盲眼的尼安德塔石器匠

這個 2022 年的論文報告兩款狒狒間的情慾交流。他們被歸類為不同物種，但是依然可以正常生寶寶。比對 DNA 卻察覺異種 DNA 傳承時，某些特定位置留下的機率比較低，天擇似乎悄悄地在排斥異己。此一狀況可能類似智人祖先，碰上尼安德塔人、丹尼索瓦人的情形。

Selection against admixture and gene regulatory divergence in a long-term primate field study

分析樣本得來不易，來自肯亞的安博塞利國家公園（Amboseli）50 年來的田野調查。觀察從公元 1971 年開始，那時所有的狒狒皆為草原狒狒（yellow baboon）；後來在 1982 年的時候，陸續和東非狒狒（anubis baboons，阿努比斯狒狒、橄欖狒狒）情慾交流，使這兒成為兩個物種的接觸區。

為求簡便，之後草原狒狒稱之為「黃血緣」，東非狒狒稱之為「橄欖血緣」。

安博塞利的狒狒樣本，來自 1969 到 2016 年的 9 代累積，一共 442 位個體。另外還有少量坦尚尼亞與其他地方的狒狒。分析得知，安博塞利的所有「草原狒狒」，皆配備 30 到 37% 橄欖血緣。

馬起源自美洲，後來移民歐亞大陸，最後進入非洲，過程和人類相反。美洲的馬一萬多年前滅團，想了解馬的遺傳史只能從古代DNA 尋找線索。這個 2021 年的論文獲得一批美洲古馬的基因組，發現向亞洲移民以外，也有跑回美洲的情慾交流。

Ancient horse genomes reveal the timing and extent of dispersals across the Bering Land Bridge

這個論文嘗試 262 個樣本，78 個還有足夠的古代DNA，19 個位於歐亞大陸，59 個北美，順利從中拼湊出粒線體。另外也從美洲西北部，加拿大的育空地區 2 個距今 2.8、3 萬年的樣本，拼湊出覆蓋率約 25 的古代基因組。

有惹美洲古馬，便能直接比較美洲與歐亞大陸的差異。粒線體方面，單倍群可分為 A、B 兩大群；B 都位於美洲，應該是美洲原本的型號，兩邊分家的年代估計為 72.2 萬年前（介於 58.9 到 85.9 萬年前之間）。

德國Schöningen被木矛狩獵，歐亞大陸野馬前輩的古代DNA

新的基因誕生有很多方式。這個 2021 年的論文，深入探討其中一種：由跳躍基因插入老基因，導致新的基因出現。

Recurrent evolution of vertebrate transcription factors by transposase capture

除惹少見的無中生有（de novo），也就是由於突變，讓一段非編碼的 DNA 序列直接變成新基因之外，絕大多數新基因的誕生，都牽涉舊基因片段的變化或重組。

有些基因是由多個 exon 組成，而不同 exon 的組合，可以讓同一個基因產生不同的產物。新基因誕生的其中一種方式稱作「exon shuffling」，也就是新的 exon 插入舊的基因範圍內，讓原本的基因多出新的 exon，形成新的蛋白質產物。

這個論文著重的對象，本質上和 exon shuffling 一樣，不過新插入的 exon，性質上源自於轉座子（transposable element），也叫作跳躍基因。此一方式稱作「transposable domain capture」。

這個 2021 年的論文，重建距今 1.71 萬年，一位猛獁象 28 年的生命史。他這輩子走啊走啊，累積可觀的里程，快要可以繞地球兩圈，可謂爪爪界的猛獁可波羅。

Lifetime mobility of an Arctic woolly mammoth

喔~~喔喔~~喔喔~~喔喔~爪爪

當事猛獁去世的地點位於阿拉斯加，年代則是 1.71 萬年前，算是末次冰盛期的時候。那時雖然許多地方冰天雪地，阿拉斯加一帶仍有些草地可以生活，是爪爪漫步的家園。

現在空空如也，未來一望無際，你想要跑呀跑呀跑呀。

這個 2022 年的論文報告格陵蘭距今 200 萬年的古代DNA，突破紀錄，也意外得知當時有乳齒象出沒。古代DNA 並非來自化石，而是環境沉積物，這類樣本讓我們有機會一窺當時的生態系，以及思考 DNA 保存的問題。

