真猛獁象（woolly mammoth，學名 Mammuthus primigenius）是一款已經滅團的古代大象，如今從化石中拼湊出幾個古代基因組。這個 2022 年的論文深入探討的議題是：消失的基因！？
Evolutionary consequences of genomic deletions and insertions in the woolly mammoth genome
生物的一大堆基因中，有些是必需基因，沒有就會死掉，也有些會導致不孕；有些基因則是可有可無，或至少在大部分時候可無。有時候比較奇妙，少掉某些基因，反而對生物有利。
這個論文深入探討真猛獁象的基因組，尋找他們缺失的基因。用古代基因組做這種研究難度不小，因為古代DNA 都斷成很短；見到一段 DNA 不存在，究竟是真的缺失，或只是沒有抓到呢？
喔~~喔喔~~喔喔~~喔喔~爪爪 🐘
分類學上，西瓜屬於葫蘆科旗下的西瓜屬（Citrullus）。 西瓜起源於非洲，不過還有好幾款西瓜的親屬。這個 2022 年的論文由非洲東北部，出土的 2 個瓜子取得古瓜基因組，得知它們都不是甜甜的紅肉西瓜 🍉
瓜瓜類植物，看起來就無法久放，不過其中的瓜子有機會，在一些考古遺址中能見到。這個論文由 6000 年前利比亞，以及 3300 年前蘇丹的瓜子，拼湊出基因組。蘇丹古瓜的覆蓋率只有 0.04，利比亞古瓜則有 3.7，能進行較多分析。
除此之外，論文還從英國的植物園「邱園」（Royal Botanic Gardens, Kew）取材，定序一批公元 1824 到 2019 年搜集的標本。這些瓜大家有興趣的話可以自己看，我只著重在非洲古瓜。
西瓜科旗下有 7 個物種，西瓜（Citrullus lanatus）和近親們的瓜子，型態上難以區分。遺傳學研究，以及埃及的考古發現，都指出西瓜起源於非洲東北端的埃及；根據象形文字的證據，4360 年前的埃及人已經會吃西瓜。
被智人分類為不同物種的熊，彼此間還是會情慾交流，尤其是北極熊與棕熊。熊熊們的基因組中更是留有鐵證，不過大部份都是從北極熊向棕熊的方向情慾流動，很少反過來。 這個 2022 年的論文報告 10 萬年前的北極熊古代基因組，偵測到一樁類似的事。
A polar bear paleogenome reveals extensive ancient gene flow from polar bears into brown bears
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樣本來自北極區的波弗特海（Beaufort）一帶，在阿拉斯加的北方。北極熊樣本被取名為 Bruno 布魯諾，具體年代不確定，之前估計介於 7 到 11 萬年前。 拼湊出覆蓋率 20.3 的基因組，X染色體與體染色體的覆蓋率類似，可以判斷她是一位女生......布魯諾是女森名字嗎！？
依照遺傳差異與活跳跳北極熊相比，估計布魯諾活跳跳的日子為 10 萬多年前，姑且認定她活在十萬年前。
這個 2017 年的論文，報告袋狼（thylacine，學名 Thylacinus cynocephalus）的古代基因組。澳洲、新幾內亞一帶曾住著許多大型動物，如今絕大部分已經滅絕。袋狼滅團的年代很接近現在，歐洲人抵達後遭到大批獵殺而數量大減，1936 年最後一位成員去世後，世界上再也沒有袋狼這種動物惹 QQ
古代DNA 近來成為探討滅絕生物的利器。許多研究必需由化石取得 DNA，所幸袋狼滅絕的時間還不長（又名塔斯馬尼亞虎 Tasmanian tiger 或塔斯馬尼亞狼 Tasmanian wolf）。這個論文從保存在酒精中，距今 108 年的小袋狼標本，順利拼湊出基因組。
親戚關係上，袋狼、袋鼠、塔斯馬尼亞惡魔（袋獾）皆屬於有袋類（Marsupialia，介於綱與目之間），袋鼠系列屬於雙門齒目（Diprotodontia），與另外兩者較早分家，袋狼和袋獾則屬於袋鼬目（Dasyuromorphia）。論文使用重複序列 SINE 判斷親緣關係，發現在袋鼬目旗下，袋狼應該是很早就分家出去的成員。
