(細胞核 DNA 不是整個基因組,是上頭 7 個遺傳標記),比較非洲各地族群間的親緣關係。

長頸鹿取樣地點。

長頸鹿取樣資訊。

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000

距今約 2 萬多年前,地球進入末次冰盛期,是近代最嚴酷的冰河時期。氣溫變化對生物演化的影響非常大,美洲西北方的兩個大型冰蓋,勞倫斯冰蓋(Laurentide Ice Sheet)與柯迪勒拉冰蓋(Cordilleran Ice Sheet)在冰河全盛時期,就像中國與蒙古般,一度統一為不可分割的一部份。

Bison phylogeography constrains dispersal and viability of the Ice Free Corridor in western Canada

via 這裡

大一統的冰蓋將動物分隔在南北兩側,後來氣溫變暖,兩大冰蓋的勢力範圍漸漸減小,終於露出中路的通道,分隔已久的南北兩側族群才終於能夠再見面,發生情慾交流,然而確切的年代很難得知。

另外冰蓋也會阻擋當時人類的移動,這些地理障礙對美洲原住民祖先造成過哪些影響,也是人類演化一大重要的問題。

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Drorophila Muller elements

最近一篇超過1000位作者的論文,讓生物學界都驚呆了!《Nature》還特別寫新聞報導:

Fruit-fly paper has 1,000 authors

科學論文的作者掛名一向是個很容易起爭議的議題,有沒有資格掛名,掛名又要掛在第幾名讓無數科學界從業人士戰的你死我活。各方面對論文掛名有很多差異很大的看法,可以參考以下這個文章:

學術論文怎麼發表(中)。。。掛名原則

這篇論文發表在《G3: Genes Genomes Genetics》,總共1014位作者中,超過900位是大學生,很有交作業的感覺,其實某方面看來的確是大學生們在交作業,因為這個研究是一個叫做Genomic Education Partnership(GEP)的計劃的成果。

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