盲眼的尼安德塔石器匠

正式發表的論文和課堂報告、學位論文，寫法不一樣。有些人轉換不過來，慘遭淘汰，或是掙扎的很痛苦。假如都是整理與表達知識，不一樣在哪？芝加哥大學 Larry McEnerney 的寫作課有詳細解釋，我稍加整理，再加一點個人心得。

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大家都知道，達爾文那本書叫作《物種源始》（或《物種起源》），可見演化學當中，物種誕生是相當重要的議題。大家也知道，達爾文沒有參透遺傳法則的奧秘，當然這不影響始祖巨人的開創性。有關遺傳與演化的關係，最新認識是什麼呢？這個 2021 年的小短文〈多少遺傳改變能造就新物種？〉，簡要地提及「遺傳與物種誕生」議題最新進展。
How many genetic changes create new species?

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這個新聞是很生活化(?)的遺傳學教材，大家來看看。
via 這裡
 
「律師簡大為在節目《震震有詞》中透露，曾承辦過一案例是一名長期居住國外的工程師，妻子留在台灣照顧家人，幾年後懷孕生下孩子，不過事後推算老婆可能受孕日期間，他人並不在家，氣得狀告法院，經調閱出入境資料，確認女方受孕期間，夫妻倆的確沒有接觸。 不過親子鑑定結果卻是99.9997%符合的血親關係，由於該名工程師是獨子，因此合理推論， 孩子的生父應是工程師的爸爸，意即妻子外遇對象是公公，意外揭開亂倫真相」
親子鑑定99.9％卻非親生！綠帽夫揭妻「亂倫」真相
 
假設這件事是真的，這種狀況是怎麼達到的？我們知道兒子的遺傳組成，一半來自爸爸，也有一半來自媽媽。真有那麼巧合，兒子的兒子的遺傳組成，分辨不出源自爸爸或兒子（一半媽媽）！？ 這問題我想惹想，機率不高，不過確實有可能。
 
我對這方面不太熟，以下推敲推敲，有錯麻煩指出。 相關人物為：
公公：老公的爸爸
阿嬤：老公的媽媽
老公：公公與阿嬤生的兒子
老婆：孩子的媽媽
孩子：以為是老公與老婆，其實是公公與老婆生的兒子
 
智人的遺傳標記很多，親子鑑定上，常用 short tandem repeat，簡稱 STR。原理是，基因組上很多部位，有長度短短，重複很多次的 DNA 序列；不同人的重複次數常有差異，所以適合分析親緣關係。
 
例如第 5 號染色體某位置為「CGA」，有人重複 8 次，有人重複 5 次，只要有差異，就能作為分辨的遺傳標記。
 
樣本數愈多，愈能減低巧合的影響，逼近真相。所以不會只比對一處 STR，要比對基因組上好幾個不同位置，獨立的 STR，結果才比較可靠。
 
另一個層面是，每一種遺傳特徵，原本存在的機率就不一樣。例如族群中 CGA 有 62% 的人重複 8 次、35% 重複 5 次，3% 重複 13 次，那麼兩個人都配備 13 次重複，他們是親戚的機率顯然比較大。
 
假如兩人的親子鑑定結果 99.9997% 符合血親關係，可以反推兩人用於分析的 STR 一模一樣，這該如何辦到？
 
男生有父系傳承的 Y染色體，沒有突變的話，父子會一樣，也會和很多代以前的父系祖先一樣。公公、老公、孩子本來就應該一樣，所以 Y染色體在這兒毫無用處。
 
智人有 22 對體染色體，每一對各有 2 條，所以同一個 STR 位置有 2 個，彼此可能一樣，也可能不一樣。
 
用 5 個 STR 位置舉例：
STR 位置：A、B、C、D、E
重複次數：7、5、6、13、9
重複次數：7、8、6、10、9
 
每一個 STR 位置，兒子會繼承爸爸的其中一個，因此判斷上，兩人在每個位置只要一個符合即可。 如此一來，孩子的 A、C、E 這 3 個位置，完全無法判斷源自公公或老公，因為不論阿嬤長怎樣，老公肯定有一個和公公一樣。結果看起來一定是，小孩其中一個，和老公的一個一樣。
 