根據基因組探討遺傳史，估計族群數目的變化，判斷袋狼和袋獾一樣，都在介於距今 7 到 12 萬年前大幅降低（10 萬年前參與情慾交流的有效族群量是 30 萬左右，一萬年內是一萬以下），比人類抵達澳洲更早許多。
這個 2023 年的論文著重於「狒狒」的情慾流動，調查 6 個物種的多處族群後，宣稱在人類以外的靈長類，首度發現 3 款祖源合體的跡象，可是這個說法有疑慮。
Genome-wide coancestry reveals details of ancient and recent male-driven reticulation in baboons
6種狒狒，南北兩群
狒狒（baboon）是一群猴子，現今被分為 6 個物種，住在非洲各地：
＊幾内亞狒狒（Guinea，學名 Papio papio）
這個 2022 年的論文走向有點奇妙，大家一起來獵奇？就是獲得一款滅絕老鼠的基因組，和近親比對發現，大概只有 95% 的基因組能夠對應。 所以假如要修改近親的 DNA 讓滅絕鼠復活，應該是不可能的任務。
Probing the genomic limits of de-extinction in the Christmas Island rat
滅絕鼠叫作聖誕島大鼠（Christmas Island rat，學名 Rattus macleari 麥克禮鼠），是一款曾經住在聖誕島的大鼠。聖誕島政治上是澳洲在印度洋的領土，不過地理上離印尼的蘇門答臘、爪哇比較近。
1908 年以後，就沒有人見過活跳跳的聖誕島大鼠惹。這個論文由博物館收藏的 2 件乾燥皮膚標本取得 DNA，拼湊出覆蓋率高達 60.81 的基因組，對滅絕生物而言，算是相當高的品質。
一直有人想要復活滅絕的生物，至今都沒有成功過。一個可能作法是，用滅絕生物的近親當模板，修改其 DNA，慢慢接近滅絕生物的遺傳版本。
這個 2023 年的論文獲得大批「葉猴（colobine）」的基因組，這一大群吱吱，社會群體組成的變化多端，一群從一男多女，到多男多女 。整體觀之，寒冷環境是導致群體變複雜的一大影響力。
Adaptations to a cold climate promoted social evolution in Asian colobine primates
葉猴旗下包括 7 個屬、55 個物種。這個論文取得 48 個物種的基因組，整體走「大敘事」風格，整合眾多資訊寫起來很順，但是我覺得很多描述，看看就好。
大致話術是，先畫出吱吱們的演化樹，然後和社會組織的狀態掛鉤，支持社會狀態和演化史關係密切。我覺得到這邊都還算合理。
接著論文結合古今氣候、地點，主張幾百萬、幾十萬年前的寒冷期，促使葉猴遷徙，衍生出不同支系。 然後抓緊這點，透過基因體分析找尋遺傳適應，和社會狀態的演化掛鉤，尤其是群體規模最大的金絲猴，發現最多催產素、多巴胺相關基因的改變。
提到犀牛，許多人的印象是保育類動物。這個 2021 年的論文分析現代與古代基因組，包括 5 種現生、 3 種滅團犀牛（沒有義大犀牛），探討犀牛的遺傳歷史。最有趣的發現或許是，和其他大型動物相比，犀牛的遺傳多樣性一直很低，這似乎是犀牛們的正常狀態；不過明顯受到人類影響後，遺傳變異又變得更低惹。
Ancient and modern genomes unravel the evolutionary history of the rhinoceros family
犀牛演化史上曾經出現過破百個物種，遍及世界各地，但是在 258 萬年前的更新世開始之際，大部分都滅團惹；到更新世結束的一萬多年前，剩下 9 個物種，如今只剩 5 種。
過去一萬多年來滅團的 4 種犀牛，包括：
板齒犀牛（Siberian unicorn，西伯利亞獨角獸，學名 Elasmotherium sibiricum）
不只人有牙結石，熊也會有。動物死掉以後，結構堅固的牙結石有機會維持很久，保存裡頭的物質，動物生前的口腔微生物也會被封印在裡面。這個 2021 年的論文，從一批熊熊的牙結石取得古代DNA，可是探討的主題是......人類使用抗生素，對生態的影響？！