A 2-million-year-old ecosystem in Greenland uncovered by environmental DNA

之前古代DNA 最早的紀錄，來自西伯利亞一百多萬年前的象，200 萬年又更久遠。不過最古早的化石古代DNA，依然是那個象。

恐狼（dire wolf）是古時候的美洲狼，冰河時期結束後滅團。他們體格和現在的灰狼非常像，不過體型更大一號，想像形象類似《冰與火之歌》的冰原狼。這個 2020 年的論文卻指出恐狼和現存的狼，親戚關係其實非常遙遠，分家超過 500 萬年。

Dire wolves were the last of an ancient New World canid lineage

依照豺想像的恐狼形象，恐狼威嚇灰狼。

這個論文由美洲各地搜集恐狼的化石，700 多件化石，型態上和灰狼分不出差異。型態上來說，他們就是更大隻的灰狼，遺傳上卻不是如此。

論文取得 5 個恐狼的古代基因組，覆蓋率介於 0.01 到 0.23；分別來自愛德荷、俄亥俄、田納西、懷俄明，年代介於 12900 年到超過 5 萬年前。 和一堆犬科的狐群狼黨擺在一起畫演化樹，結果出乎意料。

歷史上，美洲存在過多款大型動物，但是冰河時期結束後，馬、象等都滅團惹。這個 2021 年的論文調查白令東部過去 3 萬年的沉積層，由其中的 DNA 評估生態變化，發現美洲馬、猛獁象似乎一直生存到距今 5700 年前，比已知最晚的化石紀錄，還要更晚數千年。

Collapse of the mammoth-steppe in central Yukon as revealed by ancient environmental DNA

取樣地點位於加拿大，育空地區 Klondike 的 4 處遺址，涵蓋距今 4000 到 30000 年前之間的沉積層。此一區域古時候是草原、凍原馬賽克的環境，有個很帥的名號叫作「猛獁草原（mammoth-steppe ）」，不過冰河時期結束後，不少地區變成森林。

猛獁草原的面積一度非常龐大，貫穿整個歐亞大陸的北部，向西到伊比利半島，跨越亞洲與美洲之間的白令，往東延伸到現在的加拿大。

論文的取樣方法能偵測不同年代，眾多種生物的 DNA。假如 DNA 的相對含量能代表該物種數量的多寡，那麼可以推論，象的數量從 2 萬年前便漸漸減少，馬、牛也在稍晚開始變少。

很很很少數的癌症會傳染。研究比較多的，一種在狗狗間流傳；2 種的宿主是袋獾，而且嚴重到有滅團危機。這個 2020 年的論文分析袋獾癌症的傳染狀況，發現似乎已經趨緩？

A transmissible cancer shifts from emergence to endemism in Tasmanian devils

袋獾也叫作塔斯馬尼亞惡魔（Tasmanian Devil），住在澳洲東南方的島－塔斯馬尼亞，和袋鼠、無尾熊是親戚，屬於袋家成員。袋獾面部腫瘤病（devil facial tumor disease）簡稱 DFTD，在 1996 年首度被發現。袋獾在生育季節會咬來咬去，癌症也隨之傳染。

累積至今，超過 80% 袋獾得疫而亡，一般認為，假如沒有人類強勢介入，袋獾遲早滅團。新論文卻表示袋獾與癌症，搞不好已經達到某種平衡，人類不宜冒然干擾。

這個論文搜集 2003 到 2018 年，總共 51 個癌症樣本。樣本們不是定序整個基因組，而是定序 11359 個基因作為分析對象。 論文判斷其中 28 個基因，個體間的差異夠大，而且位於基因組各處，足以代表整個基因組，可以用於後續分析。

有些人印象中，企鵝是住在冰天雪地的鳥。不過企鵝分佈其實很廣，從嚴寒的南極，到溫暖的加拉巴哥都能居住。這個 2020 年的論文取得 18 種企鵝，22 個基因組，探討企鵝的演化史。