可以分辨的剩下 B、D，也就是公公 2 個重複不一樣的位置。這種位置，只要公公傳承給老公、小孩的重複不是同一種，比方說 B 位置老公得到 5，小孩得到 8，就能分辨出來，老公與小孩不是父子。
 
只考慮這些，無法分辨的機率就是 B、D 這類位置的總數，2 的總數次方分之一。例如這兒有 2 個，機率為 2 的 2 次方分之一，即 4 分之 1；假如有 6 個，就是 64 分之 1。
 
不過還要考慮到，每個位置還有媽媽貢獻的一個 STR，而且光看 STR，無法分辨是源自媽媽或爸爸。比方說 B 位置上，公公是 5、8，老公是公公的 5 加阿嬤的 9。小孩從公公得到 8，不過老婆貢獻 5，小孩看起來就是 5、8，如此一來，這個位置便無法區分。
 
另一個可能是，B 位置上，公公是 5、8，老公是公公的 5 加阿嬤的 8。那麼小孩即使從公公得到 8，也無法與老公從阿嬤得到的 8 分辨。這個狀況下也無法區分。 因此，即使公公有 6 處 STR 可以作為識別位置，再加上母系的影響以後，實際上可以識別的比 6 處更少，無法分辨公公或老公誰是爸爸的機率，就會比 64 分之 1 更高。
 
另一方面，假如公公和阿嬤，是堂表姐弟之類的近親，無法分辨的機率應該也會更高。
 
總之，一切都取決於情慾交流的密切程度。 綜合看來，老婆和公公生小孩，小孩的 STR 特徵卻無法與老公區分，儘管機率不高，卻也不是中共佔領台灣那麼低，仍然有可能發生的機會。 
Microsatellite wiki
老婆生的寶寶，是我的兒子，還是我爸的兒子！？
舊石器時代採集狩獵小族群，懂得避免近親配對？

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科學媒體 LiveScience，三不五時會整理一些資訊，按主題寫成一篇文章，以下惹蒐集一些。

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論文使用太多術語，被引用比較少  原載於新公民議會
隨著科學發展，愈來愈多專業術語被創造。一項研究分析發現，論文的標題和摘要，假如使用較多術語，被引用的數量也會更低。

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論文21%被引用數，集中於1%科學家  原載於新公民議會
現代的科學研究不能自己關起門來，要把結果寫成論文發表；而公開發表的論文，可以再被引用。發表與引用，構成現代科學體系的基礎。同樣研究科學，不同科學家被引用的數量卻明顯不同，但是具體狀況不容易釐清。一項研究指出，被引用數最多的前 1% 科學家，占總引用數的比例，高達 21%。

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古人類學家約翰．鷹哥（John Hawks），提到達爾文對「人類是否為一個物種」的見解。達爾文在《人類的由來（Descent of Man）》這本書的第 7 章花惹很長的篇幅討論，不同的人類種族是否需要視為不同的物種。達爾文覺得不需要。
Quote: Darwin on human variation

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論文影響指數將排除33個期刊，它們都罪有應得？  原本在新公民議會 

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高中生面試，能騙過大學教授嗎？  原載於新公民議會
又到了大學多元入學的時節，備審資料與面試，是多元入學中能否錄取的關鍵，但是多數高中生不但缺乏經驗，更缺乏概念，以下分享一些相關的基本概念。

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不論學術界或業界，都有研討會（比方說，坎城影展就是電影業界的研討會），研討會是大家交流的場合，通常有人演講，也有海報展示。古人類學家約翰．鷹哥（John Hawks）寫到，有人覺得，海報海的資訊好難吸收呀！
More on posters

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