The oral microbiota of wild bears in Sweden reflects the history of antibiotic use by humans
大家都聽過盤尼西林的故事，大意是懶惰的科學家小明忘記洗盤子，結果長出綠色的黴菌（糟！有政治隱喻），而且綠黴菌旁邊的細菌都活不成，於是小明就發現惹由黴菌製造，能消滅細菌的「抗生素」青黴素盤尼西林。
抗生素是天然的東西，是黴菌對付細菌的武器；細菌為惹生存，也會演化出抵抗抗生素的能力（antimicrobial resistance，簡稱 AMR）。而人類發現這件事，並且加以利用之後，大幅影響惹自然界的狀況。
這個論文的材料來自博物館收藏，取自瑞典各地的棕熊（Ursus arctos），年代介於 1842 到 2016 年，總共測試 82 個牙結石樣本，有 57 個用於分析。分析口腔中的微生物，抵抗抗生素的基因們（antibiotic resistance genes，簡稱 ARGs），也就是「反抗基因」，便有可能評估人類使用抗生素，對野生微生物的影響。
日本的本州島上，曾經有許多棕熊走動，但是在冰河時期結束後滅團，跟 LaNew 熊一樣。這個 2021 年的論文獲得一位棕熊的古代DNA，估計他和近親的分家年代，比本州最早的棕熊化石更晚很多，因此推論移民前往本州的棕熊，至少有兩波。
Ancient DNA reveals multiple origins and migration waves of extinct Japanese brown bear lineages
本州現在沒有棕熊（Ursus arctos），不過出土過許多距今 2 到 34 萬年前的化石。這個論文從一件 3.25 萬年前的化石取得古代DNA，拼湊出覆蓋率 4 的粒線體，足以比劃親戚關係。
考古、古生物、古人類學研究，膠原蛋白漸漸成為一種重要的材料。不同動物的膠原蛋白略有不同，即使形貌無存，也有機會用膠原蛋白判斷所屬。這個 2021 年的論文報告，丹尼索瓦洞穴的調查。 🐂 🐑 🦊 🐘 🦏 🐆 🐎 🐻
Zooarchaeology through the lens of collagen fingerprinting at Denisova Cave
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ZooMS 的全名是 Zooarchaeology by Mass Spectrometry，也就是分析第一型膠原蛋白（type I collagen，COL1），藉此判斷動物所屬。
西伯利亞南方，阿爾泰山旁的丹丹洞，曾經是丹尼索瓦人、尼安德塔人的居所，其中 9 件古人類化石，便是以 ZooMS 得知，包括 2 位尼尼：Denisova 15、Denisova 17；3 位丹丹 Denisova 19、Denisova 20、Denisova 21；1 位半尼半丹 Denisova 11。
體型較大的動物移民島嶼後，由於島上資源不足，體型可能會縮小，稱作「島嶼侏儒化」。本來很大隻的犀牛、爪爪會變小隻。這個 2021 年的論文報告，歐洲大陸的大象，來到情義西西里島後，變成迷你爪爪的過程。
Estimating the dwarfing rate of an extinct Sicilian elephant
喔~~喔喔~~喔喔~~喔喔~爪爪 via 這裡
西西里島位於義大利外海，海平面較低時，動物可以從歐洲大陸直接走過去，大概在 7、12.5、20 萬年前左右。不過爪爪也會游泳，有渡海穿越海峽的能力。
西西里島上出土過不少侏儒象，一派歸類為 2 個物種：Palaeoloxodon falconeri 和 Palaeoloxodon cf. mnaidriensis，不過就像常見的物種分類，頗有爭議。本文之後都稱之為「侏儒象」。