Genome-wide analyses reveal drivers of penguin diversification

兩位國王企鵝。不知道他們會不會玩膝蓋嚇一跳？

18 種現存的企鵝，共同祖先的年代大約能追溯到 2200 萬年前。最早分家的是企鵝界中的巨巨—王企鵝屬（Aptenodytes）。 王企鵝屬目前有 2 個住在南極的物種：國王企鵝（King penguin）、帝王企鵝（Emperor penguin）。他們與所有其他企鵝，親戚關係都是平行的，沒有和某種企鵝比較接近。

其餘企鵝又陸續分成幾個分枝。這次也發現，皇家企鵝（(Royal penguin）和馬卡羅尼企鵝（Macaroni penguin），遺傳上可以視為同一個物種。

穴熊跟 La New 熊一樣，都是已經滅團的動物。穴熊冬天時會躲在山洞內冬眠，有時候就此長眠不醒，也因此留下不少化石 QQ。距今 2.5 萬年前過後，世界上就沒有穴熊惹，只能透過化石和古代DNA，來認識這種史前動物。這個 2021 年的論文獲得一位穴熊的基因組，分析發現穴熊的粒線體和基因組，遺傳史好像不太一致？

Middle Pleistocene genome calibrates a revised evolutionary history of extinct cave bears

via 這裡

樣本來自南高加索的 Kudaro 1 Cave，距今約 36 萬年，從耳骨中順利取得一些 DNA，共 2.1 Gb。他被歸類為 Ursus kudarensis praekudarensis，為求方便，之後稱之為「高加索P熊」。

與之前發表過的幾位穴熊，以及現代的棕熊、北極熊一起分析，高加索P熊遺傳上，和同住在高加索的K熊最接近（kudarensis，取自亞美尼亞的 Hovk 1 遺址）。

同一物種的分家、新物種形成是重要的演化議題。這個 2020 年的論文，調查兩種有接觸機會的蘭花蜂（orchid bees），發現它們之所以不太會情慾交流，與費洛蒙有關。

The evolution of sexual signaling is linked to odorant receptor tuning in perfume-collecting orchid bees   

兩種蘭花蜂住在中美洲，一種叫 Euglossa dilemma，另一種叫 Euglossa viridissima，為求簡單，之後就簡稱為 D蜂和 V蜂。D蜂住在中美洲比較南方之處（圖中藍色勢力），V蜂住的比較北方（圖中綠色勢力），不過中間兩種都有。

論文定序 232 位男生的基因組，發現 D蜂遺傳上可以分為兩大祖源，V 蜂則是由其中一群衍生而成的新物種。兩者分家估計有 15 萬年。

蘭花蜂由環境中取得原料，生產費洛蒙，以氣味交流。論文用氣相層析—質譜儀（GC-MS），蒐集 384 位男生的費洛蒙，發現有兩種費洛蒙差異最明顯。

劍齒虎，是種冰河時期結束時不幸滅團的大貓貓。英文雖然叫作劍齒貓 scimitar-toothed cat，不過中文都稱為「虎」（聽起來比較厲害？）。這個 2020 年的論文首度報告，劍齒虎的完整基因組。

Genomic Adaptations and Evolutionary History of the Extinct Scimitar-Toothed Cat, Homotherium latidens

樣本 YG 439.38 來自加拿大的育空地區，是一位似劍齒虎（Homotherium）旗下的 Homotherium latidens（闊牙似劍齒虎）。年代超過碳同位素定年法的極限 4.75 萬年。

從中拼湊出覆蓋率 7 的基因組，只有基因的 exome 部分，覆蓋率則高達 38。 儘管只有一個樣本，還是可以進行不少有意義的分析。

將劍齒虎和現在仍然在世的大貓貓、小貓貓一起畫演化樹，共同祖先可以追溯到 2250 萬年前。 至於現在的貓貓們大約在 1400 萬年前分家。可見劍齒虎在遺傳上，與現代所有的大貓小貓皆有相當差異。